憨山德清禪師，字澄印，俗姓蔡，安徽全椒人。德清禪師幼時即懷出塵之志。七歲時，叔父病喪，停屍于床。德清禪師放學回來，他的母親騙他說：“汝叔睡，可呼起。”德清禪師便連呼數聲，也不見叔叔答應。他的嬸母聽了，倍感傷痛，哭道：“天耶!那裡去也?”母親回答道：“汝叔死矣!”德清禪師很迷惑，便道：“死向什麼處去?”母親不能回答。不久，另一位嬸母生了一子，德清禪師隨母親前往探望。見初生嬰兒如此模樣，德清禪師便問母親：“此兒從何處得入嬸母腹中耶?”母親拍了他一掌，說道：“癡子，你從何入你娘腹中耶?”從此以後，生死去來之疑問，便常常縈繞于德清禪師之心中。
德清禪師十二歲時，從南京報恩寺西林永寧禪師出家。當時，無極明信禪師正在報恩寺三藏殿講經。永寧禪師于是攜德清禪師前往禮謁。趙吉貞(大洲)居士當時亦在座下聽經，一見憨山禪師，便撫而問之曰：“汝愛做官?要做佛?” 德清禪師道：“要作佛。”趙吉貞居士贊嘆道：“此兒不可輕視，當善教之。”從此以後，西林禪師便請人教德清禪師學習《法華經》和《四書》等內外典籍，以及為詩作文之法。
十九歲時，德清禪師前往棲霞山，參禮雲谷法會禪師。雲谷禪師令他閱讀《傳燈錄》和《高僧傳》。當他讀至《中峰廣錄》這一部分時，德清禪師忽然心生歡喜，決志參禪。于是他便請求永寧禪師為他剃度，並焚棄俗書，專究生死大事。德清禪師雖用功精勤，惜乎未得其要，終無所入。于是他便改持阿彌陀佛聖號，晝夜不斷。一天晚上，德清禪師夢見阿彌陀佛現于空中，醒後心大歡喜，自信此生修行必可成辦。不久，德清禪師又從無極明信禪師聽習《華嚴玄談》，得悟法界圓融之旨，因自號澄印，以示對清涼澄觀大師的仰慕。
嘉靖四十五年(1566)，德清禪師二十一歲。報恩寺忽遭雷火，歸于瓦礫。德清禪師遂發舍命修行之志，以便日後復興祖庭。于是他隨同妙峰禪師結伴遠遊。中途，妙峰禪師俗獨自隱修，不辭而別。德清禪師只好獨自至五台，見北台憨山，奇秀可愛，遂默取為號，“憨山大師”因此而得名。北台其地苦寒，不可留居，不久，德清禪師遂乞食東遊。
一日，德清禪師登上盤山頂，在一處岩穴，偶然碰到一位隱修者，灰頭土面，氣度不凡，于是上前作禮。隱者就象沒有看到他一樣，毫無反應。德清禪師想跟他搭話，隱者也不吭聲。德清禪師推想這位隱者必非常人，于是決意留下，跟著隱者一起默然禪坐。過了一會兒，隱者起身燒茶，惟取一杯自飲。德清禪師亦取一杯自飲。茶畢，隱者將茶具放回原處，端坐如故。德清禪師亦復如是。又過了一會兒，隱者起身做飯，飯熟，將鍋放在坐前，惟取一碗一筷自食。德清禪師亦取一碗一筷同食。飯畢，隱者又端坐如故。德清禪師亦復如是。夜間，隱者走出岩洞外經行，德清禪師亦起身跟著經行，各于東西，自走一邊，互不幹擾。
第二天，德清禪師便主動茶時煮茶，飯時煮飯，隱者亦自前來同飲食，夜間經行，亦復如是。就這樣，二人默默地共同生活了七天。到了第八天，隱者才問德清禪師：“仁者何來?”
德清禪師道：“南方來。”
隱者又問：“來此何為?”
