星雲和一群外省籍的法師，被關在一間大倉庫裡，連躺下休息都不行，還經常被喝斥、捆綁，甚至眼睜睜的看人被拉出去槍斃，今天槍斃幾個，明天槍斃幾個……
雖然牢獄那麼可怕，星雲也坦然面對生死，不過也有溫暖的事。當時看守這群出家人的警察，因為對出家人有好感，對佛法有興趣，每天都和他們談佛法，還對他們說：「你們很快就可以出去，出去的時候，我要跟你們出家!」大家都以為這個警察的心很好，是在安慰大家，沒想到他們放出來的時候，那位警察也出家了，法號「廣元法師」。
關了二十三天的黑牢，由於孫立人將軍夫人孫張揚清居士的擔保、吳經態居士等人的奔走，才被營救出獄，慈航法師就沒有這麼幸運，他被關了一百五十天，日後在汐上彌勒內院圓寂，內身不壞。
出獄之後，警備總部還日夜派人跟監，因為有人誣陷星云「白天收聽共匪廣播，晚上換了便服，在外面散發反政府的傳單有親共標語」，他也不以為意。一年之後，黑函不攻自破，跟監的人受到星雲的感化，皈依成為佛門弟子。
「出獄後，還住在圓光寺，妙果老和尚叫我幫他為佛學院的畢業特刊寫了一篇『回顧與前瞻』的文章，我當時很年輕，就想揣摩老和尚的口氣把文章寫好。事後，老和尚不放心，他認為我這麼年輕，怕我寫出來的文章不成熟，便拿給主編圓明法師看，問他說：『 你看，這寫文章的和尚幾歲?」圓明讀了，大為欽佩，說：「看這文章的思想觀點就知道是老修行人，大概六十幾歲吧!」他還猜說是東初法師寫的。這件事給我的鼓勵很大，覺得自己可以走文章弘法的路。」
