甚麼是因緣？甚麼是自然？因緣，是世間諸法生起的主要原因，自從佛覺悟宇宙人生的原理後，就告訴我們，世間所有一切事物的真相，無不是從因緣生，所謂：「諸法從緣生，諸法從緣滅，我佛大沙門，常作如是說。」用以破除外道所執，神我的自然。因為外道修習非想非非想定，限於智力，未能突破煩惱，進入滅受想定，引發無漏智慧，遂執此境界，立為神我，認為此神我是自然的，而且廣大周遍，不生不滅，是宇宙萬物的生因。
阿難始終用扳緣心聽佛說法，因聞佛前面多番開示，見性不動，見性周遍，見性常住，性非生滅，遂疑佛所說的見性，同於外道所執神我的自然。同時想起佛昔日曾在楞伽山，對大慧菩薩說：「彼外道等，常說自然，我說因緣，非彼境界。」於是又懷疑佛語，前後矛盾。為了解除心中的疑惑，再求佛詳細開示，希望獲得真心，免墮邪道。
佛對阿難言：我在前面，多番運用權巧方便，引喻舉例，種種開示，無非是想說明真妄二種根本，令汝等捨妄歸真，得成佛道；可是你猶末悟，反而懷疑我前後所說矛盾，或同於外道所說的自然。如果真的如你阿難所說：見性是自然的，就應該於明暗空塞等前塵中，指出見性的自然體性。如果說：所見的明相，是見性的自然體，就應該明時有見，暗時無見，當明滅暗生時，怎能見暗？今既見暗，可知見性不是以明相為自然體。若果以空為見性的自然體，就應該有空有見，無空無見；塞時無空，不應有見。今既能見塞，可知見性亦不是以空為自然體。其餘以暗以塞為見性的自然體，道理亦是一樣。見性既能見明，又能見暗，既見空，又見塞，可知明暗空塞等塵境，都不是見性的自然體。
佛破妄執自然，阿難又轉計因緣。但見性的本體，既然即是諸佛所証的本覺妙明真心，豈是因緣生法？所以佛又破見性，非因明、因暗、因空、因塞而生，亦非以明暗空塞為助緣而有。見性若因明有，明為見性的生因，則暗時無明，見性亦應隨明相而滅，又怎能再見暗？今既能見暗，當知見性非因明有。因暗、因空、因塞亦復如是。
再說：見性若緣於空而有，以空為見性生起的助緣，則塞時無空，見性亦應隨空滅，不能見塞；反之，「緣明緣暗，同於空塞」一樣。今既能見明，見暗，見空，見塞，可知見性亦非以明暗空塞為助緣而有，正顯見性離緣。見性不變而能隨緣，所以萬有繁興，不同外道所執的自然；若說見性體即自然，則失其隨緣的作用。見性雖隨緣而體不變，故能超越萬象，不同佛昔日權教所說的因緣；若說因緣，必失其不變的本體。因此，佛的結論是：「當知如是精覺妙明，非因非緣，亦非自然，非不自然，無非不非，無是非是，離一切相，即一切法。」
精覺妙明，是指依他起的見性，亦即是眾生本具的如來藏性；此性純真無妄名精，對境明了名覺，雖無相而能照見一切相名妙明。此精覺妙明的真心，非因明暗空塞或緣明暗空塞而生，但此真心有隨緣的作用，亦非外道所執的自然，故言：「非因非緣，亦非自然。」是破除凡夫與外道的迷情；即下文所說：「此根初解，先得人空。」就可以証得小乘極果。
「非不自然」，在非不自然之前，應加一句「非不因緣」，是以非遣非，不但因緣自然非，即非因緣、非自然亦非，此即下文所說：「空性圓明，成法解脫。」是破除二乘聖人的法執。
「無非不非」，是以無字雙遣非與不非，不但非因緣、非自然要非，即非不因緣、非不自然亦皆非。即下文所說：「法解脫已，俱空不生。」破權乘菩薩的微細法執。
「無是非是」，是指有，非是指空，權乘菩薩，認為必須離空有二邊，然後可以證入中道；今以無字遣之，說明無二邊可捨，唯一中道。
六道眾生，執著因緣、自然；二乘聖人，執著非因緣、非自然；權乘菩薩，執著非不因緣、非不自然；皆是病。無不非，方是藥。無是非是，等如病去藥除，沒有病了，還要藥做甚麼？
「離一切相」，不但因緣、自然要離，非因緣、非自然亦要離，非不因緣、非不自然也要離，是要離，非是亦要離，至此執盡情忘，法法皆真，所謂：「一色一香，無非中道。」故言：即一切法。此即金剛經所說；「離一切相，即名諸佛。」離一切相，是顯空如來藏；即一切法，是顯不空如來藏；離即同時，離即不二，是顯空不空如來藏。離一切相，可以成就妙奢摩他空觀；即一切法，可以成就妙三摩缽提假觀；離即不二，可以成就妙禪那中觀。三觀成，三惑斷，即可契證三菩提，圓成佛道。此正是本經的宗旨，亦是佛說本經之目的。