臨安徑山元叟行端禪師，徑山藏叟善珍禪師之法嗣，俗姓何，台州臨海人。祖上世代以儒為業。其母王氏(亦說陳氏)，書香出身，博通五經，于南宋理宗皇帝寶祐三年(1255)生行端禪師。行端禪師生而秀拔，自幼即不茹葷腥，有出世志。剛滿六歲，母親便教他誦《論語》和《孟子》。行端禪師雖然能咿咿成誦，但是他的情趣看得出，他不想汩沒于世儒章句之學。行端禪師的叔父有茂上人，出家為僧後，住餘杭化城院，有一年回故裡省親，行端禪師即趁此機會，從之落發，當時他才十二歲。
行端禪師器識淵邃，夙負大志，以道自任，一切文字不由師授，自然成誦，並且經常宴坐思維，竟至于廢寢忘食。行端禪師十八歲受具足戒，之後，便投徑山藏叟善珍禪師座下參學。善珍禪師是靈隱妙峰之善禪師之法嗣，育王佛照德光禪師之法孫。
初禮徑山，善珍禪師便問：“汝是甚處人?”
行端禪師道：“台州。”
善珍禪師于是大喝一聲，行端禪師便展開坐具。
善珍禪師又喝一聲，行端禪師便收起坐具。
善珍禪師于是道：“放汝三十棒，參堂去!”
行端禪師終于言下頓悟。
一日，行端禪師侍立次，善珍禪師道：“吾泉南無僧。”
﹝善珍禪師是福建泉州南安人，故有斯語。﹞
行端禪師道：“和尚聻(ni，呢)?”
善珍禪師拈起拄杖便打。
行端禪師接住拄杖道：“莫道無僧好!”
善珍禪師于是點頭印可，並讓他住進侍者寮。
當時，善珍禪師座下徒眾近千人，除了行端禪師外，無一人能契其機者。
善珍禪師圓寂後，行端禪師一度徜徉于西湖山水之間，自稱“寒拾裡人”，即寒山拾得的家鄉人。
後至仰山，參禮雪岩祖欽禪師。
初至雪岩，祖欽禪師便問：“駕發何處?”
行端禪師道：“兩浙。”
祖欽禪師又問：“因甚語音不同?”
行端禪師道：“合取狗口!”
祖欽禪師道：“獺徑橋高，集雲峰峻，未識阇黎在。”
行端禪師于是拍手道：“鴨吞螺螄，眼睛突出。”
祖欽禪師笑著回顧侍者，吩咐道：“點好茶來。”
行端禪師道：“也不消得。”
于是行端禪師便留在祖欽禪師座下，祖欽禪師亦以上禮待之。
三年後，祖欽禪師圓寂，行端禪師又回到浙右，為徑山首座。當時是元朝成宗大德初年(1297)。
大德四年(1300)，行端禪師于湖州翔鳳山資福寺開法接眾，一時學徒奔湊，聲振京師。大德七年(1303)，元成宗特賜行端禪師慧文正辯之號。後又移住杭州萬壽、靈隱二寺。元英宗至治二年(1322)，行端禪師奉宣政院之命，又回徑山，補住持之缺。其座下人才之盛，不亞于當年大慧宗杲禪師，其中最有名者當堆楚石梵琦、夢堂曇噩等人。
行端禪師平時接人，多呵叱怒罵，不從人情，然道俗于其呵罵中得旨者甚多。在幫助別人的時候，他總是默默而行，從來不張揚。故其德望極高，為朝廷所推服。雖然帝王頻施寵敬，人皆以為榮，而行端禪師卻平淡視之。宋濂在《元叟行端禪師語錄》序中，是這樣描述行端禪師的為人——
“公平頂古貌，眼光鑠人，頷下數髯，磔(zhe)立懍然，雪後孤鬆。坐則挺峙，行不旋顧，英風逼人，凜如也。所過之處，眾方歡嘩如雷，聞履聲，輒曰‘端書記來矣’，噤默如無人。賓友相從，未嘗談人間細事，舍大法不發一言。秉性堅凝，確乎不可拔。自為大僧至化滅(自受戒以來，一直到圓寂)，無一夕脫衣而寢。”
大元順宗至正元年(1341)八月，行端禪師將示寂，問侍者：“呼之曾已休，吸之尚未舍。寄語諸苦源，來者不來者。如何是來者不來者?”
侍者茫然無對。
行端禪師于是默然良久，說道：“後五日看。”
果然五天以後，行端禪師便沐浴更衣，書偈別眾雲：
“本無生滅，焉有去來。
冰河發燄，鐵樹花開。”
寫完，便擲筆，垂一足而化。
關于生死的問題，行端禪師曾示眾雲：“全體是個解脫大海，全體是個涅槃妙心。無起滅可求，無生死可出。百骸潰散，卓而獨存;四大分離，湛然常寂。正與麼時，身裡出門即不問，門裡出身作麼生?毗盧頂上從來往，安樂邦中任去留。”