嘉興胥山雲谷法會禪師，天寧法舟道濟禪師之法嗣，俗姓懷，本郡嘉善人。雲谷禪師九歲從大雲寺出家。修習天台小止觀，二十歲受具足戒。後投天寧寺法舟道濟禪師座下參學。
道濟禪師問雲谷禪師，平常如何修習。
雲谷禪師道，修習天台小止觀。
道濟禪師道：“夫學以悟心為主，止觀之要不離身心氣息，何能脫然?子之所修，流于下乘矣!”
接著，道濟禪師便為他開示入道之要。
雲谷禪師從此以後，便默然依教用功，晝夜不息。
一日，雲谷禪師入室請益。
道濟禪師道：“《圓覺經》雲：‘四大分離，今者妄身當在何處?’”
雲谷禪師一聽，猛然警省。于是退出丈室，站在巷子裡，陷入沉思，一直站到四更天，一動也不動。
道濟禪師便喚他進來說話。雲谷禪師連下了幾個轉語，均未能契旨。
一天，雲谷禪師隨眾過堂(用齋)，一邊用齋，一邊還在想著所參的話頭。他如此專注，連碗中的飯吃完了也不知道。結齋的時候，他一驚，手中的碗掉在上，摔碎了。他終于恍如夢醒，豁然大悟。
從此以後，雲谷禪師韜晦于叢林，幹各種各樣的苦役活兒，以道自娛。後為陸五台居士所知，應邀住棲霞寺。雲谷禪師悲心願重，以平等心接人，為眾所歸。士大夫之流多樂與交遊。其中，袁了凡居士從他學法，所得受用最大，對當時後世的影響也最為深遠廣泛。讀者可參見《了凡四訓》。
雲谷禪師圓寂于大明萬歷乙亥年(1575)。春秋七十五歲。