接著,星雲被派到苗栗法雲寺去看守山林,三個月住在山上,一方面沈思自己未來要做的弘法事業,一方面回想來台灣所看到的佛教面貌,心中慢慢劃出自己生涯的藍圖。這張藍圖不只改變了他,改變了台灣,也改變了世界。在山林的日子,他寫下了來台灣的第本書《無聲息的歌唱》。
不久之後,善導寺的大醒法師在青草湖邊的靈隱寺辦佛學院,邀請星雲到佛學院當教務主任。那一年,星雲二十五歲。
「前後擔任兩年的教務主任,印象比較深的學生有幾位。一位是台東開山寺的住持修和法師,他後來被判無期徒刊,死在牢獄。他有一個弟子叫吳泰安,是個神經病,每天幻想要推翻政府、要革命,還寫了許多聘書,一張寫著聘修和法師為推翻政府的國軍總司令,還有一些寫者別人,余登發的冤獄也是這個案子,修和法師就這樣死在牢裡,真是冤枉,那是很優秀的青年呀!像現在基隆靈泉寺的晴虛法師,當過『海潮音』雜誌主編,也是我的學生。台中的聖印法師,他當時十七歲,來佛學院時已經開學了,學校不肯收留他,我看他是個優秀人才,就說:『如果不收這個學生,我書也不教了。』才勉強讓他進來。像現在苗栗靜覺院的智道法師,像美濃朝元寺的聖定法師、慧定法師——」
回想起自己在台灣佛學院第一屆的學生,星雲的臉上流露著喜悅,這些學生有很多和他年紀相彷,也有一些比他大十幾歲的,師生的感情都非常好。但是,他也感到奇怪的是,許多在院裡感情很好的學生,甚至事事倣傚他、崇拜他的學生,畢業之後卻不肯承認是他的學生。
「剛開始,我以為是台灣師生的倫理不夠,不像在焦山,一日為師,終身為父。慢慢的,我發現還有別的原因,一是有的學生比較傲慢,他自己要當老師,一旦承認是別人學生,自己就渺小了,傳承的觀念不是那麼強。二是省籍因素,這些學生都是本省人,我是個外省師父,承認拜外省人為師,使他們感到說不出口。這是非常可惜的。佛教是最寬廣開明的宗教,眾生平等,沒有任何分別的,釋迦牟尼還是印度人,歷代的祖師不論什麼宗派,不都是外省人嗎?阿彌陀佛還是外星人呢!」
為了打破思想的界限、省籍的情結,星雲覺得自己應該更走入群眾、深入台灣社會,讓佛法普傳在這片土地:他也希望當時深受日本影響的佛教風氣,僧俗不分、出家人娶妻吃葷、不重經典與戒律的情況可以扭轉,這不只需要自己努力弘揚正法,還必須陪養無數的本土精英,才能普遍撒下正法的種子。