師六十三歲，和戒塵法師相約遠遊，其目的地是四川峨嵋山，雲南雞足山，由寶鴨口至紫柏山，遊張良廟，過招化縣，觀張飛柏，至成都小住，由嘉定抵峨嵋山，禮普賢菩薩聖跡，在山居留數日，下山，過流沙河，適水漲，欲渡船，船索忽斷，流又急，船小人多，稍側即覆，師從流而下，在水浸一日，衣服及手足皆被小石割破，痛極難忍，天寒下雨，行抵晒經關，向一寺求宿，寺僧不准，令宿門外戲台，地濕衣濕不能睡，師與戒師同坐至天明。清早起程，至會理州，入雲南境，過永北縣，朝觀音菩薩聖跡，渡金沙江，朝雞足山，復聞石門內魚罄聲，翌日，上金頂進香，此時師又重睹滇省佛教衰敗至此，全省僧規不整，雞足寺僧，各據寺產，自稱為大，師發願在山結一庵，以接朝山海眾，又為地方子孫寺廟所禁，思之欲淚，山上不能居留，遂下山抵昆明，得護法居士岑寬慈接住福興寺，是歲在寺內閉關三年，戒塵法師為外護。
師六十五歲，由諸護法暨歸化寺住持契敏和尚懇請出關，到歸化寺講圓覺經，四十二章經，皈依三千餘人。入秋，由夢佛上人請到筇竹寺講楞嚴經，傳戒，此即師在滇省弘法之始，大理提督張軍門松林，李軍門福興，率眾官紳，迎至大理府，住三塔崇聖寺，請講法華經，皈依又數千人，李提督福興請師住持崇聖寺，師婉拒，師曰：「吾不住城市，早有願在雞足山掛單，而山上子孫不許，今諸位護法，能為圖一片地，願開單接眾，以挽救滇中佛教僧眾，恢復迦葉道場，此衲所願。」
眾稱善，乃令賓川縣知縣辦理，於山中覓得一破院，名缽盂庵，請師住持，師將該庵重修，闢為十方叢林，迎接海眾，此即師在雞足山重興之始。
師六十六歲，石鐘寺住持寶林和尚，請師在該寺傳戒，求戒者八百餘人，是年為重興缽盂庵，師往南洋募化，先至南甸，在太平寺講彌陀經，皈依者數百人，到仰光，高萬邦居士陪朝大金塔，秉輪到檳城，在極樂寺講法華經，在麻六甲青雲亭，講藥師經，到吉隆坡靈山寺，講楞伽經，法緣殊勝，前後皈依萬餘人。是歲冬月，在吉隆坡過年，接滇省全體僧眾急電，謂政府要提寺產，上海寄禪和尚來電，促請公回國，共圖挽救云。
師六十七歲，春月回國，船經台灣。登陸參觀基隆靈泉寺，又至日本參觀東京各地勝跡，三月回國抵滬，隨即與寄禪和尚人等，進京請願，會庚子年隨鑾護駕諸王公大臣，共襄策是，得各護法幫助甚多，諸事順利，遂獲上諭，准免寺產捐稅，同時又得皇恩敕賜，「雲南雞足山缽盂峰迎祥寺，加贈名護國祝聖寺，欽賜龍藏，鑾駕全副，欽命方丈，御賜紫衣缽具，欽賜玉印，錫杖如意，封賜住持虛雲，佛慈洪法大師之號，奉旨回山傳戒，護國佑民。內務府大臣傳知虛雲，謹領各件回山，永鎮山門，善為布教，地方官民，一體虔奉，加意保護，毋得輕褻，此諭，光緒三十二年七月十五日給」
師六十八歲，請藏諸事，業已辦竣。正月，運經出京，先至滬，及廈門，這段路程，全仗普陀佛頂山文質和尚，廈門轉道和尚之力布置，師抵廈，忽接鼓山來電，謂妙蓮老和尚於正月在龜山圓寂，是時廈門諸山長老僧眾均到鼓山參加老人荼毗禮，師趕回鼓山，為妙蓮老和尚建塔，傳幽冥戒，至四月十日進塔，是日官紳士庶來山，絡繹於道，入塔時，天坪祭齋百桌，大眾誦經，上供畢，念變食真言時，忽一陣旋風，將諸祭品，旋於空中，靈龕頂一道霞光，直貫塔頂，眾皆贊歎。靈骨一半入塔，一半運至檳城極樂寺入塔供養。
