一五七七年，大師三十二歲。冬去春來，百花爭妍，大師離開胡公館，一路上踏著嫩綠色的青草，回到五台龍門。當他站在龍門的石岩上，環視著依舊冰封的崢嶸山色，白皚皚的一片，似乎想把人間永遠封閉在嚴寒中。大師望著望著，心又不禁從那徹悟自性中，回顧如夢如幻而又清晰異常的童年時代，重溫和父母在一起的日日夜夜，心中不免感激地想：「我假使沒有父母的刻意栽培，尤其是母親的熏陶，哪有今天的徹悟心性？尊敬的父母啊！您們現在怎麼樣了？我多麼希望能報答您們的罔極之思啊！」
大師一邊想念父母的恩情，一邊回顧出家後的經歷，發覺自己雖已開悟，但在向寶所邁進的大道上，還僅僅是個小小的起點，前面是三大阿僧祇劫的遙遠征途，還有數不盡的艱難曲折，以後從哪兒開始走呢？
一天，大師看完南嶽慧思大師的發願文，那崇高的願心，懇切的詞句，撥動了大師的菩提心弦。對！開悟以後應該廣做佛事、普利眾生，完成佛法的自覺覺人的偉大事業！大師決定第一步先刺血泥金，抄寫《華嚴經》一部，上結般若的殊勝因緣，下酬父母及一切有情的深恩大德。
明神宗皇帝的嫡母慈聖聖皇太后，信奉佛教非常虔誠。她平日樂善好施，京都的人們都稱她為佛若娘娘。一天，她在全國選拔了有道德的僧人召開一次誦經法會，目的是祈求國家太平，人民幸福。大師聽到這一消息，暗中報了名。太后知道大師要以血泥金抄寫《華嚴經》，就賜了金紙給他。
第二年四月，大師在靜室裏開始寫經，無論點畫大小，每落一筆，心念佛一聲。一些遊山的僧俗到了大師的靜室，往往要求大師開示幾句佛法，而大師雖然手中不停地抄寫著，但照舊不失應付對答。凡是來問訊的，大師都要跟他們寒喧幾句，其中一些高人故舊，大師則恭敬地延請他們坐上禪床，照例和他們對談佛法，也不礙手中寫經。大師每日如此的抄寫，雖然人來人往，心中了無動相可得。
許多老宿聽到大師如此情形，都認為非常奇怪。一日，老宿們率領了許多弟子來到大師靜室，想證實一下究竟是怎麼一回事。他們在大師身旁故意用種種方法攪亂，等大師寫完一個段落，拿起一看，果真沒有絲毫差錯，這才確信大師的功夫非同尋常，是有一定修證的。但他們對這功能仍還不解，又去問妙峰大師：「憨山大師為何能一心多用？」妙峰大師答道：「我師兄人念佛三昧已經純熟了！」此時，妙峰大師也在北台刺血泥金抄寫《華嚴經》。
當二位大師寫經圓滿後，共同商議建一圓滿道場，並稱為無遮法會。妙峰大師著手募化錢糧，又準備到京都請五百名大德名僧參加。在法會事宜初步就緒時，剛巧神宗下旨祈禱皇嗣，派遣內官到武當山求道士；聖母李太后派遣內官到五臺山求僧伽。
憨山大師認為沙門所作一切佛事，無非為國家太平，人民幸福。現在太后祈皇嗣於佛教，這是關係到國家和人民的未來，因此也極重要。大師想要無遮法令的一切安排，都歸併於求皇嗣一事上，不可為區區個人名譽著想。妙峰大師和內官都表示反對，大師堅持與他們力爭，因此就觸犯了內官，有些人也想乘機中傷大師，破壞道場，但大師提倡為國求皇用的決心，竟使大師始終無恙。
李太后為了薦先帝，保聖躬，不久前派了內官帶領三千名建築人員到五臺山修造塔寺。大師恐朝廷初到五臺山做佛事，難以完成修建任務，有傷法門，因此盡力從中協助調度，直至第二年塔院落成。大師把血金書寫的《華嚴經》安置在塔上，又寫了一篇發願文供在塔中。
這時，妙峰大師已去京都，大師一人募化資金。先造了華嚴法界轉輪藏，以供道場使用，並推備了供具、齋糧等一切所需。大師不分晝夜地奔波了九十日，終於完成了道場的一切事務。到了十月臨期時，妙峰大師率領了所請的五百多位大德高僧，畢集在山中，加上本山的人員，共達千人。這上千人的安居床被及供具茶飯，在大顧的調度下，有條不紊，處處現成。大眾對大師的能力都感到十分驚訝。
在法全初開的七晝夜中，事情異常繁忙，而大師卻粒米不餐，僅喝些開水，仍照常應付各種事務。
佛堂裏，每日要以五百桌的齋食供養諸佛菩薩，天天如此，次第不失，大眾不知這許多齋供從何處來，有的認為是神力所運，只有大師知道這是佛力的加持。
法會圓滿結束後，大師第二年又在五臺山塔院講解《華嚴懸談》。在百日的經期中，每日雲集在塔院的十方緇素，不少於萬人，可是在大師的指揮下，吃一餐齋如同坐一堂禪一樣，絲毫不雜，根本聽不到傳呼剝啄的聲音。
大師把精力過度地用這二次法會上，當經期結束後，生了一場病。這時他與妙峰大師離開塔院，一缽飄然長往了。
妙峰大師一人到蘆茅去。大師因為身體有病，便到真定障石岩調養身體。在這裏大師作了一首詩，其中有二句是這樣的，「削壁倚天應礙石，斷崖無路只飛梯。」
這年八月，皇太子降生，正好是祈嗣法會的十個月。
大師身體稍好後，又到了京西的中峰寺，在此作了一篇《垂刻中峰廣錄序》。冬天在石室裏閉關水齋。