德清禪師道：“特訪隱者。”
隱者道：“隱者面目如此，別無奇特。”
德清禪師道：“進門早已看破了也。”
隱者笑道：“我住此岩三十餘年，今日始遇一個同風。”
說完，便挽留德清禪師住下，與他共住隱修。德清禪師亦留連忘返，欣然同意了。
一天晚上，德清禪師正在經行的時候，忽然聽見頭頂轟的一聲巨響，猶如雷炸，山河大地，身心世界，一時豁然頓空。住在如是空定境界中，大約過了五寸香長的時間，德清禪師才逐漸感覺到有身心，感覺到腳下踏實，山河大地，一切境相，恢復如故。此時唯覺身心輕快無比，受用勝妙，無可言喻。
德清禪師于是舉足如輕風，重新回到岩中靜坐。
隱者問道：“今夜經行，何其久耶?”
德清禪師便把自己剛才經行時所得到的境界，向隱者作了匯報。
隱者提醒道：“此色陰境耳!非是本有。我住此岩三十餘載，除陰雨風雪，夜夜經行此境。但不著，則不被它昧卻本有。”
德清禪師聽了隱者的話，深以為然，遂作禮致謝。
在盤山岩穴，與隱者共住了很長一段時間之後，德清禪師遂應妙峰之約，前往京師。臨別之時，隱者送德清禪師至半山腰，依依不舍，淚如噴珠。
德清禪師三十歲時，與妙峰禪師同遊五台，在塔院寺方丈大方禪師的安排下，卜居北台之龍門。其地幽深險峻，人蹟罕至。居于此，時見萬山冰雪，淨如琉璃，身心灑然，如入極樂國土。妙峰禪師一度離開龍門，往遊夜台，德清禪師遂獨居于此。在此期間，德清禪師奮志用功，單提一念，人來不語。久之，妄念不生，視人如杌，竟至一字不識之地。
初住山時，德清禪師感到週圍自然界的聲音太喧囂，無法攝心入定。山中大風時作，萬竅怒號。冰雪消融之後，澗水衝激，吼如雷奔。心稍一靜，便感到風聲水聲，盡來耳畔，如萬馬奔騰，常常弄得他心神不寧，無處逃避。
德清禪師很苦惱，便向妙峰禪師請教。妙峰禪師道：“境自心生，非從外來。聞古人雲，三十年聞水聲，不轉意根，當證觀音圓通。”德清禪師聽了，便不再逃避週圍喧鬧的風聲和水聲。
庵前的溪澗上有一座獨木橋。德清禪師每天盤坐其上，有意訓練自己的無分別心。剛開始的時候，水聲入耳歷然，到了後來，動念則聞水聲，不動念則不聞水聲。經過一段時間的訓練，忽然有一天，德清禪師感到身心頓忘，音聲俱寂。從此以後，眾聲響再也不能擾亂其心了。
在修耳根圓通期間，德清禪師每天惟以麥麩和野菜，伴以米湯充飢。初入山時，曾有人送給他大米三鬥，半年後，居然還有剩餘。
一天粥罷，德清禪師又象往常一樣經行。不一會兒，他便進入定境，立定不動，身心俱忘，眼前唯一大光明藏，圓滿湛寂，如大圓鏡，山河大地，影現其中。出定之後，重覓身心，了不可得。于是作偈雲：
“瞥然一念狂心歇，內外根塵俱洞徹。
翻身觸破太虛空，萬象森羅從起滅。”
從此以後，德清禪師自覺內外湛然，音聲色相無復為礙，從前疑滯，當下頓消。
回到庵中，德清禪師揭開鍋蓋一看，內面已經長滿了白毛。因為他獨居無侶，所以他也不知道他在定境中究竟站了多長時間。
德清禪師悟道後，因無人印證，所以只好展讀《楞嚴經》以求自肯。此前，德清禪師並沒有聽人講過《楞嚴經》，于其經義，全然不解。今以所證現量智慧讀之，不由思維分別，經八個月的讀誦，全經大旨，即了然于胸，更無疑滯。
