本經的同本異譯有四譯或五譯的說法。實觀的《藥師經義疏》倡四譯說：（一）宋孝武帝大明元年（西元四五七年）丁酉，沙門釋慧簡於秣稜（江蘇、江寧縣）鹿野寺譯出，名為《藥師琉璃光經》，亦名《灌頂拔除過罪生死得度經》。此經自《大灌頂經》第十二卷抄出。
（二）大業十一年（隋煬帝、西元六一五年）南印度羅囉國（此據《開元錄》與《貞元錄》；《大唐內典錄》與《翻經圖紀》則云為北天竺烏場國沙門達磨笈多及法行、明則、長順、海馭等譯，在東都（洛陽）洛水南上林園翻經館重譯，名為《藥師如來本願經》。
（三）唐代三藏法師玄奘在京師（長安）大慈恩寺翻經院譯出，乃為現今之流通本。據《內典錄》所載，可能為貞觀年間翻譯，但《開元錄》及《貞元錄》則以為是永徽元年（西元六五○年）五月五日所譯，沙門慧立筆受。
（四）沙門義淨於和帝（唐中宗）神龍三年（西元七○七年，此年九月改元景龍）丁未於佛光寺內翻譯《藥師琉璃光七佛本願功德經》二卷。此經上卷總明東方藥師七佛淨土，下卷特明藥師琉璃光佛淨土及其本願功德。與玄奘的譯本約略相同。
比較前後各本，或簡或繁文辭雜糅，傅之後徒或生疑惑。而唐玄奘的譯本，在譯文上咸認較為恰當，故成為流通之版本。
東晉之帛尸梨蜜多羅所譯之《灌頂經》第十二卷，一名《佛說灌頂拔除過罪生死得度經》與《藥師琉璃光經》同本。據實觀的《藥師經義疏》謂有九卷《灌頂經》，即（一）、《灌頂二千神王護比丘咒經》。（二）、《灌頂十二神王護比丘咒經》。（三）、《灌頂三歸五戒帶佩護身咒經》。（四）、《灌頂白結神王護咒經》。（五）、《灌頂宮宅神王守護左右咒經》。（六）、《灌頂塚墓因緣四方神咒經》。（七）、《灌頂伏魔封印大神咒經》。（八）、《灌頂摩尼羅亶大神咒經》。（九）、《灌頂召五方龍王攝疫毒神咒經》。而十二卷《灌頂經》是加上（十）、《佛說灌頂梵天神策經》。（十一）、《佛說灌頂隨願往生十方淨土經》。（十二）、《佛說灌頂拔除過罪生死得度經》等三卷。但《灌頂隨願往生十方淨土經》一卷是後漢靈帝光和年中（西元一七八——一八三年）支讖所翻譯的。而《佛說灌頂梵天神策經》有人以為是疑偽經。所以《灌頂經》的後三卷有可能是帛尸利蜜多羅的後人所附加。而十二卷《灌頂經》是《開元錄》所記載，因此判斷開元時代前所集成。