萬曆十七年（一五八九），大師四十四歲。這年大師開始閱藏經，並為僧眾講解《法華經》和《大乘起信論》。
大師自從離五臺山後，常有拜見父母之心，但恐落世俗知見，所以一直沒去。
不久前大師擬為報恩寺請一部大藏經，在十月份到了京都，太后即命人贈給一部。大師奉經到了龍江，這時報恩寺的寶塔連日放光呈瑞。大師到了金陵報恩寺，在迎經的那一天，寶塔的光明好像一座橋一樣，呈半圓形向北伸延，迎接藏經的僧人都從光明中走過。直至安置藏經，建立道場，光明仍連日不絕。
這罕見的奇妙光明，吸引了千千萬萬的人們來瞻仰觀禮，面對如此瑞詳之相，無不歎為稀有。
大師送經到報恩寺的消息，不脛而走，一直傳到他老母親的耳朵裏。老母親欣喜異常，先派人去問候大師何日到家，大師說：「我這次是為朝廷之事而來，不是為了家庭來的。如果老母親在相見時，如同過去未離時一樣歡喜，那我最多可回家過二夜，否則我就不回去了！」老母親見大師這樣說，就派人再去說：「現在能再相見，已歡喜的不得了，那裏還會悲傷？見一面就可以了，又何況是二夜呢？」
大師在靜坐中以神通力回到家裏，老母親一見兒子，因過於激動，竟高興得昏倒在地。晚上，大家聚在房間裏敘談，一位族中的長者問：「你乘船來還是乘車來？」老母親說：「何必問乘船來乘車來！」長者又問：「哪從何處來呢？」老母親說：「從空中來！」大師聽了驚訝地想：「怪不得老母親當年能捨我出家啊！」於是問老母親：「我出家後，你想念我嗎？」老母親說：「哪能不想念呢！」大師又問：「你怎麼排遣這想念之情呢？」老母親說：「我起初不知如何是好，後來知你在五臺山，就去問師傅五臺山在什麼地方，師傅說『在北斗之下，即你令郎盾住之處』。我從此後，每夜朝北斗星的方向禮拜，稱念菩薩的名號，漸漸地就不再想念了。假如說你死了，就不再拜了，也不再想念了，今天見到你，是神通變化而來呀！」
第二天，大師隨二親去祭祖墓，又去蔔擇二親的葬穴，這時老父親已八十歲了，大師開玩笑說：「今日活埋老子，省得他日再來！」並把鏟斫在地上，老母親見了一把奪過鏟說：「老婆婆自埋，又何必煩別人來！」連斫了數十下。第三天，大師向二親告別，老母親歡喜如故，未嘗蹩眉，大師知道老母親並非尋常之人。
有一位黃子光，是當時大司馬的弟弟。大師到牢山後不久，年齡還只十九歲時，就已在大師的皈依請益。大師授以《楞嚴經》，二個月即能背誦。從此茹素勤修，儘管父母反對，也不改變修行的決心。他平日用功，切志於參究明心，常常脅不至席，坐禪達旦。一次大師到南方去，黃子光心中暗想：「我生在邊地，長期不聞三寶之名，今天幸遇大善知識，倘使大師不回來，我們就失去依靠了！」於是就在觀音菩薩的，刺臂燃燈供養菩薩，求觀音菩薩加被大師早日歸來。燈臂之後，火瘡發痛，可他仍然日夜正襟危坐，持念觀音菩薩聖號。這樣過了三個月，火瘡才痊癒。但在臂的瘡痕上卻結了一尊觀音菩薩的形像，眉目身衣，宛然如畫。大師回來後，他求出家的心很切，但大師始終不同意。第二年黃子光坐脫而去。
大師在這幾十年的修行歷程中，時刻不忘重興報恩寺，以前居五台龍門時，雖已有機會，但因需要費用太巨，未能行動，到東海牢山時，也時刻在等待時機。現在、大師認為機緣已熟，因此就以送藏經的因緣到了京都，將報恩寺的始末奏上太后，並且說：「工程浩大，需要經費很巨，難於輕舉，願乞聖母每日減少膳饈日用百兩，這樣積累三年，工程即可開工，積累十年，工程即能完成了。」太后聽了十分高興，這年十二月就開始積儲經費。
萬曆十八年的春天，大師書寫《法華經》，表示感謝太后的德意。在這期間，有一夥人策劃破壞道場。他們購買了方外的黃冠道袍，假稱大師占了他們的道院。並還聚集許多人，諍訟到撫院。當時的開府李公，瞭解了事件的真相後，非常痛恨這夥無賴之徒，就把他們送到萊州府治罪。大師也去萊州府聽察，並盡力替他們解救。可那數百名無賴不知大師的慈悲，依舊在府城裏作哄鬧事，並圍著大師不去。大師見狀，讓身邊的侍者到別處去，獨自一人徐徐而行。
到了城外，這夥無賴的首領，持刀在大師前揮舞，欲想殺死大師。大師鎮定地看著他，笑了笑說：「你殺了我，怎樣處理自己呢？」這首領聽了大師的話，一時感到心虛，即刻收了刀，隨同大師到了城外的二里地。將要分路時，無賴們認為首領對大師有利，想動手毆打他。大師心中暗想：「他們要是一鼓動，這首領就有危險了。怎麼辦呢？」大師乾脆拉著首領同至寓處，關了門，脫了外衣，大師又擺出瓜果招待他。二人邊吃邊談，首領完全被大師感化了。這時滿市喧嘩著這樣一片聲音：「方士殺僧了！」太守聽到了這一消息，就派遣了府役把無賴捕了起來，無賴們惶懼地叩頭求免。大師就對無賴們說：「你們不要怕，待我去說說看。」大師到了太守前，太守問：「狂徒要殺你嗎？」大師說：「沒有，府役來追捕時，我正和他們的首領在吃瓜果呢！」太守又問：「哪他們又為什麼鬧事呢？」大師答道：「他們只不過是一般性的市集喧鬧而已。」太守想把他們拘留起來，大師說：「應把他們放掉，如果用枷鎖把他們拘起來，等於把惡人常放在身邊，這是沒有好處的。」太守聽大師這麼一說，忽然醒悟，立即下令叫地方官兵把他們驅散，狂徒不到三日，全部解散。這樣，狂徒鬧事的事就安寧下去了。
這年，大師還寫了一本《觀老莊影響論》共八篇，其中論心法一篇文字雖最短，但卻已概括了儒釋道三教的中心思想。論心法中說：「我幼年學習孔教，俗不知孔教的源流；後來學習老莊學說，也不達老莊學說的宗旨。當退出世務，進入深山大澤時，努力於習靜觀心的法門。因為習靜觀心的功能，明白了三界唯心，萬法唯識的深妙道理，既然三界萬法都是心與識的幻現，那麼一切有形相的事物都是心的幻影；一切聲音語言，都是心的幻響。而一切聖人身體，是心的幻影中顯現最莊嚴的形相，聖人的言教，是心的幻響中最順於真理的聲音。正由於萬法唯心的緣故，因此治世的政治、法律、文學、藝術，以及資助人們生存的一切事業，如果它們是善的，有益於人類大眾的，那麼，也都是順於正法的。這是因為心外沒有一事的獨立存在，所以說萬事萬物都是真心所現。迷了真心的人，執著了客觀環境和主客心識，他們就無法徹證真心本有的妙用；假如悟證了自己本具的寂而常照，照而常寂的真如妙心，那麼，宇宙人生的一切現象，當下即是不可思議的妙有境界。但要悟證這萬事萬物的統一本源，而產生不可思議的妙用，這只有聖人才能達到啊！」