一五七五年，大師三十歲。這年新春正月同妙峰大師從河東出發一起到五臺山去，直至年底十二月十五日才登上五臺山。塔院的大方法師請二位大師卜居北五台龍門，這是個最幽峻的地方。第二年的三月三日，大師在雪堆中撥出數間老屋，同妙峰大師住了下來。
在這裏大師目睹萬山冰雪，清涼皎潔，儼然是過去曾經羡慕的境界，感到身心灑然，如同進入極樂世界一樣。
不久，妙峰大師獨遊夜台，大師繼續留龍門修行。他在冰雪之中單提一念，人來了也不交談。只看看而已。這樣時間一長，看見人就像看見木杌一樣，後來竟連文字也不識了。
到了初夏，大風猛吼，萬竅怒號，冰塊漸漸地消融了，大水衝擊著山澗；奔騰的暴流猶如驚雷一般。大師在寂定中受到這雷鳴般的聲音干擾，功夫也受到影響。他去向妙峰大師請教如何才不受境界擾亂的方法，妙峰大師對他說：「境界的生滅變化，是認意識攀緣而生，並非從外而來。聽古人說：『三十年聞水聲不轉意根，當證觀音圓通』。」大師回來後，每日坐在溪流急湍的獨木橋上鍛煉。開始坐時，水聲宛然，時間一久，動念時聽到水聲，不動念就聽不到了。
一日，大師在獨木橋上靜坐，忽然之間忘卻身體，一切聲音頓時消失。從此以後，雖然聲音如雷，再也不能擾動大師的靜寂心境了。
大師住山的食物僅用野菜拌粥湯，這天，大師吃過粥在山坪上經行，攝心歸一，忽然立定，不見身心，唯一大光明藏，圓滿湛然，猶如大圓鏡一樣，山河大地都影現其中，到出定時，智慧朗然，自覺身心了不可得，這時大師作了一首偈：
瞥然一念狂心歇，
內外根塵具洞徹。
翻身觸極太虛空，
萬象森羅從起滅。
從這以後，身心世界湛然寂靜，不在被聲音和色相所障礙，從前的疑團當下頓消。再看看釜鍋，已經蓋上灰塵了，因為一人獨住無侶，也不知時間過了多久。
雪浪法師為了尋找憨山大師，謁少林、涉伏牛、上五台龍門，在冰雪堆裏尋到大師，他準備與大師一同修道，誓共生死，大師卻對他說：「人各有志，也各有緣。師兄的緣份在於宣揚佛法，續佛的慧命，不應在此枯寂終老。江南一帶真正的禪法久已湮沒，你用上承無極大師的法席，荷擔囑累；下可化導眾生，作人天的眼目，才不至辜負出世的大事因緣啊！」雪浪法師聽了覺得很有道理，就與大師鄭重而別。後來雪浪法師卓錫三吳諸郡，宣揚佛法三十年，大眾圍繞，東南講席，由此大盛。
大師悟後，因無人請益印證，於是翻開《楞嚴經》來參證，大師以前未曾聽過這部經，對其中的義理未盡明瞭，這時他以現量境界去觀照經文，心識微起，立即覺了，不使落入分別思量。這樣過了八個月，對全經的旨趣，了然無疑。
因塔院大方法師被奸商誣告，大師為了解救他，一人冒著嚴寒到了雁平鎮代郡胡順庵公館。胡原是平陽太守，現轉任雁平兵備，對大師一向恭敬，他見大師到來，異常高興地說：「我正考慮到山中，大雪寒冷難禁，已寫好書信，正要派人去接師傅，師傅正巧來到，真乃誠心所感啊！」大師即告訴他大方法師破誣告之事，胡即請人放了大方法師，塔院道場才得以保全。
