以八指頭陀的生命，換來「中華佛教總會」的立案，使佛教僧寺獲得短暫的安寧，那知到了民國四年，袁世凱竟明令取銷「中華佛教總會」，代以「管理寺廟條令三十一條」。其條令內容之苛刻、剝削，尤勝於日本帝國主義二十一條的要求，這是中國近代史上政府對佛教所頒布最苛刻的法令，想藉此來消滅佛教。
這項條令，又牽涉到諦閑法師，說是諦閑法師的請求，於是直接破壞了佛教日後的團結。這一個問題，傳說甚久，迄今仍有不少人在傳說著，是否屬實，尚待考證。
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民國四年，諦閑法師應邀北上講經，雖受北京政府顯要人物邀請，但諦老與袁世凱素無任何關係，在當時諦閑法師雖為佛教名僧，但其維護佛教的宏願與熱忱，我想不會遜於任何一位僧徒。況且周年應各方邀請講經傳道，席不暇暖，巖然為佛教當代領袖人物。說他甘願出賣佛教的權益，斷送佛教僧徒的生命——寺產——我想任何人都不會相信的。至於「內務總長朱啟鈐擬訂寺廟管理條例，咨詢於師而著為令」(見蔣維喬諦閑大師碑銘)，這是一種政治上的陰謀，藉以卸責嫁禍與他人的策略，以便盡情剝削佛教寺產。說已徵得諦閑法師同意，意在製造佛教糾紛，離間教徒團結，這是政治家慣用的一種手腕。(這與民國三十二年內政部欲抽提寺廟收入興辦慈善公益，係太虛大師呈請等語，如同一轍的藉詞。)當時的人不知其詐，竟認以為榮，而貽後人指責諦老的話柄，試問諦閑法師有多大的權力，即使他是全國佛教會會長，也不敢承擔這一個出賣佛教的罪名與責任。況且諦閑法師不過為一講經傳教的名僧!說他不知愛惜自己的聲譽，甘願出賣佛教利益，誰敢相信呢?在諦老年譜說：「籌備帝制，舉國風靡，師具慧眼，但云僧人唯知奉持佛法，不知有君王民主。超然象外，迄未……一言勸進……」。
末法時代的僧眾，缺乏互相和合團結的精神，以致互相猜疑、攻訐。俗話說：「要得佛法興，除非僧讚僧。」民國初年，佛教僧眾，卻缺少了這種僧讚僧的雅量和美德。北京龍泉寺覺先首先傳出諦閑法師出賣佛教的利益，並列舉要害呼籲全國僧徒起來反對。南方僧徒亦發表文章反對，並聯合寧波佛教會竹溪北上，請求政府撤銷三十一條例，終未有效。滿清政府雖有提撥寺產充當教育經費，尚未制訂條文作有計劃的剝削，袁世凱竟敢如此的做法，已注定他日後失敗的因素。有人說諦閑法師想
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做國師，說「管理寺廟條例」，出之於諦閑法師的請求。像這種說法，完全出於一種想像，或猜忌的心理。試問這與想做國師又有什麼關係。至於內務總長製訂「寺廟管理條例」，內多由部長與其咨商，已如前說，這只是一種陰謀，想以掩耳盜鈴的說法，純為借刀殺人。
八指頭陀聲望與地位，要比諦閑法師高得多，又以堂堂「中華佛教總會會長」的身份，內務總長尚不肯接受八指頭陀的勸告，又怎麼能接受諦閑法師的建議?這分明是袁世凱施用的陰謀詭計，以分化佛教的團結，及離間教徒的感情!