師迎藏經及妙蓮老和尚靈骨灰至檳城極樂寺，大眾迎者數千人，供靈時，大眾念經，念到變食真言時，又忽起旋風，將萬花吹散，靈龕頂涌白光，直透二里外，成為奇跡。此二事均師親目看到，佛云：「密行難思議」，妙老則同此類人。
各事理妥，師啟程到母那，觀音亭講般若波羅蜜多心經，繼則乘船赴暹羅，船中無素食，終日趺坐，有一英人至師前，問曰：「大和尚，要往那裡？」師知英人能懂說華語，回答：「要往雲南。」英人邀師至客房坐，出糕餅牛奶，請師，師恐葷質，婉卻之。英人又問：「你是雲南何處？」師答：「是雞足山迎祥寺。」英人說：「此寺規矩甚好。」師問：「先生曾到過嗎？」英人答：「曾做過騰越昆明領事官，曾到該寺參觀。」英人又問師：「到外國何事？」師將請藏經回滇，因路費缺乏，先到檳城化緣事相告。英人再問：「那你有公文嗎？」師將公文證據及緣簿示之，英人慷慨地在緣簿寫捐三千元，此亦奇緣，英人請師素食，同船到暹羅上岸分手。師住龍蓮寺，講地藏經，期內，英人到寺拜謁，付三千元，即辭去。師講畢，因法會殊勝，眾請續講普門品，聽者數百眾，一日，師趺坐，一定九天，忘記講經，一時暹京哄動，出定後，經講畢，國王請師至王宮誦經供養，官紳皈依數千人。
師六十九歲，偕善慶和尚到雪蘭峨觀音閣，旋至怡保參觀石洞，後往檳城極樂寺，講起信論。越年，運經起行，取道入仰光，所載藏經，分乘三百餘馱，人馬同行，幾及千眾，經騰越、下關各鎮，多承地方迎接，在路上數十日，人馬平安，獨由下關進大理時，忽雷電交作，洱海波騰，雲氣變幻，作奇景，而無雨，至寺門，行迎經大典，安妥，乃大雨滂沱，每日仍大放晴，成謂洱海老龍，來迎藏經。是時雲貴總督李經羲，奉諭派員到大理，率官紳接旨迎藏，目睹斯事，大贊佛法無邊。
師七十一歲，滇督李帥，暨其家眷來寺皈依。夏間，由鼓山轉來湘鄉家信，拆閱，係師在俗之髮妻譚氏所寄。信裡這樣寫道：
拜違尊顏，時深繫念，奈雲山阻隔，音問難通，疏慢之愆，職是之故，遙維 德公大和尚，動定綏和，法體康健，曷勝遠祝。憶君遁別家山，已五十餘年，寤寐之間，刻難忘懷，未讅道履何處，仙鄉何在，未獲衛侍左右，實深歉疚！今春正月，側聞高隱閩海，優遊自得，聞之不禁悲喜交集，然究未知的實下落，真令懸戀難測，因念上離父母養育之恩，下棄吾等結髮之情，清夜思惟，其心安忍！況今兄薄弟寒，父母年邁，吾等命乖，未能興宗繼嗣，家中無倚靠之人，宗嗣無接續之丁！每念及此，未嘗不涔涔淚下也，儒以五常為道，昔湘仙尚度文公，及妻，且我佛以親怨平等，調達耶輸，盡先度之，想吾等與君豈非緣乎！既不動鄉關之念，還須思劬勞之恩，吾等無奈之何，今將家事，略述大概。