胡順庵留大師過冬，朝夕問道，十分殷切。大師對他開示說：「密於事者心疏，密於心者事達。故事愈密，心愈疏；心愈密，事愈達。心不洗者無由密，是以聖人貴洗心退藏於密。」又開示說：「目容天地，纖塵能失其明；心包太虛，一念能塞其廣。是知一念者，生死之根，禍患之本也，故知幾知微，聖人存戒。」又開示說：「念有物有，心空法空。是以念若虛熔，逢緣自在；心如圓鑒，來去常閑。善此者，不出尋常，端居妙域矣。」這樣大師信口說來，一個月後，胡順庵已記錄成帙，稱為《佛法緒言》，並立即請人付梓流行。
當時有一位開府高公，移居到鎮代郡，聽說憨山大師在胡公館裏，就去對胡公說：「我家花園亭閣，雖已有許多題詠，現想再求高人一詩，請憨山大師題一首如何？」胡公答應去問大師。當他向大師轉述了高公求詩一事後，大師卻拒絕道：「我胸中無一字，怎能作詩呢？」高公再三向胡公請求，胡公無法推託，只得苦求大師，還拿出許多古人名詩集，擺在大師的桌子上，想借此發動大師的文思。大師偶然翻升詩集，正想構思的時候，忽然靈機一動，詩句即迅速而至，胡公出堂回來，已落筆寫成三十首詩了。大師恍然發覺：「這正是文字習氣魔啊！」立即停了筆，只拿了一篇給胡公塞責，就再也不想詩文的事了。可是這時文思無論如何也控制不住，不覺從前學習過的詩書辭賦，凡是曾經入過目的，都一齊湧現出來，逼塞著整個太虛空，縱使通身是口，也不能抒發心中的詩思，甚至於不知什麼是身心。大師默默地自視內省，似乎有向上飛舉的感覺，正不知怎樣度過這一關。
第二天，胡公送高公回去，大師靜坐獨思：「我現在所發生的，正是中山法光禪師所說的禪病，可是有誰能替我治呢？」繼而又想：「沒辦法，只有靠睡眠來消除禪病了。現在如果能安眠，對修行治障是有益的！」大師關閉了房門，強迫自己睡眠，開始時無論如何也睡不著，堅持了一段時間後，忽然坐忘如睡。
吃齋時童子來敲門，怎麼也敲不開，用木椎來撞，也不見裏面答應。
胡公回來後，問大師為何還未出來，童子告訴他大師在房中已經五天了。胡公就叫人打開窗門而入，看見大師身披衲衣端坐在床上，叫也叫不應，推也推不動。胡公突然想起，過去在書房中設有佛堂，供案上擺有擊子，他曾舉起擊子問大師：「這東西有何用處？」大師說：「西域僧人入定，不能出定，用這一鳴，即能出定了。」胡公這時想：「師傅可能是入定了。」他立即拿了擊子，在大師的耳邊敲了數十聲，大師才慢慢地醒了過來，睜開眼看看，不知身體在何處。這時胡公說：「我送客出去後，師傅即閉門而坐，至今已五天了，你這五天是怎樣過來的？」大師說：「不知道。只存一息罷了。」說畢，又默默地諦觀起來，竟然不知這是什麼地方，也不知從什麼地方到來，再回顧那些住山的歲月，以及以往行腳的歷程，都如夢一樣虛幻不實，求之了不可得。以前被偏空我見所擾亂的心念，現在也雨收雲散，長空若洗，一切陰影都蕩然無存了。心空境寂，其中的妙趣確是無法形容。大師這時想：「《楞嚴經》中說：『淨極光通達，寂照含虛空，卻來觀世間。猶如夢中事』。佛經的言句的確不會欺騙人啊！」
大師徹悟心性後，準備正月還山，就對胡公說：「五臺山的林木，已被奸商砍伐了許多，文殊菩薩的道場將要變成荒山了。」胡公於是具疏文題請上司大禁砍伐。從此以後，國家在五臺山修建叢林梵剎，都仗這大禁保衛下來的林木，否則就無從取材了。