明太祖朱元璋，以復興民族的精神，擊敗了蒙古人，統一中國，奠都南京。明太祖本出身於寺院，明朝宰相宋濂也是住過寺廟的人，所以對於佛教特別尊重。但太祖對佛教，却採取嚴格法律的制度，設僧錄司，任命官吏，取締不合佛制的僧寺，其管理條例之嚴，實為古來所僅見。至成祖時，謀臣姚光孝，本出身於佛寺，法名道衍(一三三五—一四一八)，著有「佛法不可滅論」，並有御製序，多讚揚佛法，編入藏經中。
成祖以後諸帝，無不奉行佛法，以豪華聞名的英宗，對興建佛寺，特感興趣。其於北京興建大興
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善寺，動用萬餘的人力，及國幣十萬金，完成輝煌的大興善寺。武宗奉佛尤篤，自稱為大廣法王西天覺道圓明自在大定慧佛。
洪武五年十二月統計，僧道五萬七千二百人發給度牒，次年新度九萬六千三百二十八人。永樂十六年(一四一八)全國限定度僧為三萬六千人。由於年年增加，至憲宗成化二十二年(一四八六)，發給度牒二十二萬人。太祖以來，每三年一次，整理寺院，考試經典，發給度牒，以及出家年齡，都有限制。因為教團發展迅速，遭受異教攻擊，至世宗時，因邵元節煽惑，遂發生排斥佛教的事件。嘉靖九年十二月，撤去文華殿釋迦像。同十五年十月，廢除禁中佛殿，並毀佛牙佛具一萬三千餘。京師寺院，亦多遭毀。這時佛教文物遭受損壞，雖不及唐武宗之法難，但是精神上所受的威脅，仍是很大!
明代佛教的名僧，除上述道衍外，尚有全室宗泐(一三一八—一三九一)、法舟道濟(一四八七—一五六○)、玉芝法聚(一五六二)、雲谷法會(一五六七)、象光真清(一五三二—一五八八)，以及重興天童寺密雲圓悟(一五六六—一六一三)，及興建磐山天隱圓修(一六三五)等，皆係臨濟宗巨匠。在史傳方面，則有明河所撰「補續高僧傳」(二十六卷)，及如惺撰「大明高僧傳」(八卷)，祩宏著「續武林西湖高僧事略」(一卷)，以及玄極輯「續傳燈錄」，瞿汝稷集「指月錄」(三十二卷)都屬於佛教史傳重要著作。
明代中世以後，佛教思想趨向於融會。以融會儒、釋、道三家為一體。這種融會的思想，本萌芽
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於唐末宋初。從南北朝至宋初，儒家全入於睡眠狀態，社會聰秀青年，都歸向佛宗，於是佛教在盛唐時期，成為國中唯一學術大宗。及至宋初新儒學興起，一面襲取佛教禪宗思想，一面又竭力排斥佛教，以恢復儒家於社會學術地位，承繼孔孟學術的正統，迫使佛教不得不退避山林。於是明教嵩等為使佛教適應時機，倡導儒釋融和思想，以緩和儒釋衝突，唯時機尚未成熟，猶未能成為一種學說。迨至明代中世後，蓮池、紫柏、憨山、藕益相繼出世倡導，遂使儒釋融和的思想，成為佛教一種新穎學術。這不僅對當時佛教界為一重大啟示，即對日後三百年中國佛教思想提供了發展的綱要。降至今日，在佛學研究方面，仍未能越出此一範圍。
(一)蓮池大師名祩宏，字佛慧，別號蓮池，亦稱雲棲大師(一五三五—一六一五)。浙江人和人，生於嘉靖十四年(一五三五)，卒於萬曆四十三年(一六一五)，壽八十歲。
蓮池大師三十四歲，始出家為僧。依性天和尚披剃，即寄心於凈土，常以「生死事大」四字置案頭，自作警策，持戒念佛為恒課。徧參諸方知識，北遊五台，感文殊放光。後入京師，參徧融、笑巖諸大老，每參念佛者是誰，遂有省悟。隆慶五年(一五七一)，於杭州雲棲寺，得念佛三昧，遠近服其德望，開法淨慈寺，說禪淨同歸，僧俗千餘人歸從。其著「阿彌陀經疏鈔」十餘萬言，博大精深，三根普被，從前蓮宗善說法要者，殆未有如蓮池之切也。其他應機說法，稱心而言，唯此一乘，無二無三，讀其書可以慨然而發迴向心矣。次有「往生集」三卷，「梵網經戒疏發隱」五卷，其他若「竹窗隨筆」、「禪關策進」、「緇素崇行錄」、「楞嚴經模象記」等。集成為「雲棲法彙」三十二卷。
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他以融和諸宗樹立佛教制度，以戒律為本，以念佛為宗，實行禪淨同歸制度。某實踐法門，除持戒念佛而外，並以「太上感應篇」及雲谷禪師「功過格」，以及袁了凡(一六○六)「陰隲錄」，乃完成「自知錄」，倡導功過格。他的中心思想，在融和禪淨，及儒釋合一，以念佛為專宗。遂有「儒家治世，佛家出世」的主張，這是他的三教調和思想的來源。