自駕別後，慈父令人四探無著，慟念於懷，常感有病，告老回家，養病一年餘，至甲子年（同治三年）十二月初四日巳時逝世，喪事辦妥後，姨母（即庶母王氏）領我並田氏小姐，同入佛門，姨母法名妙淨，田氏鵝英，法名真潔，我名清節，家事概交叔嬸料理，多作善舉公益，餘不煩敘。鵝英吐紅，披緇四臘，撒手西歸，乙亥年伯父在溫州病故，我大哥現牧西寧府，榮國（從弟）偕鵝英三弟赴東洋，華國繼續君嗣，至富國從君去後，未見音信，古謂大善無後，君雖僧伽再世，然頓絕二祠香煙，雖是菩薩度盡眾生，未免使愚迷謗無孝義，吾本於孝義有虧，常慕君之靈根深厚，志昂誓堅，若運花之不染污泥，又何必遠離鄉井，頓忘根本，吾之所以痛苦呈書者，特為此也。去冬（宣統元年）己酉歲，十二月初八辰時，姨母王氏（比丘尼妙淨）告辭西歸，在彌留時，跏趺說偈，偈云：
每因恩愛戀紅塵，貪迷忘失本來人！八十餘年皆夢幻，萬事成空無一人！
今朝解脫生前累，換取蓮邦淨妙身。有緣念佛歸西去，莫於苦海甘沉淪！
說畢，斂視寂逝，異香數日，端坐巍巍，儼然如生，嗟呼！世雖夢幻，本人也感涕矣！今寄數語，使知家中事務，信到之日，速請束裝就道，萬勿遲延，並將富國一同回家，（富國從弟，前與師同走出家。）不枉清節傾渴翹冀，端盡愚忱，是吾所深幸也。況茲聖教凋零，楚夏風俗，君豈不知，伏祈我師如迦葉尊者，放紫金光，同作法侶，滿腔蓄淚，盡形一望也。鄙語千言難盡，意義在不言中，匪朝匪夕，盼禱無涯矣！肅此敬叩慈安，伏乞丙鑒不宣。
君亦鴻雁別故鄉，沖霄獨自向南翔，可憐同巢哀哀侶，萬里秋風續恨長！
望斷天邊月，淚泉瀉滿睛，我棲湘江上，竹痕已成斑！
君必成大道，慧業日當新。昔時火宅侶，原是法城親。
尼弟子清節頂禮百拜，哽咽泣書。（宣統二年二月十九日）
師看了，感慨萬端，但又得悲喜交集，悲者，悲庶母撫育之恩未報，喜者，喜庶母出家四十餘年，命終心不顛倒，留偈而逝，即生西之兆。
師七十二歲，是年宣統三年，辛亥革命，武昌起義，清帝遜位。師在祝聖寺領眾打禪七，革命風聲，傳至滇省，地方大亂，人心愴惶，各省逐僧毀寺，風動一時，在滇省掌新軍為協統李根源，惡諸僧徒，親督隊伍赴雞足山，逐僧拆寺，又想師乃一窮和尚，何得各方民心敬仰，必有怪術，乃指名捕師，各方寺僧，驚惶逃竄，師寺中百餘僧眾亦皆驚恐，勸師逃避，師曰：「諸位驚懼則去，老衲不畏矣。」李根源領兵入山，駐軍悉檀寺，毀金頂雞足大王像，毀佛殿，毀諸天殿，師以事急，親自下山會見李根源，但至軍門首，守軍不肯通報，師逕入，見李根源與前四川布政使趙藩同坐殿內，師至前致禮，李不顧，趙藩與師有舊，遂問師來此何幹，師將情由陳述。時李公怒形厲聲問道：「佛教有何利益？」師笞：「聖人設教，濟世利民，為善去惡，從古政教並行，政以齊民，教以化民，佛教教人治心，心為萬物之本，本得其正，萬物得以寧而天下太平。」此時李公怒氣稍溫，又問：「泥塑木雕，豈不空費錢物？」
師答：「佛言法相，相以表法，不以相表，於法不張，令人起敬畏之心耳。人心若無敬畏，無惡不作，禍亂以成，即以世俗言，泥山塑聖，丁蘭刻木，中國各宗族祠堂，以及東西各國之銅像等，亦不過令人心有所皈，及起其敬信之忱，功效不可思議，語其極則，若見諸相非相，即見如來。」
至此，李公略現悅容，呼左右具茶點來，又問：「何以和尚不做好事，反而做許多壞事，成為國家廢物！」師喟然感嘆一聲答：「和尚是通稱，有聖凡之別，不能見一二不肖僧，而棄全僧，豈因一二不肖秀才，而罵孔子，即今先生統領兵弁，雖軍紀嚴明，其亦一一皆如先生之聰明正直乎！海不棄魚蝦，所以為大，佛法以性為海，無所不容。」
