萬曆二十六年（一五九八），大師五十三歲。正月來了一位侍禦軒樊，因堅持建立太子為副主的意見，被貶摘雷陽。他來到五羊訪大師，大師正在校對《楞伽筆記》。軒樊問大師：「雷陽風景如何？」大師拈起經卷說：「這就是雷陽風景啊！」軒樊聽了驚歎大師非凡的胸懷，即為大師薦募集資金，刻印《楞伽筆記》。
有一儒生龍璋，一次聽到大師議論佛法，心裏非常驚異，回去對他的朋友王安舜、馮昌功說：「北來的一位禪師，說佛法很奇異。」這二位聽後即來向大師請教，大師對他們開示了禪宗的向上一著。他們聽後即深信不疑，切志於禪宗的參究。從此，五羊在這三人的帶領下，來皈依大師的人日益增多。
大師常常回憶起達觀大師許下的誦經之願，但因一直沒有條件，所以未能遂願。到了夏天，大師在山岩疊壁之間建了一座禪室，模仿大慧禪師冠巾說法的事蹟，召集了舊日皈依的弟子，一邊誦經一邊為弟子說法，當誦到「見寶塔品」時，忽然悟入佛陀的深意即是指娑婆世界人人目的便是華藏，但須「三變」的目的，特為劣根人漸示一斑罷了。於是立即著手寫了一部《法華擊節》。
大師的弟子丁右武，生性急烈，為人慷慨，但只知敬僧，不知有佛法。他將要回家去時，大師送他到船，並重下鉗錘，這時丁右武幡然大悟。大師替他取了一個號叫「覺非居士」，又作了一篇《澄心銘》警策他：
真性湛淵，如澄止水；
僧愛擊之，煩惱浪起。
起之不休，自性渾濁；
煩惱無明，愈增不覺。
以我取彼，如泥入水；
以彼動我，如膏益火。
彼亂我真，亂實我生；
我苦不生，劫燒成冰。
是故至人，先空我相；
我相若空，彼從何障。
忘我之功，在乎堅忍；
習氣才發，忽然猛省。
省處即覺，一念回光；
掃蹤絕跡，當下清涼。
清涼寂靜，挺然獨立：
恬澹怡神，物無與敵。
第二年春，《楞伽筆記》刻成，大師為弟子講了一遍後，印了一百多部，遍送海內外佛教界的善知識和護法宰宜。
廣東風俗好殺，到了中元節，家家都要殺牲口祭先輩。這時節，市場上牲口堆積如山，真是慘不忍睹。大師此時建了盂蘭盆會，又講解了《孝衡鈔》，勸大家齋僧、放生，用蔬食祭先輩，聽從的人很多。從此凡遇喪祭大事，父母壽日，或者祈禳，或者拜懺，都放生素齋，後來還成立了放生會。佛法的慈悲救世精神，在大師的倡導下，逐漸在這裏生根發芽。
萬曆二十八年，權使初出朝廷，橫行於民間，加上日本入侵，人心惶惶不安。大師見局勢不便於弘法活動，即分散了弟子們，獨自閉關絕跡，深藏以避擾亂。
會城一帶因荒年而糧食不足，常從福建用白艚運米，時值地方混亂，大家只恐商人乘機提價，百姓都為此事擔心。
會城大將軍的公子即將外出，停船在海邊，這時湊巧有幾隻白艚也停在公子船旁。稅使早已蓄謀打擊大將軍，便藉口這幾隻白臘是大將軍為公子送行的，集合幾千個市民，投擲磚石，打破了公子的船隻。他們又圍住師府，持刀相逼，情況十分危急。這時正巧三司府縣的官員都赴端州行節禮去了，會城沒有一個正官，如果再無人解救，危險就在呼吸了。
大將軍無決解圍，即派中軍到大師關前求解，大師不答應，說：「我並沒有什麼神術。」中軍跪下哭泣說：「大師即使不考慮兵主的安危，難道就不考慮地方生靈的死活嗎？」大師聽他這麼一說，心中不禁惕然，即刻起身到稅使處，從容勸化，開曉其意。稅使聽大師一勸，果然明白了道理，願意去招安百姓，解散亂民。這時，大師先來到亂民前說：「你們今天所要求的，無非是想吃價格便宜的米，但如果今天犯了大法，就會有殺頭的危險，即使有了價格便宜的米，誰來吃呢？」亂民聽了都覺愕然，頃刻之間，帥府之圍即解開了，父老們都十分感激大師。
這時三司官員正在軍門嗆飯，聽說市民作亂，都放下碗筷，一齊趕到會城，見亂民已散，心裏才鬆了一口氣。
秋天，南韶觀察使祝惺存，請大師入曹溪祖庭，大師乘興而入，看見四方流棍集於山門，打賭的，開酒食店的，無所不有，環境被搞得非常穢汙。這積弊己有百年之久了，更可歎的是，墳墓占了祖山，僧產多被侵佔，並且寺中惡僧勾合外棍挾騙寺產，寺中僧人沒有一個敢正視現狀。大師不禁歎息說：「這是心腹之患啊！假使不除去，那六租的道場終將化為狐窟，永遠不可藥救了。怎麼辦呢？我即使住在這裏又有何用？」大師考慮了半天，只得去告訴戴制台，戴說：「這事好辦，我試為大師去做。」即下令本縣坐守，限三天內把流棍全部驅逐，不留一人，拆除店鋪，不存片瓦。從此，曹溪山門的積垢如洗，又恢復了往日的清淨。
戴制台留大師過齋，談話間制台說：「六祖道場的腥膻，我已為大師洗淨了，目前地方生靈塗炭，大菩薩有何慈悲之法來救濟呢？」大師問：「這是什麼意思？」制台說：「這一帶海上有一夥強盜，他們擁有採珠船千艘。近來欽差奉旨採珠，又資助了他們的勢力。採珠結束後，他們橫行於海上，到處劫掠，這是第一。第二是地方開礦，朝廷採役橫暴亂來，挖掘墳墓，破壞百姓的財產，百姓處處遭受毒害，這比強盜的劫掠更殘酷，有上述這二害，所以百姓不能安寧地生活，請問大師如何處置呢？」大師回答說：「此事不容易，慢慢地再想辦法吧！」
朝廷派來的李採礦使，對佛教頗有信心，這年秋天他到曹溪進香，在山住了好幾天，大師對他開示了佛法，他聽了非常高興。大師勸他做重興祖庭的布金擅越，他慨然獨力承擔。大師又暗中對他說：「開採礦山對地方百姓損害很大，這大概不是皇上的本意吧？請你把採礦的船隻約束以期限，往來超過期限的就處以罪，礦一採完，應儘快地撤除差役，使他們無害於百姓，可以嗎？」李採使聽了唯唯應諾。回去之後就力行約束，從此山海地萬就安寧下來。
戴制台很感激大師的幫助，寫信感謝大師說：「今天我才知道佛祖的慈悲廣大！」因為這樣他護法的信心更切了。大師也因為有他們的幫助能夠在曹溪安心弘法。大師開闢了祖庭，改修道路，選擇優秀的僧人授戒，設立教育沙彌的義學。又設方了庫司，清規。查閱了租課，贖回了僧產。僅在一年之間，百廢俱興。
第二年，大師重修祖殿，改路徑，辟神道，移僧居，拓禪堂，又創立了新的清規。