萬曆四十六年（一六一八），大師七十三歲。這年開始在五乳峰造佛殿和禪堂。大師為了追效廬山慧遠大師六時念佛的芳規，又囑咐弟子在佛殿中精造西方三聖像。
次年，殿宇修成後，大師在正月開始諷誦《華嚴經》，在此期間並為大眾講解了《法華通議》。到了夏季，大師又為大眾講解《楞嚴經》、《大乘起信論》、《金剛經》、《圓覺經》、《唯識論》等。八月十五日；講經法會圓滿後，大師閉關靜修，謝絕一切外緣。在靜室中，大師以刻香代漏，六時念佛，專意淨土。
不久，大師又考慮到華嚴一宗將要失傳，因為清涼疏鈔文廣義繁，學者心志不及，大多不敢深入。於是大師但取疏中大旨，落筆寫《華嚴綱要》，對華嚴宗的復興起了一定的作用。
萬曆四十八年（泰昌改元），大師七十五歲。這年春季，侍者廣益請大師著述《圓覺經直解》、《起信論直解》及《莊子內七篇注》。
夏天，大師足生疾病，行走不便。秋天，許多居士上山問道，大師在病中對他們開示佛法，又作了列代祖師傳記七十多首，每首都附上贊文流通於世。
大師自離曹溪到廬山已有八年時間，那些住在曹溪的弟子們日夜思念著大師。他們常派代表去廬山問訊，想請大師回曹溪，但大師不同意即刻前往。後又有許多曹溪的居士們前來請大師，大師都以有病為由，婉言謝絕了他們的誠意。
次年夏天，弟子眾請大師講解《楞嚴筆記》。十月，大師弟子孝廉劉起相等再請大師去曹溪，大師又以病為由謝絕了。
天啟二年（一六二二）大師七十七歲。這年大師寫成《華嚴綱要》。又為大眾講解《楞嚴經》、《圓覺經》、《大乘起信論》、《肇論》。這時，曹溪吳郡守、韶陽太守等許多弟子，第三次又請大師去曹溪，大師情不獲已，決定去一趟。這年冬天，大師出廬山、度彭湖，在臘月初八登上嶺南，十五日入曹溪。這時大師在大眾的請求下即開始寫年譜。
天啟三年（一六二三），大師七十八歲。春天，韶陽太守等居土入山請大師說法，五羊法性等弟子也來到曹溪。大師雖已年邁，但菩薩悲心，法施無厭，在禪堂裏先對大眾說大戒，次說《起信論》、《唯識論》、《楞嚴經》。
八月，大師遣侍者去感謝吳郡守的護法誠心，持者將行時，大師囑咐說：「佛祖弘法，貴在時節因緣，緣與時違，化將焉托？一期事畢，吾將歸矣！」大眾聽了都覺罔然，還以為大師想歸廬山了。
重陽節，大師替侍者深光書寫的山居詩跋中說：「老人雖慵於筆硯，恐一息不來，又作來生欠耳。若以詩字觀之，則孤思多矣！」
十月初一，弟子通炯從廬山來拜見大師，大師遍問了五乳的常住大眾以及山中諸剎的耆舊，心裏非常高興。這時弟子淨泰請大師作「自贊」一首，敘述生平大意。
十月初三，少宰蕭玄圃入山訪大師。大師與他交談了三晝夜，少宰問大師求法要，大師隨手寫了二則法語、三首詩贈給他。
初六，少宰出山，大師囑咐他說：「你是社稷蒼生的仰望，前途珍重！」少宰與大師相約再晤之期，大師說：「山僧老了，四大將離，你我再晤的時候當在龍華會上了！」
初八，大師示現微疾，弟子大眾都來問候，大師對他們說：「老人勞倦了，不是生病！」
初九，弟子送藥給大師，大師說：「我就要去了，藥物對我有什麼用！」侍者廣益聽了，大驚失色地說：「和尚脫苦不諱，有何咐囑？」大師聽了斥責道：「你持老人多年，如何作這等見解？」又對大眾說：「你們當念生死事大，無常迅速，切實念佛！」廣益又問：「和尚不示一言，何以道遵行？」大師說：「金口所宣，當成故紙，我言何用！」於是不留一字。
十月十二日，正是大師的生辰。這天緇素弟子雲集曹溪，韶陽太守入山送給大師紫譜羅禪衣，為大師祝壽。兩人相對坐談了一日，晚上，太守出去後。大師即叫侍者倒水沐浴。第二天早上，大師披上太守所送的紫譜羅衣，去與太守訣別。當太守再次來到大師榻前時，大師對他說：「山僧行矣，多謝大護法盛心！」太守說：「大師法身無恙，不佞是地方守士，即是主人，一切都由不佞來護法。」大師聽了微笑合掌稱謝。到了中午，太守告辭下山，大師即叫侍者端淨水漱口，又對待者說：「今日乃截斷葛藤。」又叫侍者端湯沐浴更衣。之後，又召集大眾圍繞念佛，佛聲一停，大師對大眾說：「你們不要驚惶，應當依佛制度，不得披麻服孝，勿得悲哭。你們要一心念佛！」
晚上申時，人天限目，三界導師端坐而逝了，這夜，大師身上的毫光照亮了天空，山中的眾鳥發出悲鳴，緇素弟子的哀慟之聲振憾著山谷。
大師圓寂後，面色依然加玉般的潔潤，嘴唇依然還是那麼紅澤，手足依然還是那麼柔軟，就像平時入定一樣。
大師弟子遣報太守，太守即差官臨悼，替大師封龕。
這時少宰蕭玄圃別大師還只五日，尚在雄州，聽到大師逝世的消息，悲哀竟日。又聽到大師臨終的因緣，便又非常高興他說：「大師是聖位中人，若非生死關頭了徹，怎有這等自在！」立即撰寫輓章遣悼。又捐資兩百，寫了一封信，囑咐二太守替大師建造影堂。
在廬山五乳峰的弟子，聽到大師逝世的消息，弟子福善等，立即趕到曹溪。在正月二十一日，扶大師靈龕歸五乳，二月二十八日報廬山五乳峰法雲寺。