這席話，說服李公，李公笑顏逐開，知師非凡輩，俯首致敬，留師晚齋，秉燭深談，由因果說到業報，由業報說到世界相續，由世界相續說到眾生因緣，由淺入深，言愈暢，而理愈明，此時李公猝然大嘆：「佛法如此廣大，吾已殺僧毀寺，罪業深重，奈何！」師慰道：「此一時之風氣，非公之過，願公以後，永護佛法。」
李公大悅，翌日，李公隨師移住祝聖寺，蔬食數日，八月初四日，山中忽現金光，自山頂至山麓，草木皆作金色，李公感動，遂執弟子禮，請師為雞足山總住持，李公引兵離去，是役，若非師至道苦行，恐不能易轉其惡念於剎那間，以是佛門有托，全賴於師。
是年，上海佛教同人來電，促師至滬，共襄佛教大局，因民國初立，訂制佛教會新章，略與諸方牴觸，時師北行至滬，與寄禪、冶開，諸公斡旋，於南京晤孫中山，商改訂會章，事畢，復與寄禪同往北京晤袁世凱。佛教局面稍靖，寄禪忽病，坐脫於北京法源寺，師為料理喪事，扶柩至滬，在靜安寺開佛教總會成立大會，及寄公追悼會畢，師領滇黔兩省分會公文，及滇藏支會公文，準備回滇，李公根源，廣書介紹函，與蔡鍔諸公，共為護法。
師七十三歲，回滇後，即開辦佛教分會，在文昌宮成立大會，舉辦佛教學校、佈道團、慈善醫院。
師七十四歲，創滇藏佛教分會。
師七十五歲，回雞足山，重修興雲寺。
師七十六歲，在祝聖寺與鬼授戒。
師七十七歲，再到仰光，請回高萬邦居士所送玉佛，在龍華寺講經。
師七十八歲，在騰衝保山，各寺講經。
師七十九歲，唐督繼堯派員備書，令賓川縣同入山請師，到昆明超度將士萬靈，師不得已，應諾前往。是時道途多艱，縣以乘輿及派兵護送，師卻之，只挈徒修圓同行，至楚雄途中遇匪，搜出唐致師之函，威嚇拷打，師曰：「不必打，請見你們總司令。」
即拿見其首領楊天福、吳學顯，他們一見師，大聲喝道：「你是什麼人？」師答：「我是雞足山和尚。」問：「何名？」答：「虛雲。」問：「進省做什麼？」答：「做佛事。」問：「唐繼堯是個匪，你為何去幫忙他，他是個壞人，你與他來往，亦是個壞人。」師答：「你說壞人，亦是難說。」「何以難說？」答：「往好處說，人人都是好人，往壞處說，個個皆是壞人。」「怎麼說？」師答：「假使你與唐兩位，都是為國為民，為福國福民，乃至你們部下，個個都如此，豈不是個個都好人。從壞處說，你說唐是壞，他說你是壞，各有成見，如同水火，兵連禍結，害盡人民，豈不是個個都是壞人，老百姓從左是盜，從右是匪，如何可憐！」
楊吳等人，聽了皆笑，吳說：「依你說不錯，那麼怎麼辦呢？」師曰：「依我說，你們不要打，請你們招安？」吳曰：「照這樣，你不是叫我們投降嗎？」師說：「不是這樣說，我說招安，因為你們都是賢才，是招國家之賢士，以安地方，只要你們不存私見，安民救國，豈不是好。」吳聽了，頗有意思，問師：「那麼向何處辦理呢？」師答：「向唐辦理。」吳說：「向唐就不幹，為什麼？他殺了我許多人，關禁我許多人，現在我正要向他報復，還要我向他投降，這點，是我不能辦的。」
