於是文殊師利菩薩在大眾中，即從座起，頂禮佛足，右繞三匝，長跪叉手而白佛言：大悲世尊，願為此會諸來法眾，說於如來本起清淨，因地法行，及說菩薩於大乘中發清淨心，遠離諸病，能使未來末世眾生求大乘者，不墮邪見。作是語已，五體投他，如是三請，終而復始。
爾時世尊告文殊師利菩薩言：善哉善哉，善男子，汝等乃能為諸菩薩，諮詢如來因地法行，及為末世一切眾生求大乘者，得正住持，不墮邪見，汝今諦聽，當為汝說。時文殊師利菩薩奉教歡喜，及諸大眾默然而聽。
善男子，無上法王，有大陀羅尼門，名為圓覺，流出一切清淨真如，菩提涅槃及波羅密，教授菩薩，一切如來本起因地，皆依圓照清淨覺相，永斷無明，方成佛道，云何無明。
善男子，一切眾生從無始來，種種顛倒，猶如迷人，四方易處，妄認四大為自身相，六塵緣影為自心相，譬彼病目，見空中華及第二月。
善男子，空實無華，病者妄執，由妄執故，非唯惑此虛空自性，亦復迷彼實華生處，由此妄有輪轉生死，故名無明。善男子，此無明者，非實有體，如夢中人，夢時非無，及至於醒，了無所得。如眾空華，滅於虛空，不可說言有定滅處，何以故，無生處故。一切眾生於無生中，妄見生滅，是故說名輪轉生死。
善男子，如來因地修圓覺者，知是空華，即無輪轉，亦無身心受彼生死，非作故無，本性無故，彼知覺者，猶如虛空，知虛空者，即空華相，亦不可說無知覺性，有無俱遣，是則名為淨覺隨順，何以故，虛空性故，常不動故，如來藏中無起滅故，無知見故，如法界性，究竟圓滿遍十方故，是則名為因地法行。菩薩因此於大乘中，發清淨心，末世眾生，依此修行，不墮邪見，爾時世尊欲重宣此義，而說偈言：
文殊汝當知，一切諸如來。
從於本因地，皆以智慧覺。
了達於無明，知彼如空華，
即能免流轉，又如夢中人，
醒時不可得，覺者如虛空。
平等不動轉，覺遍十方界。
即得成佛道，眾幻滅無處。
成道亦無得，本性圓滿故。
菩薩於此中，能發菩提心。
末世諸眾生，修此免邪見。
文殊問意，為全經綱領，計分三段，一問如何明悟因地法行，故曰願為說於如來本起因地法行，二問如何是發心修持，故曰於大乘中發清淨心，三問如何除諸禪病，故曰遠離諸病，使末世眾生不墮邪見，只此數語，巳將圓覺經義大綱提出，為全經清淨眼目。
人生難得，此生能聞正法，由此啟發覺慧，了達本性，此一大事因緣，永離三界，於一生關係之巨，任何重要急事，難與比擬，其機緣之不易得，正如大海中落一細針，入海訪求，寧有把握？今不期而得，其喜可知，此或可仿其萬一。故必鄭重將事，五體投地，如是三請，終而復始也，後人輕法，即是於自已不痛切，用功何由得入。諦聽者，恒審專一之意，萬緣故下，一門深入而聽也。
佛言，無上法王，有大陀羅尼門，名為圓覺，此法王，不可專指於佛，一氣貫句到方成佛道止，既云永斷無明，方成佛道，其非對佛可知，佛與佛毋庸說法，亦毋庸再成佛。所說者，只對眾生，開山第一句，說此無上法王，雖佛全得其用，稱為無上法王，而眾生亦未失其用，法王仍在，寶藏未啟，非謂無寶，一知即啟，證入圓覺。荷澤禪師云，知之一字，眾妙之門。雖名曰門，實無內外，惟染淨諸法之所自出，遂名曰門。最初因地，皆依圓照清淨覺相，是修行門一個總辦法，不如是，不能永斷無明也，無明一斷，自然一切清淨真如菩提涅槃及波羅密，悉皆流出矣。
圓照者，無功用之照也，照即能照，覺相為所照，能所雙忘，方名圓照清淨，若有能所，無明未斷，不名成佛，此法佛佛道同，無佛不爾，故名皆依，自覺覺他，故名教授菩薩，言此會無二乘人可聞法要，惟菩薩可教授，可領受，不與二乘共也，又名不共法。行者切勿把自己與佛分為兩個，應知一切皆如也，經云通達無我法者，是名菩薩。
說無明一段，最為簡明暢達，計分五段：一說無明相貌，二說無明非有實體，無生處故，三說破無明之最簡捷法，四說本來無無明，五說無明不必定指為無。惟無明與清淨，名雖有二，覺則不二，常不動故，究竟圓滿遍十方故，似此步步脫卸，破無明於不知不覺，真妙難思議矣。
