萬曆三十一年秋（一六零三），大師在曹溪寫信給達觀大師，請他來重興祖庭，但因發生了震動中外的「妖書事件」，達觀大師不幸被捕入獄。所謂「妖書」即達觀大師要求朝廷減免礦稅的諫文，因為奸臣的挑撥，所以一片為國民的忠心，竟被冤屈入獄。
這時，執政者想把達觀大師處死。達觀大師說：「世法如此，久住何為！」就洗了浴，點起油燈，端坐說了一首偈：
一笑由來別有因，
那知大塊不染塵；
從玆收拾娘生足，
鐵橛花開不待春。
說畢即溘然而逝。達觀大師的近侍曹學程，聽說達觀大師已逝，急忙赴到，見師端坐不動，就撫著師的背說：「師傅去得好！」達觀大師又開目微笑而別。這時年齡只有六十一歲，他這樣灑脫自在的了脫，使朝野上下聞之，無不歎服。
憨山大師聽到達觀大師逝世的消息，便想趕去吊唁，但因路途遙遠，未能如願。大師從南嶽啟程，經過數千里的長途跋涉，終於趕上荼毗法會上，大師舉起火把說：
「性火真空，性空真火，狹路相逢，定沒處躲。恭維紫柏尊者，達觀大和尚，偶來人世，誤落塵寰。赤力力，脫盡娘生花衫；光礫爍，露出本來面目。荷擔正法，純剛就練就肩頭；徹底為人，生鐵鑄成肝膽。生死路上，直往直來；今事門頭，半開半掩。六十餘年松風水月襟懷；千七百則兔角龜毛在仗。饒地未後風流，未免藏頭露尾。撇下髒私，誰料落在憨山道人手中，今日恃為人天眾前，當場拈出，大眾還見嗎？」大師用火把畫了個O相，又說：
柱杖挑開雙徑雲，
通身湧出光明藏。
珍重諸人著眼看，
這回始信無遮障。
荼毗了達觀大師後，大師和達觀大師的弟子們將達觀大師的舍利安置在塔中，憨山大師又作了一篇塔銘，其中說：「師誕生後，五歲不語，一僧過門，摩其頂而謂其父曰：『此兒出家當為人天師。』言訖忽然不見，師逐能語。髻年，性慷慨激烈，婦女無敢近。年十七，欲仗劍北遊，至蘇州閶門，天下雨，值虎丘僧明覺，見師少年不群，心異之，因與同蓋，歸寺餐宿。師夜聞誦八十八佛名經，侵晨，即解腰纏十餘金，請剃發，禮明覺為師，往來三吳間。
「一日辭明覺師去，聞僧誦張拙見道偈，至『斷除妄想重增病，趨向真如亦是邪』遂大疑之。每至一處，輒書二語於壁間，疑至頭面俱腫。一日齋次，忽悟，頭面立消，自是陵躒諸方。
「過匡山，窮相宗奧義。一日行二十里，足痛，師以石砥腳底，至日行二百里，乃止。遊五台，至京師，參遍融大長老，留住掛搭。遍參笑岩、暹理諸善知識。
「見大千潤公，上堂講公案，以口耳為心印，以帕子為真傳，師歎曰：『西來意果如是乎？』遂不入眾。南還，至嘉禾，有密藏道開，南昌人，棄青衿出家，依師為侍者。郡城有楞嚴寺，為長水疏經處，久廢。師與太宰陸五台公光祖心契，始議恢復，建禪堂五楹。成日，師行錐刺臂血盈盂，書一聯云：
若不窮心，坐禪徒增業苦。
如能護念，呵佛猶益真修。
「師念大藏卷帙重多，致遐方僻陬，有終身不聞佛法名字者。欲刻方冊，易於流通，普使見聞，作金。剛種子，即有謗者，罪當自代，遂倡緣。」
達觀大師在一些居士的幫助下，大量印刷了佛經方冊的單行本，便於流通，易於翻閱，對佛教的傳播產生了不可估計的作用。
塔銘中接著說：「師即刻藏嘉禾，有成議，」乃返吳門，省的得度師覺公，已還俗，以醫名。師乃詐姓名，稱病舟中。延明覺和尚珍視，覺見師，大驚，師即涕泣，勸之剃發。覺慚愧，還執弟子禮。」由此可見達觀大師對師的至誠心和報恩心。
塔銘中又說：「予度嶺南五年，師以予未歸初服（即僧服），每歎曰：法門無人矣！若坐視法幢之摧，則紹隆三寶者，當於何處用心耶？老憨不歸，則我出世一大負，礦稅不止，則我救世一大負；傳燈未續，則我慧命一大負。若釋此三負，當不復走王舍城矣。」
達觀大師時刻念念於懷的，是佛教的興盛、人民的幸福，可他這三負，在他在世時，卻沒有一件能圓滿成功，這責任無疑留給了憨山大師。