民國五年，袁世凱做了八十三天皇帝迷夢，終因各方反對帝制，一氣而死，但管理寺廟條例，並未因袁世凱死而被取銷。民國八年又重行公布一次。民國十年，由程德全面請徐總統一度稍加修改為二十四條，仍未獲得取銷。這一項條例，等於一條繩索縛在僧尼頸項上，一直到民國十八年，由「管理寺廟條例」修改為「監督寺廟條例」，無異等於一條舊繩索，日久腐爛，又換了一條新繩索，比較更加有效，拉得更緊、更加有力，勒在僧尼頸項上幾乎透不過氣來，更談不到活動與自由了。
民國是以民主政治為號召。剝削寺廟財產，不特違背了人民信仰自由，也違背了民主政治的政策。袁世凱死後，北方開始實行新文化運動，當時以陳獨秀為中心的「新青年」一派，以「憲法與孔教」為題(新青年民國五年一月號)，及「孔子之道與現代生活」為題(同年十二月號)，對儒教地位痛烈的攻擊。民國八年五月四日(五四運動)，北京各校學生燒打親日派外交總長曹汝霖住宅，未幾波及全國各省，擴大為有組織的反帝國主義的運動。
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原來約法是以信教自由為標榜，後來被「獨立評論」議為「被非自由束縛之自由」，其中有許多反宗教的言論。
民國十一年北京學術界及大學生成立「反宗教同盟」，對受列強帝國主義支援的基督教作思想上的攻擊，其主要是：
一、宗教與科學不能相容。
二、宗教幫助資本主義，掠奪無產階級。
顯然係唯物論共產黨份子滲入其中，散布反宗教思想，且謂宗教是帝國主義政治、經濟、文化侵略的先鋒，反對甚督教學校，反對基督教經營的一切事業。這一運動波及到全國以及東北遼寧各地，——當時基督教在國內潛在勢力非常的大。
在此紊亂的環境之下，當時有張純一教授起來提倡佛化基督運動——給與中華基督徒以相當大的影響——張氏原屬基督教徒，後來改信佛教(請參閱「近代學人與佛學思想」)。
民國六年，北方出現了一位傑出基督徒徐謙，他是熱中於政治的人物，嘗以基督救國主義，勸服馮玉祥參加國民革命，復挾馮自重，而與鮑羅廷於民國十六年合作製造武漢赤色政權。旋又勸馮驅逐鮑氏——這是他在現代政治上的傑作。
徐謙字季紀，安徽歙縣人，一八七一年於江西南昌，一九四○年歿於香港。
世界先進各國，對人民宗教信仰，在憲法上只有信仰自由的條文，決沒有管理宗教的規定，當時
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政府動輒頒布管理宗教寺產，顯然在剝削人民信仰的自由，更顯出中國還是一個民智落後的國家。民國六年，徐謙以基督教在中國憲法上未取得宗教信仰自由的權利，開創歷史上空前未有的先例，乃聯合所有的信教人士，組織一信教自由總會，推舉徐謙任總會會長，參加入會的，則有佛教，回教、天主教、道教，由於這一浩大的聲勢，在憲法草案上卒被列入這一信仰自由的規定。
當時反宗教運動中，雖以基督教為對象，尚未殃及到佛教，因佛教未接受帝國主義支援。但基督教一旦被打倒，這對佛教，必然會發生重大不利的影響，所以佛教也參加了信仰自由的組織。此一組織，對佛教來說，也是非常重要的，日後政府每頒布有關佛教的法令，必要注意到這一點。信教自由這一口號，本出於西方社會，國人運用這一口號，卻始自徐謙的倡導。
佛教在這一個多災多難風雨飄搖的國土中，未被消滅，雖有眾多必然存在的因素，但亦有賴於這一信仰自由的口號幫助。自此，每遇政府干涉寺廟權利，或妨礙傳教事業，勢必運用這一來自西方社會的「信仰自由」的口號，作為護身符。因此，儘管宗教間存有不少的歧見，張純一的佛化基督教運動，固然對基督教有了不少幫助，但徐謙的信仰自由，也幫助了佛教不少的忙，所以佛教在中國近代史上始終屹然不動，這也是其中原因之一!
徐謙這一著，欲藉重西方「信仰自由」口號列入憲草上，以求宗教團體獲得保障，這與光緒末年清廷不能保護佛教，迫使杭州三十多所寺院投靠日本真宗布教所要求保護，如同一轍，同屬宗教史上不光明的舉動。同時，也為近代中國政治史上留下了最大的污點。
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