一五五七年，大師十二歲。隨著年齡的增長，知識也逐年提高，對於人生世間是怎麼一回事，有了一定的認識。因為宿根深厚，便越來越明顯地表現出淡薄無為的性格。他不喜世間的欲樂，不嚮往男女間的情愛，所以當地父親準備替他訂下婚姻時，他即表示強烈反對，父親拗不過他，也只得作罷。
一日他聽到金陵的一位和尚說：「金陵報恩寺的住持西林和尚，一生修行，很有道德。」便發心想跟隨西林和尚去學佛法。他就把出家學佛法的事告訴了父親，但卻遭到了父親的拒絕，只得又去請求母親，母親說得很有道理，她說：「養育兒女的目的是期望他獲得真正的成就，既然他有這樣崇高的志願，我們做父母的應該讓他去！」於是就在十月的一天，把他送到報恩寺去了。
他一來到報恩寺，許多人一望見，都非常讚歎，認為將來必有成就。西林和尚在方丈室裏全見了他，就滿心歡喜他說：「這孩子骨氣非凡，若僅做一名俗僧，那就太可惜了！」當時禪宗名宿無極大師正在三蔣殿初開法會講道，西林和尚便攜帶他去拜見。會面時，大學士趙大洲也在旁，一見他也很歡喜他說：「這孩子將來當為人天師表！」又撫摸著他的頭說：「你愛做官，還是愛做佛？」他立刻回答說：「愛做佛！」趙大洲對二位大師說：「這孩子不可輕易看待，應好好地培養他，將來必有大成。」就這樣，在許多佛教老前輩的關心和重視下，他開始踏上了最有意義的人生之路。他的第一課，就是參加無極大師主講的法會，雖然還聽不大懂究竟講些什麼，但心裏卻覺得似有所知。而只是無法形容罷了。
聽完了這一座講經法會後，西林和尚即選擇了徒孫中最有學問的數人，專門來教育他。先是學習《法華經》，僅學了三個月便能流暢地背誦。這樣他認真地學了二年，一般流通的經論，都已能熟背了。
西林和尚見他進步很快，高興他說：「這孩子可教，不可誤了他的光陰。」於是又延請了精通《四書》、《五經》的先生來教他。先生讓他先學習進舉子的必修課《四書》與《五經》，後又學習了諸子百家的學說，左傳、史記等歷史，以及古文詩詞賦等，真是無所不學，無所不讀。這樣跟先生學習了三年，學通了《四書》、《五經》等大量作品，並即能賦詩作文。當時還曾寫過一首《江上籍》的賦，在同學中間頗有影響，大家見他學識捷進，都非常雅重他，他感到文學事業有累阜心，因此對進舉一事，並無多大興趣。
一五六四年，大師十九歲。因許多同學在進考舉子時都取得優異成績，有人勸他也去應試。剛好棲霞山的雲谷大師也在寺裏，聽到人們議論著進舉應考的事，惟恐他也有應試的念頭，便竭力對他開示出世解脫與明悟心地的如何重要和如何微妙的道理，又歷舉了《傳燈錄》以及《高僧傳》中的諸位祖師們修行證果的殊勝因緣，並叫他自己去閱讀古德遺著。雲谷大師是禪門中的正法眼藏，憨山大師一向對他十分敬重，現在聽了他的指點，就到藏經樓，在書笥裏撿得一本《中峰廣錄》，認真地閱讀起來。書未終卷，內心便非常欣慰地想：「這個能出離生死痛苦的參禪法門，正是我所高興修的啊」。從此以後，便立志修習禪宗法門，脫離生死苦海，對進舉的事不再動心了。
過了幾天，他恭請西林和尚做了他的剃披師，真正成了出家的弟子。接著又把以前文學作品全部燒掉，以絕留戀之情，並專心於參究向上的大事。
這樣修了一段時間，他感到自己未明參窮宗旨，又試用專心持念阿彌陀佛名號的方法。當他日夜不斷地念了幾天後，忽然在一夜間，夢見阿彌陀佛現在空中，位置正當日落的地方。夢中見到的佛，莊嚴的相好和圓光都非常清楚，大師虔誠地行了接足禮，內心瞻戀不已；又願見觀音菩薩和大勢至菩薩，二尊菩薩也立即現出了半身。從這夢後，三聖就時常在目前，身心已趨向初步的法樂中。他心裏很自信地想：
「修行一定會成功了。」
到了冬天的時候，報恩寺舉辦了講經法會，請無極大師講《華嚴懸談》。憨山大師在這時受了具足戒，並隨眾聽大師講解。當地聽到十玄門中「法界海印，森羅常住」時，恍然了悟法界圓融無盡的道理。他由精奧的文章聯想到著者，內心就更加羡慕清涼大師的道風。以清涼為義，他還取了「澄印」的字，並把自己的想法和「字」請無極大師指正。大師問他：「你有志願入這個法門嗎？」他答道：「有！」大師對他的志願很讚賞，就向他介紹了五臺山冬積堅冰、夏仍飛雪，從來沒有炎暑等清涼勝蹟。
打這以後，無論來往做事，冰雪之境居然現在目前。因此向往清涼的心念更加堅固，發願住在其中修行。這時，對世間的名利再也沒有耽著之心，而厭離世間五欲的念頭，卻沒一刻忘掉。
在年底的最後一天，西林和尚畢集了一切法眷說：「我年齡已經八十三歲了，早晚有一天就要去的！我一生剃度弟子八十餘人，沒有一人能擔負我的弘法大業。他頓了頓，撫摩著憨山大師的背說：「這位小青年宿根深厚，我期望著他能成為佛門的健將，可惜我看不到他的成就了！他年齡雖還輕，卻已具有老成的見地。我去世後，凡殿堂房門等大小事務，都得聽從他的安排，勿認為他年齡輕而動用他人！」大眾在唏噓聲中，接受了西林和尚的咐囑。
新年的初七，西林和尚搭起戒衣，巡遍了全寺的寮房，並向大眾訣別。大眾見西林和尚的身體仍很健康。就感到十分驚訝。
又過了三日，西林和尚囑咐弟子安排後事，身體略示了微疾。弟子端藥給他，他對弟子說：「我就要去了，藥物對我又有什麼用處呢？」接著他聚集了大眾，念佛五晝夜。到了正月十六日，西林和尚提念珠，結跏趺坐，安詳而逝。就這樣，憨山大師的第一位啟蒙導師，很自在地離開了人間，這正是他一生無量功德之花結出的豐碩果實啊！