萬曆二十年，大師四十七歲。這年七月到京都訪紫柏尊者達觀大師，相會於都門西郊園中。達觀大師見大師到來非常高興，兩人相對兀坐四十晝夜，目不交睫，談論著如何撰寫明代《傳燈錄》，並約定在曹溪相見，共同開闢禪宗的一代法脈。後來又同大師一同上石經山，觀看了石經洞。石經洞望石板刻的藏經是晉朝的一位靜琬法師，因顧慮三災壞劫無佛法，就在房山縣鑿石為板，刻了一藏佛經貯藏在山洞裏，又用石門封閉。到了明朝時，這石經洞的塔院被和尚出賣，達觀大師發心把它贖了過來。因此保全了石經法寶。這時，大師作了《琬公塔院記》和《重藏舍利記》，刻在塔院裏。
第二年，牢山東區出現災荒，餓死了很多人。大師把山中儲存的齋糧，全部分給近山的居民。但仍不夠，大師又乘船到遼東，買來豆數百石，使靠山的居民，沒有餓死一個。
十月冬至節，大師到京朝賀太后，太后留大師過冬，並請大師在慈壽寺說戒。這時大師知太后儲蓄已厚，就請她修建報恩寺。但因日本侵犯朝鮮，朝廷正商議派兵討伐，修建之事只得暫停。
神宗皇帝因信仰道教，對內使經常為佛事行走，素來僧惡。有一次，太后派內使到東海牢山時，內庭以偶然事故觸怒了神宗，又傍及了太后，大臣們都覺得很危險。這正給朝內反對太后的朝貴一個下手的機會，有些打算先把送經內使除掉，然後借用以前方士鬧事的流言來打擊大師和太后。因此他們先命令監視官員的服投人員，扮作道士的模樣，上殿擊鼓呈狀，告大師侵吞國家庫銀，皇上一閱，不禁大怒，下旨逮捕大師與送經使者。
大師聽到這一消息，就召集了大眾說：「佛陀的慈悲拔苦精神，就是為了一個眾生，也不捨三塗苦趣。這東海是邊地，素來不聞三寶的名號。我在這裏教化十三年，連三歲的孩子都知道念佛了。至於那些捨邪歸正，修行佛法的，連鄉比戶都是。看到佛法在這裏生根發芽，我的願心已滿足了，死又有什麼值得遺憾呢？只是未能重興報恩寺，感到有些痛心罷了！」
當大師告別大家，離開即墨城的時候，城中的百姓老少，都流著眼淚來送別，對大師此行的安危都十分擔心。
大師到了京都，奉聖旨下押鎮撫司。在升堂拷問時，執事官先受風旨，準備迫大師盡招太后在各山所施的資財。在苦刑的拷訊下，大師說：「我作為僧人來說是慚愧的，因為無法報答國家和人民給我的恩典。今天，我不會可惜這生命的完結，只是這樣不分青紅皂白的死去，的確有傷於皇上對太后的大孝啊！我如果為了奉迎皇上，曲意妄招而損壞了罔常之道，的確不是臣子愛護君王的誠心，這樣做怎麼對得起歷史上那些清白高尚的賢哲們呢？」大師以精誡之心抵制了誣告，僅招認了以前供養的七百餘金，願請皇上查內庫帳簿。當查清了內庫後，除了以前代賑的七百餘金外，果然沒有絲毫差錯，神宗這才明白過來，於是母子和好如初。但皇上還是以大師私自建寺為由，貶大師流放雷州充軍。
自大師三月下獄起，京城內外諸寺院都為大師誦經禮懺，有些和尚還燃香煉臂持咒加持大師。
到了十月底大師將南行時，朝中許多士大夫們，大多穿著褻服，偏倚一足來相送。
十一月，大師到了南京，在長江邊上老母親來與大師訣別。大師見老母親歡喜交談，音聲清亮，胸中沒有絲毫的滯礙，於是問：「當您聽到兒死生之際，難道就不憂愁嗎？」老母親說：「死生是由業力而定，我自己的死生尚且不憂，何況是你呢。但人言參差，我對此事又沒有決定的見解，所以覺得有些懷疑。」母子倆就這樣坐談到天亮，在即將訣別時，老母親囑咐說：「你應善以大道自愛，不要替我擔憂，今天我也與你長別了！」老母親說完，頭也不回地欣然上路去了。大師望著母親遠去的背影，感慨地想：「天下的父母都能這樣，豈不可以頓盡生死之情了嗎？」於是下筆寫了一首《母子銘》：
母子之情，磁石引鐵。
天然妙性，本自圓成。
我見我母，如木出火。
木已被焚，火元無我。
生而不戀，死若不知。
始見我身，是石女兒。
達觀大師因在石經山與大師相約，願在曹溪共振宗風，當大師遇難時，達觀大師正在匡山天池等候，聽到大師遇難的消息，內心大驚道：「要是失去憨山大師，那曹溪共興的願望也不能實現了！」
達觀大師先趕到曹溪，然後到京請友好相救。再折回聊城，聽說大師準備離京，就回南京等待。
大師到南京後，在長江邊一個庵中與達觀大師相見。達觀大師提議要大師陳白冤屈，大師不同意，認為這是定業所感，不必多言。臨別時，達觀大師把住大師的手臂說：「我在無地聽說你遇難，就對佛許下誦《法華經》百部的願，為了你平安，只有靠我的心願和你的口舌來完成了！」大師聽了，唯唯謝別。達觀大師又把所作的《逐客說》贈給大師。