藥師如來的弘法利生工作，是秉持在行菩薩道時所發的十二大願而來。這十二大願滿足眾生世出世間的諸般願求。在出世間上，藥師佛希望在成就菩提時「令一切有情如我無異」、「證得無上菩提」等。而在世間上則有「使眾生飽滿所欲而無令少」、「使一切不具者諸根完具」、「除一切眾生眾病、令身心安樂」、「使眾生解脫惡王劫賊等橫難」等願。