清初，不僅尊重佛教，即對道教，亦多方照顧。順治年間(一六四四)，對於佛教、道教，設立統制機構，僧道的官制。佛教設有僧錄司、僧綱司、僧正司、僧會司等。僧官最高地位，僧錄司之長
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，為正六品。各縣僧會司長，為八品官吏，係最低地位。無論興建寺廟，度人出家，僧尼行為，都受到嚴格的限制，這對佛教活動來說，顯然失去了自由意義。
康熙九年(一六七○)，發布「聖諭」十六條。雍正二年(一七三四)，又加敷演為「聖諭應酬」。直至光緒末年(一九○三)，對於僧尼生活行為，弘法事業，都有明文規定。
清代佛教，雖少有特殊的成就，但佛教的思想，仍承繼明代的遺風，即禪、教、律、淨融和思想。這時各宗顯然已喪失獨樹一面的風格!
一、禪宗清代於禪宗，乃承繼明代蓮池、憨山等融和的遺風。當時最盛行的為臨濟宗，其有天童圓悟、磬山圓修二派，均能獲得朝野王公巨卿的信仰，多出高僧。鎮江金山寺、揚州高旻寺、常州天寧寺，以及西天目禪源寺、杭州靈隱寺、寧波天童山弘法寺，都是江南佛教名剎，亦復屬禪宗著名道場。
道忞(一五九六— 一六七四)，初參天童圓悟禪師，歷經十四年，於向上一著，有所領會。順治招入北京，並於萬善殿大轉法輪，詳見「三世奏對錄」，及「北游錄」。後者，至雍正帝時，認係不敬之書，遂禁止流通。北京海會寺憨璞性聰(一六一○—一六六六)，亦屬天童派。因順治帝延見，「奏對稱旨」，乃留心參究。先後召玄水杲、玉琳琇、茆溪森、天童忞入京，從容諮詢，特賜玉琳通秀(一六一四—一六七五)為大覺善濟能仁國師號。玉琳出於磬山派下，並有語錄問世。因多出名僧獲得帝王歸敬，於是禪宗由斯特盛。
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雍正初於禪宗，不甚信仰，後經章嘉呼圖克圖善巧方便，始知為究竟之道。因而，隨喜結七，參究上乘，得洞達本來，後著力參究。經常經行，宮中靜坐，無意中忽蹋末後一關，得大自在，並獲得章嘉呼圖克圖印可。
雍正不特於禪宗有深切的體念，並具有卓越的見解。曾對三峯漢月法藏(一五七三 —一六三五)所著「五宗原」甚表不滿，認為不僅違背天童圓悟禪師正統，且近於邪見。圓悟亦曾著「闢妄救略說」，漢月法藏門下宏忍(一五九九～一六三八)著「五宗救」，為其師辯護。因此觸怒雍正，乃著「揀魔辨異錄」，率直指為魔說，斥宏忍為「魔嗣」，並禁止其流通，燒燬版本，以維護禪門獨特宗風。但對融和禪淨之蓮池大師，却表示特別崇敬，並加封其德號。然對於純正的禪風，到此顯已萎微了。
曹洞宗，在清代雖不及臨濟宗盛行，但自元代以後，即有「臨天下，曹一角」的佳稱。這時，福州皷山寺、漢陽歸元寺、鎮江焦山寺，都系奉行曹洞宗的宗風，頗負盛名。直至民國時代，仍然未改其宗風!
二、教下即指講經弘教而言。禪宗，是離開文字;講經弘教，是依於文字。宋以後的教門，只有華嚴、天台兩宗，尚能維持不絕如縷的生命。道霈為霖(一六一五—一七○二)，眾所皆知，是當代名僧，他所學在華嚴著有「華嚴疏論要語」百二十卷、「仁王般若經合疏」三卷、「還山錄」、「餐香錄」等，但其所傳，則屬天台宗。
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柏亭續法(一六一二—一七二三)，係屬華嚴宗代表，著有「賢首五教義科註」四十八卷，總其著述，都六百餘卷。
三、律宗則以南京寶華山為其代表。寶華山相傳為南山道宣以後之法系，即明代三昧寂光(一五八○—一六四五)、常州天寧寺香雲戒潤(出於寶華山見月讀體門下)。尤以讀體(一六○一—一六七九)，依四分律，弘傳戒法，其有關戒學著述不少。其於道宣「戒壇圖經」建立石壇，常為數千緇素「傳授戒法」。雍正曾召寶華山文海福聚入京，出任北京法源寺住持，於是戒學，由斯弘傳北方，亦由斯而興。
四、淨土宗雖為佛教一宗，但念佛法門，却為佛教通行法門。宋以後，不唯淨土宗奉行念佛，即禪、教、律，亦多遵行念佛法門。明代蓮池、藕益等，更倡導禪、教、律三宗為一源，儒、釋、道三教為一體，而以融和諸宗，歸於淨土。北方徹悟禪師專弘淨土，彭二林居士融會禪淨於江南，南北映輝，光芒當時。蓮宗九祖省庵(一六八六—一七三四)，以十時念佛、九時作觀、一時禮懺，更顯出佛教趨向於融和思想。著有「淨業堂規約」，以示念佛為專宗。
以上所述，清代佛教諸宗，乃承繼明代融和遺風，鮮有特殊的成就。不僅如此，民國以來，佛教雖受新時代新思想啟發，但弘傳佛教的大德，仍多承繼明代融和的思想，無論於宗門、教下，或淨土，無不以禪淨同歸，或儒釋合一，或禪教融和為主張。最顯著者，若印光大師為儒釋合一之淨土宗，月霞法師為禪教同趣之華嚴宗，諦閑法師為禪淨同歸之天台宗，無不遙承明代蓮池、憨山等之
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融和遺風。
太虛大師，雖以革新佛教姿態為號召，但他對佛教的思想，則以融和性相，不偏滯於一宗，顯然步趨藕益性相融和的後塵，樹立佛教新的標幟，成為佛教淵博的思想家。因此，民國以來的佛教，除了興辦僧教育所謂「佛學院」，發行佛教宣傳刊物以外，對於佛教學術思想上，仍未突出明代融和思想的範圍。