一、說無明相貌者，以迷人為喻，雖顛倒至四方易處，人卻不曾有異，如醉漢，正醉時，不得謂為非人也，及至醒時，了無變更，了無增益，故本體則不變，顛倒則不無，其因地在一執我，認四大假合之體為身，根塵緣合之影為心，二者皆幻，生滅無常。如珠四照，隨境而現青黃，青黃忽現忽滅，無從執實，愚者忘珠，執青黃之幻色以為珠。又譬彼病目，翳眼觀空，見空中華，不獨以空華為實，並忘自眼病翳，轉輾妄取生死輪轉，故以無明為父愛為母而念念生死為子也。
二、無明非有實體者，極言有則必有體相，即不可捉摸取捨，其非有實體可知，如人有夢，夢中非無，及至於醒，了無所得，明明於無生中妄見生滅，只此虛空幻化之見，亦是無中生有，就妄見故說有，就實論故說無，今名曰妄，則實，實非有，以無生處故。
三、破無明之簡捷法者，在一知字，知即一切都了，頓出生死，更無他法，修行人第一求了生死，不知生死之母是無明，無明之母是執幻，執幻之母是無慧，無慧即失照，失照即不知。此一知字，乃理解事證後之智知，非世間小慧之了知也，故密宗以般若為佛母，又心經言成佛成菩薩，無不依般若而波羅密，捨此而能成佛者，即是魔說，此為正因。
四、說本來無無明者，是在已證知之後：一知萬法皆如空華，無明安在。二知空華虛妄，不枉取執，即無輪轉。三知身心兩空，生死亦幻，無作無受，故無無明。四知無明本性非有，不必定取功用作為起觀行照，方得身心空無，即不起照證空，或正顛倒時，其本性原來空寂，即色即空，智者見之，自徹了也。
五、說無明非無與清淨不二者，謂無明幻影以及假名依幻說覺，幻自非無，但此無明與清淨，名為二物，實自一體。譬如鳴鐘，聲聞百里者，此鐘也，若以手按之，再擊則聲啞，亦同此鐘也，聲雖有別，鐘不有二，去手則又鍠然遠送，聲聞百里矣，故無明乃暫時聲啞，於鐘畢竟無損。無明清淨二者，同一如來藏所自出，性既虛空不動，無起滅，無知見，又復誰起誰滅，何有能見能知，畢竟不可得，無明亦然，再心境兩空，情器交徹，普該一切，遍滿十方，如來藏性，本來如斯，不須滅舊添新，滅惑生智，方名究竟也。所言如法界性者，通於一切，即致知格物之意也，知此則山河大地，無一處能離我之如來藏性，即我之藏性遍滿法界耳。
此分關係最巨，上上根人一聞於耳，即已徹悟，一知字，已全包括信願行證在內，正不必另起何種功用矣，但三根普被，於鈍根人，亦當顧及，不得不開諸大士之啟請，用以嘉惠後學，其實圓覺意義，圓覺相貌，由因達果，佛於此分內，宣說淨盡！沒些子矣，故當圓觀，勿被經轉可也。
佛說夢中人，醒時不可得，又說覺者如虛空，明示平等不二，愚人定欲分夢覺為二，若與說不二法，彼又實指夢覺為一，不知非一非異，何可執實，故真見實相者，見一切是幻，見一切法是幻，見覺亦是幻想，無能覺，無所覺，無說者，無聞者，故曰如來無所說，即此無所說，正是覺實相。
皆依圓照清淨覺相句，是修證根本法門，無法不爾，無佛不爾，非如此不能永斷無明，此即是本起因地，與心經兩依字同義。
說無明起因，最為簡捷，無非認妄，而認妄之因，只一迷字，惟有開智慧一法門，全經重一知字，知則幻滅，幻滅則證真，妙用盡備於斯。
自如來因地修圓覺者，至本性無故六句，最有力量，為頓根人斷生死無上法門，每日至少轉念數十次，使之熟極時，隨處引文而照，隨照而寂，即鈍根人，能不驚不怖，時時體念者，亦可頓超一僧祇劫也。
亦不可無知覺性句，此覺性，非對治幻覺之覺，以對治之覺，其覺亦幻，此覺乃不生滅之常性也，故下云無起滅知見故，此句救活偏空斷滅人不少。
如法界性，究竟圓滿遍十方故句內，如字，究竟字，正表了義義，即是十二部經清淨眼目。
不墮邪見句，表捨此即是邪見，非為正因，終不得發大乘清淨心也。
此分佛巳將圓覺說完，鈍根人，即巳了達畢業，毋庸再啟，惟方便未來及中下根者。下更以修法示之，試觀上文佛告文殊而稱善男子等，一等字，即包括在會同證悟者不少，豈止十二位哉。
右繞 向右轉繞，以右為順也。
三匝 三圈也，表三寶三德等義。
末世 末法時代，即今之世。
墮 落也。
五體 四肢及頭也。
諮詢 請問也。
諦 息心細審。
陀羅尼 總持意，總一切法持無量義。
涅槃 寂滅義，謂覺性既圓，無法不寂也。
菩提 空淨大覺義，有五：一發心，二伏心，三明心，四出到，五無上。
俱遣 言皆不取也。