藥師法門依據藥師經而建立。此土所譯藥師經有四種：
（一）佛說灌頂拔除過罪生死得脫經一卷，即大灌頂神咒經卷十二，東晉帛尸梨蜜多羅譯。又相傳有劉宋慧簡譯藥師琉璃光經一卷今已佚失，或云即是東晉所譯之灌頂經。
（二）佛說藥師如來本願經一卷，隋達摩笈多譯。
（三）藥師琉璃光如來本願功德經一卷，唐玄奘譯。此即現今流通本所據之譯本。現今流通本與原譯本稍有不同者有增文兩段，一為依東晉譯本補入之八大菩薩名，二為依唐義淨譯本補入神咒及前後文二十餘行。
（四）藥師琉璃光七佛本願功德經二卷，唐義淨譯。前數譯惟述藥師佛此譯復增六佛故云七佛本願功德經，以外增加之文甚多。西藏僧眾所讀誦者為此本。
修持之法具如經文所載，今且舉四種如下：
（一）持名，經中屢云聞名持名因其法最為簡易其所獲之益亦最為廣大也。今人持名者皆曰消災延壽藥師佛似未盡善，佛名惟舉藥師二字未能具足。佛德惟舉消災延壽四字亦多所缺略，故須依據經文而曰藥師琉璃光如來斯為最妥善矣。
（二）供養，如香華幡燈等。
（三）誦經，及演說開示書寫等。
（四）持咒。
所獲利益廣如經文所載，今且舉十種如下：
（一）速得成佛，經中屢言之。
（二）行邪道者令入正道，行小乘者令入大乘。
（三）能得種種戒，又犯戒者還得清淨不墮惡趣。
（四）得長壽富饒官位男女等。
（五）得無盡，所受用物無所乏少。
（六）一切痛苦皆除，水火刀兵盜賊刑戮諸災難等悉免。
（七）轉女成男。
（八）產時無苦，生子聰明少病。
（九）命終後隨其所願往生：
1、人中，得大富貴。
2、天上，不復更生諸惡趣。
3、西方極樂世界，有八大菩薩接引。
4、東方淨琉璃世界。
（十）在惡趣中暫聞佛名即生人道修諸善行速證菩提。
靈感事跡甚多如舊錄所載，今且舉近事一則如下：
泉州承天寺覺圓法師，於未出家時體弱多病，既出家後二年之內病苦纏綿諸事不順。後得聞藥師如來法門，遂專心誦經持名懺悔，精勤不懈，迄至於今，身體康健，諸事順利。法師近擬編輯藥師聖典彙集，凡經文疏釋及儀軌等，悉搜集之，刊版流布，以報佛恩焉。
跋
曩餘在清塵堂講藥師如來法門，後由諸善友印施講錄，其時經他人輾轉鈔寫，頗有訛誤。茲由覺圓法師捐資再版印行，請餘校正原稿，廣為流布。法師出家以來，於藥師法門最為信仰，近擬於泉州興建大藥師寺，其願力廣大，尤足令人讚歎云。
沙門一音