師九十歲，國府主席林森，海軍總司令楊樹莊，前省政府主席方聲濤等人，屢思整頓鼓山，非師莫屬，以是前後函電多次邀請，師因念鼓山乃薙染之地，義難辭卻，則應邀請，師自接任鼓山住持，應興應革，大為整頓，寺內規模，完全取法金山，將舊時用錢購來百餘名首座，九十餘名知客，悉數取消，禪堂首座邀請金山寺霞後堂，客堂知客定為八名，禪堂每日三枝香，增為十四枝香，不許寺內經懺在佛殿建台，不許俗樂梵音合奏，這樣改革，寺內經懺逐漸減少，幾已絕跡。昔日香花道場，今日變為清靜樂土。
師九十一歲，在鼓山住一年後，諸事整理，略為就緒。春期傳戒，在戒期間，丈室丹墀兩株鳳尾鐵樹，忽然開花，花大如盆，鬚瓣若鳳尾，如優曇花，遠近來觀，絡繹於道。據古德相傳，兩株鐵樹，一為閩王手植，一為聖箭祖師手植，皆唐代物，千年以來未嘗開花。
師九十二歲，傳戒講經，辦學戒堂，辦佛學院，建平楚庵、西林庵、雲臥庵等院宇。是年戒期，筆者獲得殊勝因緣，到鼓山求戒。船至馬尾，是日，師派惠亮師到船上照顧，引導我們至鼓山，比至，見一老人立在天王殿外，蓬髮滿鬢，鬚白垂胸，惠亮師說：「這是老和尚。」
我們一群人聞悉，遂向老人頂禮，老人很慈悲指示我們到客堂休息。求戒畢，筆者就在丈室當侍者。入夏，師請蘇州靈岩山慈舟老法師到鼓山講四分戒本，以是因緣，筆者又得親近慈老學習戒律。
師九十三歲，是年春期傳戒，忽來一老者，鬚髮皓白，容貌清奇，直入丈室，跪師前求戒，師問姓名，曰：「姓楊，福州南台橋人。」至受菩薩戒畢，給戒牒後，不見蹤跡，後有妙宗師至南台龍王庵，見神像與受戒老人形貌相同，戒牒又在神像手中，人咸稱籠王受戒，南台哄動，成為奇事。是次戒期，筆者也在戒堂當引贊師，又在丈室當侍者，曾看此白髮蒼蒼老人，余凡眼，但察不出彼是異人，只覺此老人舉動有異於常人，終日緘默不語，似有飄飄然長者之風。同戒期，有廣東老居士，張孝廉玉濤來寺受具，彼年已六十有六，戒期畢，重請慈舟老法師在法堂講四分戒本。佛學院，請心道印順兩法師為教授，是時筆者為該院督學兼文牘書記。入冬，一個晚上，天寒地凍，朔風颯颯，禪堂正打禪七，外面忽起一陣噪雜聲，有人說：「不得了，火燒大寮。」迅即傳入禪堂，把大家嚇了一跳，一陣，火即熄滅，但此遭火患，是有人圖不軌，故意縱火，幸得天龍八部擁護，火一起燃，風頭立向東轉，又幸腳手眾多，才把這場微小火患熄滅，名山古剎，方保無虞，後查明縱火的人，是一些不守清規而與師作對的人所為。唉！這些壞蛋的業障鬼，以後個個都得到現報，不善而終，因果滴滴無差，誠無謬語。是年，國府主席林公到山，彼兩老攀談甚欣，幾忘寢食，余也在側侍奉茶水，只覺林公鶴髮朱顏，俱長者風，談笑慈祥，為人可親，全無半點官僚身架，彼信佛極篤。
師九十四歲，春月，延請上海應慈老法師臨鼓講梵網經上下兩卷，以是因緣筆者又得親近應老，講畢，師請應老法師在鼓辦華嚴大學，但因校址條件不協中止，筆者即隨應老至滬，聽講一年。忽聞十九路軍在閩舉事，全省寺廟停止留單，獨鼓山仍留海眾，雲水僧人湧集至千餘人，常住米糧雖困，但尚能維持兩粥一飯。
師九十五歲，春期傳戒，重請慈舟老法師講四分戒本，又將鼓山佛學院重新整頓，邀請慈舟老法師主持院務，慈老改為法界學院，另招新生，慈老來函，令余回鼓就學，是時全國各省學者，因慕慈老戒學兼優，各方聞悉，紛紛赴閩就學，共有二百餘人，院內全體學生戒晚，教行並進，院規嚴肅，一時之盛，可與閩南佛學院媲美。六月新建放生圓落成，因舊時放生圓在寺內，臭氣熏天，極不衛生，又不雅觀，師在舍利窟左右，另擇新址重建，將全部放生移出寺外。又將寺內放生園故址全都拆除，建為雲水堂、傳戒堂、佛學院、沐浴室。
一早，師過早殿回來，趺坐間，似夢非夢，見六祖至，語曰：「時機已到，你可回去重修南華。」師突醒，甚異之，但也不置盡信，昏昏又入睡狀，六祖又來催去，如是者再，清早老人過堂回來，卸下衣袍，對觀本法師及之清侍者師說：「奇怪，我清早一連三次夢見六祖來叫我去重修南華。」師說著，似有感慨萬分，又說：「南華祖庭，為天下五宗發源地，道場本應重修莊嚴，惜我虛雲年已高邁，恐不能如師命矣！」說已，慨然不置。過三天，果然接粵北綏靖主任李公漢魂，電函邀請師住持南華寺，事應夢兆，真亦奇事，師本不敢應諾，但以六祖有夢兆在先，必有因緣，師即提三個條件，回覆李公相商：
（一）六祖道場南華寺，永作十方叢林，任僧棲止。
（二）宜爭取原有子孫房眾，願意交出，不可迫脅。
（三）所有出入貨財，清理產業，交涉訴訟等事，概由施主負責。
倘允三事，即來參看。李公覆電照行。並派吳祕書種石暨廣州香港緇素十餘人，到鼓山迎迓。
是年，師要離開鼓山到南華巡視，鼓山常住舉行隆重大會向師餞行。次早，師照舊過堂吃粥，在齋堂向大眾表堂辭別，八點正，打雲水板，合山大眾著海青齊集山門外，與師送行；當家盛慧、復騰、知客寶光一群人等，至丈室謁師送行，他們一到丈室，內面寂然無聲，不見老人，質諸侍者，侍者亦云不知，四處找尋，都不見師之蹤跡，各人甚異。寶光回客堂打電話問鼓山下院，下院覆電云，老人一早已到山下多時了，合山送行諸大眾聞悉，面對面相笑而散。原來老人過了早堂，不回丈室，繞道到天王殿拜韋馱菩薩；拜畢，逕出山門下山，他這樣靜靜離開，是不敢打擾合山大眾替他送行的。
師離開鼓山，職權暫交盛慧老當家代理，但離開鼓山不到數日，在一個晚上九點，寺前三樓迴龍閣全座被燬，損失慘重，常住當家慨嘆萬分，對大眾說：「我們覺得很慚愧，老人坐鎮鼓山時，有歹徒故意縱火焚燒鼓山，始終都燒不去，他老人一離開鼓山數日，迴龍閣全座被燬，教我們有何面目可回覆他老人呢？這真使我們慚愧極了。」後通電南華告知老人，老人覆電云：「俟他回鼓再想辦法。」