即諸法而通法性
即定刺而成性定
以律儀清淨為基楚
以密咒誦持為扶助
楞嚴經中最主要的，即是楞嚴之行門。阿難遭摩登伽之難，蒙佛說咒度脫。本經第七卷上，阿難復請佛說咒。佛說咒時，頂上放光，光中現佛。因咒之持誦功德，古今來不少人以楞嚴經屬於密宗。然以楞嚴經之全部脈絡義理觀察，明理、修行、證果，仍以歸入千餘年來最盛行的禪宗較為確切。且經中以律儀清淨為基楚，以密咒誦持為扶助，而正行則在反聞三昧；與純粹以咒儀為主者不同，實唯禪宗的修行法門為最相近。從經的意義觀察，以救摩登伽之難為發起，制服劣欲，發達超三界、二乘之勝欲；從所明理，修所宗行，均合禪宗。而與密宗修大悲方便，活用貪、瞋、癡以行四攝不同，此為對於楞嚴行門總相的觀察。
從五陰、十二處、十八界、七大明皆妙真如性。由於真性之迷惑顛倒而成六凡流轉；覺悟了達而成四聖解脫。所有一切世出世間之法，皆依妙真如性之或迷或悟。迷則煩惱生死，悟則涅槃解脫。所以一切諸法，本來是妙真如性。即諸法而通達法性，如一念智慧相應，無明煩惱分別當下淨盡。凡夫眾生不出五陰、十二處、十八界、七大之法， 一一法即是如來法身。 如是觀察，依一一法，門門入道， 頭頭解脫。
從阿難尊者多聞功能習慣，易起分別。本經第四卷阿難受如來訓，阿難自謂猶如旅泊之人，忽蒙天王賜與華屋，不得其門而入。如來為他示兩種決定義：於四大、五濁眾生世界中欲發菩提心，修菩薩行，令因地心同果地覺，須依不生滅心作因地心。此心聖凡平等不二，乃能與果地覺平等不二。依是發起趣向菩提，堅固不壞。先明諸法實相之理，從以增修禪定，得證定益，對治定病，均於此為本。
從六根以說明六塵、六識之十八界法，闡明六根功德淺深廣狹。耳根、舌根、意根、功德圓滿，眼根、鼻根、身根，功德缺少，始知選擇依那一種法去修。聖凡法界依六根為本。從圓滿根修圓通行，與依不圓滿根，一日一劫相抵。欲從六根覓最圓通者去修，乃選出耳根。即從四大、五濁中見不生滅性，依不生滅性為因地心，是為第一根本。次明一切生死煩惱根本都在六根，欲得修行入手之處，選出耳根為修行圓通門。十方如來，依一門深入，證無生忍，得大解脫。經云：『汝今欲令見聞覺知遠契如來常樂我淨，應當先擇死生根本，依不生滅圓湛性成』。又云：『汝但不循動、靜、合、離，恬、變、通、塞，生、滅、明、暗，如是十二諸有為相，隨拔一根，脫黏內伏，伏真歸元，發本明耀；耀性發明，諸餘五黏應拔圓脫。不由前塵所起知見，明不循根，寄根明發，由是六根互相為用』。然佛及十方菩薩，依十八界諸法，皆可為悟入法門。
本寺大殿上供楞嚴圓通諸聖，兩旁二十四位，連中間觀音，共二十五。自憍陳如從音聲悟入得成阿羅漢，以及大勢至、彌勒，從根大、識大通達法性入無生忍。就修禪定，文殊師利乃選觀音耳根圓通門，為最當機。從耳根通達無生法性，以雖心迷業繫之眾生，耳根在睡眠不昏。經云：『是人夢中，豈憶靜、搖、開、閉、通、塞，其行雖寐，聞性不昏。縱汝形銷，命光遷謝，此性云何為汝銷滅』？故圓通常義俱勝。
三摩地、此云定，又云三昧，直譯等持。平等任持，攝伏攀緣六塵的定心。從反聞以修禪定，散亂易離。定心成就，不入色，聲、香、味、觸，不緣五塵，不起五識，定心在意識相應，專注不紛。若到真正定心成就，行住坐臥常在禪定。然修禪定入手工夫，在乎靜坐。坐得平穩調和，眼光閉斷前境，鼻、舌停辨香、味，身、心調和，冷、熱、輕、重、飢、飽之觸覺亦不起。其時最難離者即耳聞的聲。在經論上講，聲為定刺。如刺入肉體，使痛不安；聲亦刺定心，令不安穩，不成長久相續。故止靜時，打板以聲止靜，出靜亦以磬聲或板聲。昔四川吹倒一大樹，內有一僧人入定，似死非死，但未斷煖氣。地方官送入京師，召佛教大德，施出定法，在其耳邊打磬，遂漸出定。可見定心不獲堅住，不易相續，聞聲是最大甚深的關鍵。聞聲使從定心起散亂分別，故修禪定在身心調和後，從耳根返聞，為止散亂最勝方便。
經云：『初於聞中，入流亡所，所入既寂，動靜二相了然不生；如是漸增，聞所聞盡，盡聞不住，覺所覺空，空覺極圓，空所空滅；生滅既滅，寂滅現前，忽然超越世出世間』。如何修持？即於聞中入流亡所，逆聞流使返入聞中，亡脫所聞，能亦不得。反聞以聞如來藏妙真如性，融化聞根，入人空境界；見、聞、覺、知六根，融化成一體圓明妙覺，證生空真如涅槃法。進到覺所覺空，悟入法空，一切皆空；空所空滅，俱空不生。所有一切生滅對待悉皆超脫，寂滅現前，超越世出世間；法法悉成解脫，塵塵俱證菩提。此謂從耳根反聞入三摩地，故經云：『旋聞與聲脫，能脫欲誰名？一根既返源，六根成解脫』。
復次、經云：『欲攝其心入三摩地，云何令其安立道場遠諸魔事，於菩提心得無退屈』？而先之以淫、殺、盜、妄四根本戒清淨，為修耳根圓通定之基礎。經云：『要先持此四種律儀，皎如冰霜，自不能生一切枝葉；心三、口四，生必無因』。
倘受戒不能圓滿，持戒不能具足清淨，因有宿習不能滅除，故以密咒誦持為扶助。經云：『若有宿習不能滅除，汝教是人一心誦我佛頂光明摩訶薩怛多般怛羅無上神咒』。阿難倘無宿習，不墮摩登伽之難，則持戒修定，不須佛咒救護。
以上、闡明悟妙真如性以修圓通行門。