師曰：「先生勿誤會，我說向唐辦理，因為他現在是中央委來的官吏，事權在手，將來你是中央官吏，你事權在手，他緞殺你許多人，我這回去做佛事，就是要超度兵士亡魂，至若關起來的人，我這回要請他大赦，你的人也不能例外，你如不聽我勸告，古今戰爭，勝敗難說，你與唐各有各的力量，究實你比他為難，他有人有財有補充，有中央力量，比你為強，我今日不是向你招安，路過此地，都算有緣，為國息爭，為民安樂，方外人不惜饒舌。」
這席話，楊吳等人聽了，大受感動，反為托師做個媒介代表。師說：「代表之事，貧衲實不敢當，請你們提出條件，我有機會，當向唐說。」楊吳等審議再三，提出六條：（一）在招安前放回我們的人。（二）不得把我們的兵解散。（三）不得將我們職權取消。（四）我們隊伍歸我們管。（五）過去兩家戰爭不得追究。（六）招安後彼此兵丁不得有兩樣待遇。
師曰：「以此條件，想不成問題，俟與唐商後，當有公事給你們，及派員接洽。」，吳曰：「那麼，煩勞老師父了，事若辦好，我們感謝不盡。」師曰：「不必言謝，我是順便經過的。」
此時楊吳對師格外優待，備美葷席款師，楊吳見師不舉箸，即改素菜，是夕款談甚欣，欲留師住，師以事忙，翌早，辭行，送路費食物及備輿馬，派人護送，師卻之。
師到昆明，唐派員招待，住圓通寺。是晚，唐見師說：「與老和尚別幾年，我祖母、家父、室人，相繼謝世，心已難安，更加土匪遍地，民不聊生，將士傷亡，孤魂未度，因此想做三件事：（一）作一場大佛事，求佛加被，消災免難，超荐亡靈。（二）將圓通寺建一大叢林，弘揚佛法。（三）辦一完善之大學，以教育青年。第三件，我自有人辦，至第一二件，除老和尚外，別無他人能任。」
師聽唐公提此三事，合掌讚歎道：「公發弘願，斯世希有，是菩薩心，衲知識淺薄，無此能力，建叢林事，海內大德多人，但圓通寺非叢林地，住不過百眾，請再考慮。至做佛事，日期不多，可代效勞。」唐公曰：「師言圓通寺地方不合叢林，甚高見，往後再說，做佛事如何辦法？」
師即提三事，向唐公商議：（一）道場起經之日，全市禁屠。（二）大赦牢獄。（三）賑濟難民。
唐公曰：「一三事可照辦，至二件，係中央司法主權，唐不能自主。」師曰：「國家多事，中央已不能顧及，祇與司李商之，便能做到，以迓天休。」唐公首肯。師又向唐公報告路上遇楊天福吳學顯之事，藉此大赦，將他們的人放出，亦易於感化。唐聽說，當下大喜，即斟酌辦理大赦招安事。
師八十歲，春月，在昆明忠烈祠啟建水陸道場，法會開始，即大赦及禁屠，於會期中，唐派員與楊吳商招安事，委二人為大隊長，從茲地方安靖，二人始終不變。當法會開始，師上壇拈香時，全壇蠟燭盡開燈花，狀如蓮花，霞彩奪目，法會圓滿，空中現出寶蓋幢幡，飄漾雲中，全城目睹，羅拜於地，唐公感動，合府皈依於師。
師八十一歲，唐督仍請師建水陸道場，請師住持華亭寺，師將寺名改為雲棲寺，又將修建重興。
