滿清入關，建立王朝，統一中原，奠都北京，便是清朝。順治元年(一六四二)，至民國誕生(一九一二)，滿清滅亡止，統治中原二百七十年歷史。
清代於佛教，是繼承元代的作風，累代以喇嘛教為國教，以此控制邊疆民族，於是清代政治與喇嘛教發生密切的關係，其所以能統治廣大邊疆地區，既非軍事力量，亦非財政能力，全賴佛教同化的力量。故在西藏、蒙古，各地賜封呼圖克圖尊號，作為統治工具。在西藏布達拉，則有達賴喇嘛，於札什布倫，則有班禪喇嘛，分別統治前藏、後藏。而於蒙古地方，則分漠南、漠北兩區。在漠北庫倫，則有呼圖克圖，在漠南多倫，亦有呼圖克圖。故喇嘛教在蒙藏政治上的地位，僅次於帝王。
清代尊重喇嘛教，純係政治上關係。在未進關以前，即迎請墨爾根喇嘛護法麻哈葛喇金身像，供奉於盛京(奉天)寶勝寺，並促動第五世達賴喇嘛、班禪喇嘛上書朝貢。其於崇德七年(一六一五)，抵達盛京。至聖祖康熙元年(一六六二)，統一華夏後，即以理蕃院為主，對於蒙藏喇嘛僧繼續優待。順治八年(一六五一)，於北京創建黃教寺院，專供喇嘛僧居住，經常住有四百喇嘛僧。康熙五十九年(一七二○)，乃進兵西藏，實行政治統治，唯對達賴、班禪兩位活佛，仍然尊重。雍正在太
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子時，即尊重喇嘛教。因受章嘉呼圖克圖開示，即位後，捨其邸室為雍和宮，專供喇嘛僧居住。宮中正殿，設喇嘛誦經室，誦讀吉祥天母經、無量壽佛經、仁王經等，每日數十人依喇嘛僧誦經。喇嘛教以外，對顯教各宗，亦多尊敬，「大清會典」有明文規定。根據乾隆理蕃院統計：僅西藏達賴所管喇嘛廟，就有三一五○，喇嘛三 ○二五○○;班禪所管喇嘛廟，就有三二七，喇嘛一三七○○，於此可知，喇嘛教於清代備受崇敬之一斑矣!
清代對蒙藏喇嘛教，基於政治上要求，雖多偏袒，但佛教影響於中國文化，及維護社會民心者，却非喇嘛致，乃係大乘顯教。因之，清初康熙乾隆年間，即著手整理顯教文獻，蒐集前代以來佛教經典，凡西藏、蒙古方面所缺少的經典：都譯成彼方文字，或對照西藏、蒙古的經典出版。顯然，其於佛教文化，尚存幾分保護的跡象。即對衰微已久的華嚴、楞伽、維摩等經典，亦都著手論釋研究。諸如編纂金剛般若、無量壽、阿彌陀經等註釋，盛極當時。但自乾隆以後，由於國家文物衰頹，佛教文化亦走下坡，對佛教寺院，亦失去保護興趣。這時，僅有南方佛教，賴有名剎與名僧，尚能維持不絕如縷的生命，但亦僅於禪宗而已!