萬歷四年(1576)冬天，塔院寺方丈大方禪師遭誣陷。為營救大方禪師和保護塔院寺，德清禪師冒著風雪，前往雁平，拜訪平陽太守胡公。胡公對德清禪師仰慕已久，故特留他在署中過冬，並朝夕請益。當時開府高公聽說德清禪師在胡公署中，特請胡公轉請德清禪師為其家中園亭題詩。德清禪師道：“我胸中無一字，安能為詩乎?于是再三推辭。高公再三堅請，胡公亦無可奈何，只好替他苦苦哀請德清禪師，並找來不少古今詩集，置于案頭，以便激發德清禪師的詩思。德清禪師不得已，只好取出其中一本，稍一翻閱，忽然詩思泉湧，詞句迅速，不可遏制。胡公剛出門一會兒，回來的時候，德清禪師已下筆成詩三十餘首。
此時，德清禪師一念回光返照，警覺道：“此文字習氣魔也!”于是便當下止筆，只取出其中一首交給胡公，其餘的詩則密藏不發。可是，盡管如此，德清禪師仍然覺得詩潮澎湃，從前所習詩書辭賦，凡曾過目者，一時現前，逼塞虛空，此時，即便通身是口，亦不能吐其萬一，更不知身心為何物。德清禪師于是奮脊端坐，默然返照，自覺身心欲飛。
為了對治這一魔境，德清禪師便強迫自己閉門倒睡。童子敲門，無人應答，于是又椎門，亦無人應答。大家都非常著急，以為出事了。胡公回來後，于是命人翻窗入室，將門打開。大家進去一看，只見德清端坐如木杌，呼之不應，撼之不動。胡公于是敲擊引磬十數聲，德清禪師才漸漸從定中蘇醒過來。胡公告訴德清禪師道：“我行，師即閉門坐、今五日矣!”
德清禪師出定之後，回憶起昔時山中修行及各地行腳之事，恍然如在夢中。前此，鋪天蓋地而來的種種詩辭歌賦，亦如雨散雲收，長空若洗，湛然寂然，了無蹤蹟。從此以後，心空境寂，其法樂無以為喻。德清禪師曾慨然嘆道：“靜極光通達，寂照含虛空。卻來觀世間，猶如夢中事。佛語真不吾欺也!”
為報父母罔極之恩，德清禪師三十二歲時，從雁門回到五台山，發心刺血書寫《華嚴經》。從第二年春天開始，德清禪師終日焚香書經，一筆一聲佛號，晝夜不倦。有人來訪，德清禪師一邊應答，一邊書寫不止，居然無一錯字。眾人都感到不可思議。
萬歷二十三年(1595)，德清禪師被誣以私建寺院之罪，被捕入獄，遣戍于廣東雷州。後奉命住曹溪。天啟三年(1623)圓寂。春秋七十八歲。
德清禪師生前著述甚多，最著名的有《觀楞伽經記》、《華嚴綱要》、《楞嚴通義》、《法華通義》、《夢遊集》等。
德清禪師平生大唱禪淨雙修、參“念佛的是誰”，認為這是末世眾生修行最為穩捷的一種方法——
“古人說參禪提話頭，都是不得已。公案雖多，唯獨念佛審實的話頭，塵勞中極易得力。”
“只把脊梁豎起，不可東想西想，直于妄念起處覷定，放下又放下。緩緩又提起一聲佛，定觀這一聲佛畢竟從何處起，至五七聲則妄想不起。又下疑情，審這念佛的畢竟是誰?”
“參禪看話頭一路，最為明心切要。但近世下手者稀：一以根鈍，又無古人死心;一以無真善真識抉擇，多落邪見。是故念佛參禪兼修之行，極為穩當法門。”
“正當念佛觀時，要將身心內外，一齊放下，絲毫不存，心地如空，不見一法，即是空觀。即于此空心中，提一聲佛，隨舉念處，即觀佛像，如現目前，歷歷分明不昧，即是假觀。然于正觀念時，返照能觀能念心體，空空寂寂;當空寂中，又觀念不忘，如此不忘不著，一心靈然，即中道觀。然此三觀，不用安排，但只舉念，則三觀一心，一念具足。”