師八十二歲，滇省自顧品珍倒唐奪政後，二月起天雨不息，城內可行舟，七月旱災數月，熱毒蒸騰，喉疫大作，死人數千。是時師初住雲棲寺，遭此凶歲，諸事暫緩進行。一日，師與具行上人同進城，歸途，拾一包裹，開視，內有金玉釧金釵環鏢等物，滇幣八千元法國幣萬餘元，視畢，復裹之，待人來尋回，日將暮，離寺尚遠，將物帶走，俟明日再來等失主，後登報找尋，將到山下，渡海時，忽見一女子跳海，急趨救之，力牽上岸，女不肯，仍尋死，強伴至寺，已入夜，令她換衣，與之食不食，師勸慰良久，女自言姓朱，長沙人，生長雲南，年十八歲，父在城內福春街開藥行，只生我一人，因孫師長到家求婚，自稱未娶，父母信之，過門後，知有元配，悉受騙，元室兇惡，屢遭毒打，父母又畏孫師長勢，求生不得，求死不能，因此帶了多少錢財逃出，欲往雞足山投虛雲老和尚出家，以不識路道，走了兩天，在途上驚有人來追，包袱失落，今則非死不可，師詢失物相符，遂交還，又慰藉。翌日，師通知朱孫兩家來寺解釋，以因果法示聞，其夫及大婦，跪在佛前，立誓懺悔前非，相抱而哭，視者動容，在寺住三日，男女老少數十人，發心皈依，受戒而去。
師八十三歲，重建雲棲寺，時陳太史筱甫，將自己花園送與農林學校，取回勝因寺地址，改作雲棲寺下院，建殿堂寮房，又修太華寺、松隱寺，在山下新建招提寺，改村名為招提村，在後山深林中，撿一包袱，內有金銀幣等值二十餘萬元，送與政府為賑濟用，眾謂常住困難，應留常住。師曰：「佛制僧人不得拾遺財，今已拾之，已屬犯戒，歸於常住，更為非議，諸公樂捐己財，以種福田則可，僧人無糧募化則可，拾遺歸常住，衲不敢也。」眾稱善，遂撥賑款。
滇省連年災旱，人民病苦，喉疫大作，死亡無數，上自將領，下至士民，無不思唐公舊德，群議定迎唐公回任，唐回滇督任，詣寺請師禱雨，壇設雲棲寺，祈禱三日，雨大降，人民喜悅，喉疫一症，依然蔓延猖獗，唐說：「聞雪能止喉病，今已暮春，何能得雪？」又請師求雪，越日，雪下盈尺，喉疫頓息。
師八十四歲，是年建雲棲寺七眾海會塔一座。
師八十五歲，修理金山祖塔，七佛塔，共十六座，修全寺佛像，五百羅漢，勝因寺大殿，鑄大銅佛三尊，修西方殿，塑三聖像。
師八十六歲，在寺講經，傳戒，打禪七。
師八十七歲，在寺講經傳戒，是時戒期殿前枯梅開白蓮數十朵，前後菜園，所有青菜盡放青蓮花，每花中心立一佛像，然此瑞兆，真屬稀有，成為萬古嘉言，張拙仙有詩為誌：
華亭千歲劫如灰 雲瑞重逢五色開 苦菜遍呈青玉佛 枯梅欣湧白蓮台
法筵優缽諸天雨 道樹菩提自性栽 正聽闍黎宣戒本 一花復現一如來
師八十八歲，在寺講經傳戒，建幽冥大鐘樓。
師八十九歲。與王九齡同來香港，時陳銘樞主粵政，派員來接至廣州，住頤養院，同遊白雲山能仁寺，陳請師住持曹溪南華寺，師以年齡高邁，卻之。至廈門福州，回鼓山，講金剛經，赴育王寺拜舍利，再朝普陀，文質和尚陪至滬。是年冬月，鼓山達本老和尚圓寂，派人到滬商事。溯師自六十五歲至八十九歲，均住在雲南宏化，在這漫長二十餘年間，把雲南衰微已久的佛教，全部復興起來，在師手頭，所修建的寺院，大大小小已有十餘間，其中雲棲祝聖兩寺規模最大，作十方叢林制，開單接眾，講經坐禪，以師之德，深獲全省人民愛戴，無不奉為活佛，花神地神，亦感師德，屢次應現瑞相，以證其行，依這一端，我們凡夫肉眼，亦能看得出師是不可思議的人物。