我們知道，大多數科學家的研究方法是通過某一種儀器，對某物件或事物進行觀察，然後根據某些假設或公理，或是以往的一些模式或理論而進行推測，這樣得來的結果科學家他們自己也不敢說是完全正確的。這其中的原因，一方面是實驗材料或是所觀察的物件的局限性而引起的，比如著名的心理學家弗洛伊德建立的精神分析學說，主要是通過對那些具有精神病患者的心理觀察分析和治療案例而建立起來的，由於觀察物件的局限性，所以後來的心理學家認為他的這種學說也是存在著很多的缺陷。再者就是儀器的誤差和不完善，科學家他們自己對這些儀器也不可能有百分之百的把握，因為儀器總是有一定的精密度和觀察範圍，它不可能是精確到百分之百，觀察範圍也不可能是無限的，因此科學家們觀察到的事物只能是在與觀察儀器的精確度和觀察範圍相適應的某一個層次上。比如光學望遠鏡不能觀測到射電望遠鏡所發現的很多天體，同樣的射電望遠鏡也不能觀測到超過它能力範圍之外的宇宙。最後是由於不同的假設或公理體系也會導致不同的結果，而以往的模式或理論也並不是最究竟的，它總是在不斷地被修正和推翻。比如前一代的物理學家在分析物質的時候認為微塵是可分的，但是後來的很多物理學家就推翻了他們的觀點，認為連微塵的細微部分也一點不能成立。又比如前一代的醫學生理學家他們都認為人的心識是從大腦中所產生出來的，故現代醫學以大腦死亡來確斷一個人的死亡，但後來在世界上出現了一些沒有大腦而仍然活著的人，所以現在為數不少的醫學家也承認有一個中陰身。而佛陀抉擇的空性和無我的規則，後來誰能推翻？
總而言之，科學家們得到的結論決不可能是完全的正確，只能說是針對於目前所能觀察到的事物範圍內的某些現象，他們作了某一個層次上的比較適合的解釋，超出了這個層次和範圍對於科學家們來說也只能說是假設臆測或者根本就是無知。比如在我們這個複雜的世界上，由於不同眾生的種種業力而顯現的各種奇奇怪怪的現象，科學對於這方面的事例就是很難於解釋的。比如佛教中所講的八種共同一般性的成就，也就是通過禪定修持有瑜珈修證的人，可以顯示很多的神變，比如入水不沈、自由飛行於天空，以及直接無礙地穿越巨石山崖等等，對於這些現象，科學家們也是沒有辦法解釋，最多只是加上一個特異功能的名字而已。尤其是涉及到佛教密法中所講的一些不共同特別殊勝的大成就，結果是修行者連自己身體一點也不剩下，在七天之中全部化成虹光而消逝，科學家對此通過假設而推斷出一些結論，比如是身體通過什麼物質而產生發光現象，但這顯然存在著許多漏洞，不深入研究佛學，他們是沒有辦法完全了知的。
實際上，在我們這個人類社會上，科學家還沒有解決的問題是非常地多，比如說人類內心的痛苦和世間上的各種災難，科學家也沒有辦法解除。而對於佛教中所說的人類精神或是心靈的奧妙，即使是對當今最著名的那些科學家來說，也是如墮雲霧，難於明白其真相。
在廣闊無邊浩瀚的宇宙世界中，各種形形色色的現象無窮無盡，科學未知的事物數也數不清。即使在科學家們所熟悉的現象和研究領域內，雖然在當今科學昌明的時代，科學不能解釋的也非常多。比如在1980年5月19日，美國有個叫新銀歌蘭的地方，在上午10點的時候，天空突然完全變成黑暗，就像被烏雲整個籠罩一般暗無天日，直到第二天早上，但當時並未發生任何日食或其他什麼原因，物理學家們雖然經過深入調查研究但仍迷惑不解。還有最近在印度中部有一個叫曼都那的地方，突然降下了很多珍珠雨，人們撿到這些珍珠後都戴在身上以作裝飾品，當時新聞媒體也報道過，震動了有關方面，一些國家的天文學家大氣物理學家等很多專門學科的專家都對這事作了詳細的觀察研究，但始終找不到一個令公眾滿意的結論。另外比較出名的世界上公認的也有好幾大謎，所以英國著名的物理化學家法拉第曾經也這樣說過：科學不能完全解決一切事物的本相。
科學不能解釋的實在是太多太多，尤其是對於心靈的秘密就更是如盲如啞。因此在世界上的科學家通過比較研究也得出了佛教是非常了不起的結論，根據今
日中國出版社出版的《三千大千世界—關於佛教宇宙觀的對話》一書中所說，十六世紀的偉大科學家伽利略、經典力學的創始人牛頓、相對論的創始人愛因斯坦、著名動物學家阿加西斯等人都是虔誠信仰宗教的，在中國有物理學家黃念祖也是虔誠的佛教徒，電學家王季同篤信佛教，並著有《佛法與科學的比較研究》一書，另外有日本著名科學家松下真一，曾在德國漢堡國立理論物理研究所從事統一場論等研究工作達十餘年，也著有《法華經與核子物理學》一書以盛讚佛教，又有西方著名物理學家卡普拉也著有關於《華嚴經》和現代物理學理論相比較研究方面的論著。