(二)紫柏大師名真可，字遠觀，晚號紫柏。江蘇吳江人，生於正德十年(一五四五)，卒於萬曆三十一年(一六○三)，世壽六十一歲。
紫柏大師十七歲，初師事虎丘明覺。閉門讀書，年半不出;三十受具足戒後，掩關三年，讀華嚴經等。三十二歲，行脚諸方，參徧融，得其心印，遂與祩宏同門。所著「阿彌陀佛贊」、「無量壽佛贊」，提倡念佛。並有「紫柏尊者全集」三十卷，及「同別集」四卷流通。師既以弘法為己任，欲普度眾生，當以開佛知見為急務。以大藏經卷帙繁重，遠道偏僻之處，多不能致，欲刻方冊小本，以廣流通，普使見聞獲大利益，遂首倡易梵篋為方冊。並與憨山德清，及弟子密藏道開，於萬曆十七年創刻於五台，以北藏為底本，對校南藏。歷經四年，移至杭州徑山寂照庵，閱數十年功始畢成。乃在師歿後，即世稱「徑山藏」，亦即所謂「嘉興藏」，萬曆版，世稱「明本」。因與憨山德清私交甚厚但該藏完，竟以此繫獄，於萬曆三十一年(一六○三)，冤死獄中，時年六十一歲。師平生勇於為法，所至重興古剎有一十五所，精嚴律行，五十年，脇不著席，糠覈豆渣，未嘗不飽，或絕糧二三日，精進行道，從未稍懈。當其將去，致書別江南故人，侍者性因哭泣，師叱曰：「爾侍予二十年，乃作此
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態。」後三日晨索薑湯盥口，連稱毘盧遮那佛，端坐而逝。學程趨至，撫帥背言：「師去得好。」師開目微笑，遂瞑。(見「一行居士集」)觀其臨終示相，實為明代第一高僧。
(三)憨山大師名德清，俗姓蔡。安徽省滁州全椒人。十七歲出家，初參棲霞雲谷法會，又於無極明信聽講法華、華嚴之後，參徧融、笑巖二尊宿。萬曆初年，再遊五台，血書華嚴經。萬曆二十三年(一五九五)，私建寺院，被謫至雷州。萬曆二十八年，受請入曹溪開闢祖庭。被赦後，歷遊武昌、黃梅，及廬山五乳峯寺，專修淨業。後又往曹溪，復興六祖道場。天啟三年(一六二五)，以七十八歲壽終。其宗說兼通，以弘法為己任;其所釋經，直指心源，絕諸依傍，真俗圓融，行解並進;其所著述，不僅欲融和儒釋，並欲融會禪與華嚴。其主要的著述則有「解楞伽經記」四卷、「圓覺經直解」二卷、「法華經通義」七卷、「肇論略註」六卷、「憨山夢遊集」五十五卷、「憨山語錄」二十卷等。
(四)智旭大師(一五九九—一六五五)，字藕益，名際明，又名聲，自號八不道人。依其所居，又曰「靈峯大師」。江蘇吳縣人。生於明萬曆二十七年，卒於清順治十一年正月二十一日，世壽五十七歲。初依儒教，以聖學自任，作闢佛論數十篇，十七歲閱蓮池大師自知錄敘，取論焚之。二十歲喪父，因讀地藏本願經，及雲棲「竹窗隨筆」，遂有省悟，發願出家，遂日誦佛名。因夢禮憨山禪師，故有三夢憨山之說。二十四歲，時憨山在曹溪，不能往從，乃依憨山之徒雪嶺出家。但該學那一宗，曾三卜都為天台，遂決意學天台教。雖宗天台，但所學通於華嚴、法相各宗。並以發揮各宗特質，不
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偏滯於一宗。不僅於佛學，即於外學，亦多研究。著有「天學初微」、「天學再微」等，論駁耶穌教。其為調和儒釋，乃著「四書解」、「易經禪解」等;對內則以融會性相及禪淨，著有「唯識論心法要」十卷。並以唯識調和起信論，乃著「起信論疏裂網疏」三卷。為調和禪淨，著有「阿彌陀經要解」、「淨土十要」等。其於天台本宗，著有「教觀綱宗」、「教觀綱宗釋義」等，發揮天台宗卓越的慧解，以彌補四明缺點。其所著「法華論貫」一卷，「閱藏知津」四十八卷。今日學者仍多循此研究如來一代教義。
以上所述四大師，不僅為明代佛教的高僧，其於佛學思想，上承唐宋佛學正宗，下啟日後三百年佛學之依據。對內則以融和禪、淨、戒、教為一體，對外則以融和儒、釋、道為一宗。既不排斥儒、道，亦不偏執於一宗，實為明代佛教思想融和最顯著的特色。
明代佛教，雖出現融和儒釋的思想，但儒家極端分子，仍不忘排斥佛教。最顯著者，則有胡敬齋的「居業錄」，詹陵的「異端弁正」，羅整庵的「困知記」，以及曹端的「夜行燭」等。因受儒家教育最深，而傾向於佛教者，則有陳白沙、王陽明，及著「西方合論」之袁宏道，著「淨土晨鐘」十卷之周克復，相繼出世。於是居士佛教逐漸抬頭。而對排斥佛教的儒家，乃作護法運動者，則有心泰的「佛法金湯編」，屠隆之「佛法金湯錄」等，遂使佛教得以安然度過儒家的排斥。
