雲南佛教，原經虛雲、常惺、戒塵等禪教諸德，相繼弘化，佛教已植相當基礎。二十六年，抗戰軍興，政府為實行長期抗戰，乃遷都重慶，雲南遂成為西南國防重鎮。又為通往緬、印，以及對外交通之要衝，外援及重要戰爭物資，均循滇緬公路輸入。
太虛大師隨政府西遷後，為發展西南佛教，特於二十七年年底，率同眾弟子進住昆明，坐鎮西南。唯昆明佛教，近年來因淨土宗與新流行西藏密宗之互相歧視，兩宗信徒互不相讓。為團結教友，安定對外，大師特開導淨土宗徒曰：「佛法廣大，淨宗與密宗各適一類機宜，篤信淨土者，應以律儀範
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身，教理啟心，勿執淨宗為獨勝居第一，而輕蔑排斥其餘法門，亦勿因非獨勝非唯一而移易其信願。一方面決志勤行，隨喜一切世出世間之福智善根，以廣集為往生淨土的資糧。」告西藏密宗信徒曰：「西藏在元、明間佛法衰亂，不亞此時漢地之禪、淨，而得以復興且保持隆盛迄今者，仗宗克巴之改建。西藏各派之佛法，皆以密宗為質，而宗克巴派之特長，在依律儀分七眾以區別密宗之混融，及依教理分三大士以階漸密宗之躐等。餘派亦藉以觀摩激勵，並振墮緒。非是，則西藏佛教早淪尼泊爾之末運，尚有今日之興盛乎?晚唐以來，漢地佛法以禪、淨為質，今末流之弊，亦因混融躐等而致。救而起之，補而充之，當師宗克巴之意而吾學之，勿因囫圇移殖，尤勿宜煽宗克巴所革之弊。」(見太虛大師已卯日記)。
經此開導後，當地佛教，與外來教友，始能水乳相融。太虛大師坐鎮昆明，首先著手對東南亞佛化民族，統一宣傳，乃將「海潮音」，由重慶遷至昆明發行，由塵空任編輯。
為加强雲南全省佛教團結力量，集中財智，以增加救國之力量，雲南省府改組雲南省佛教會，經全體出席人員臨時動議，推定太虛大師為理事長，加强領導。
大師在昆明，除與滇省要人與中央保持聯絡，對抗戰建國交換意見外，並經常到各處講經說法，及應雲南大學哲學研究社邀請講演，講題為「唯物唯心唯生與佛學」，聽講者百餘人。
曾養甫督辦滇緬公路，對安定雲南極為關心，曾數度勸請太虛大師重整雞足山，情高語摯，極為感動。後對鷄足山事，雖開過幾次會議，終以才財不足，缺少顯著進展。
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為培植佛教弘法人才，曾籌備「雲南佛學院」，並成立董事會，邀請陳蔭生、董雨倉、王申五、周明齋、王茂如、徐昭武、定安、王禹校等為董事，並推太虛大師為院長，定安、董雨倉、王申五、金仲陶負責籌備。
二十八年，太虛大師奉命組織佛教訪問團，大師為團長，乃率團員數人，訪問東南亞佛化民族，計有暹羅、緬甸、錫蘭、印度、及南洋群島各華僑地區。訪問團歷經半年，完成任務，經昆明返國。太虛大師為加强對佛化民族的宣傳，特派法舫、白慧、達居等赴錫蘭、印度留學，兼傳播大乘佛教。
為加强雲南夷族的佛化教育，特於芒巿開辦佛化小學，由留緬學僧等持主辦，專為教化夷族而設，俾對中國文化及佛法有深刻之信仰。
太虛大師坐鎮昆明，一面策劃加强對東南亞佛化國家的聯絡，爭取彼等對我國抗戰之同情與支援，一面鼓勵淪陷區的佛教徒，不要為寇奸所利用，而汚辱佛教徒的貞潔，並勉勵他們到大後方，以增加救國工作的力量。尤其對會覺、芝峯、大醒滯留淪陷區，曾經不止一次，轉託陳靜濤居士函達，促其到後方教學，或專修，殷殷盼望。大師後以「弘法精舍」事，「佛教訪問團」事，一再約芝峯等，其終不復肯來，殊負大師為教的悲心。
西南佛教，經太虛大師策劃重建，頗呈中興之象。
