萬曆三十九年，大師在端州鼎湖山養痾。有許多懦生相依請教，大師便寫了一篇《大學決疑》。
第二年大師轉住五羊長春庵，對榮子講解《大乘起信論》、《八識規矩頌》、《百法明門論》等。又因以的所著的《法華擊節》文義聯絡不分，學者難以領會。於是又寫了一部《法華品節》。
萬曆四十年，大師在長春庵結夏，對弟子請解《圓覺經》。經文剛講至一半，突然發了嚴重的背疽，請來醫生也治不癒，生命極其危險，五羊大將軍準備為大師安排後事，正在這時，來了一位本地土醫，一見大師的背疽便說：「很危險了，再過一會兒就沒救了！」他立刻到山採了草藥，搗碎敷上，隨即奏效，到了冬天就完全恢復了。背疽好後，大師寫了一篇文章感謝地。大師這時發背疽和四十八年前初坐禪一樣，同是宿業怨債，雖然在這四十八年中常有發生，但都隨禱而止，而這一次卻算是最後償還怨債了。
次年，大師離開長春庵到衡陽去，在大善寺為眾僧說戒。馮元成居士替大師造曇華精舍，作弘法道場。這時太后逝世，大師在此建報恩道場，才開始脫去俗裝，穿還僧服。
大師在東海時曾立意寫《楞嚴通議》，因一直無暇寫作，到這年五月動筆，五十日稿成，適大師高足悟心、顓愚來看望，大師即作詩贈之：
《送悟心融營座還京口》
空山擬伴若餘年，
何意東歸上法船。
好待海門孤月上，
話頭一為老僧圓。
《訊頻愚衡公病》
四大久觀如泡影，
痛魔何處用潛蹤。
主人自有安閒法，
只在無生一念中。
萬曆四十三年（一六一五），大師七十歲、這年春天，大師為大眾講解《楞嚴通議》。四月，大師著《法華通議》，因為《擊節》和《品節》都未能融貫法華全文，因此又作通議來補充其疏略。接著大師又講解了《大乘起信論》及寫《起信論略疏》。
第二年，正是達觀大師逝世的十二周年，大師難忘法門友誼，一直想親自去吊唁。至四月，大師離湖東，端午節又到武昌禮大佛。遊九峰山禮無念禪師塔。六月到了潯陽，遊東林寺，寫懷主詩。登上廬山吊徹空禪師塔。夏天在金竹坪避暑，在此寫了《肇論注》。廬山的幽勝環境，使大師產生了在此歸隱之意，於是遊覽了全山勝景，一路來隨緣弘法。七月，遊歸宗，登金輪峰，禮舍利塔，又在這裏留下一些詩篇。
這時有一僧人把五乳峰讓給大師，大師見環境非常幽靜，很滿意，後由弟子們建造精舍。
八月，大師到黃梅禮四祖和五租，入紫雲山，過桐城，遊浮山，登九華，抵金沙、渡梁溪，達惠山，過吳江，一路上會好友，談佛法，最後到達徑山寂照庵。
大師在徑山和達觀大師的許多弟子一同紀念達觀大師。大師先後寫了一篇祭文，後又把達觀大師的舍利藏在文殊台，弟子法鎧建了一座塔，大師又作了一篇塔銘刻在塔前。
這年大師在徑山過年，開堂為大眾講《參禪切要》。因為法鎧請問法相宗義，大師便寫了一本《世相通說》。這時間大師還寫了一篇《擔板漢歌並引》，玆引於下：
「徑山法窟，自大慧中興臨濟之道，相續慧命，代之不乏。近來禪門寥落絕響，久矣。頃一時參究之土，坐滿山中，至有一念瞥地，當體現的，得大自在背，惜乎！坐在潔白地上，不肯放捨，以為奇特，不知反成法礙也。教中名所知障。所以古德云：『直饒做到寒潭皎月，靜夜鐘聲，隨叩擊以無虧，觸波瀾而不散，猶是生死岸頭事。所謂荊棘林中下腳易，月明簾下轉身難，各抱守竿頭，靜沈死水，尚不許坐住，說有未到瞥地，偶得電光三味，便以為得，弄識神影子者乎。』此參禪者得少為足，古今之通病也。恐落世諦流布，疑誤多人，有請益者，乃笑為《擔板漢歌》以示之。歌曰
擔板漢，擔板漢，
如何被他苦相賺。
只圖肩上輕，
不顧腳跟絆。
縱繞擔到未生前，
早已被他遮一半。
這片板，頂上枷。
渾身骨肉都屬他。
若不快便早拋卻，
百千萬劫真怨家。
坐也累，行也累，
明明障礙何不會？
只為當初錯認真，
清淨門戶生妖魅。
開眼見，閉眼見，
白日太空生閃電；
乾闥婆城影現空，
癡幾說作無宮殿。
要得輕，須放下。
臭死蝦蟆爭甚價；
烏豆將來換眼睛，
魚目應須辨真假。
有條路，最好行，
坦坦蕩蕩如天平；
但不留戀傍花柳，
管取他年入帝京。
捨身命，如大地，
牛馬駝驢不須避；
果能一擲過須彌，
劍樹刀山如兒戲。
如愛他，被他害，
累贅多困費管帶；
一朝打破琉璃瓶，
大地山河多粉碎。
我勸君，不要擔，
髑髏有汗當下乾；
分身散影百千億，
從今不入生死關。
看了《擔板漢歌》，那深含理性的生動言句，使人明瞭參禪的路頭風光及其到家的消息，確是宗門實修的指南。