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明代百年間，社會文化的發達，印刷技術的進步，遂促使佛教經藏得以整理出版。其經版的區別如下：
(一)南藏版從太祖洪武五年(一三七二)，依南山蔣山寺，集名德點檢藏經，共出版六三六函，六二三一卷，至永樂元年完成。(見金陵梵剎志四卷，刊載其目錄)
(二)北京版此為官版，成祖永樂八年所刻，至英宗正統五年完成。於北京開雕，六三六函，六二六一卷，正統五年(一四四○)刻畢。依南藏版校正，所欠者多，僅其錯誤，予以重版，似非良本。
(三)武陵版僅依密藏的「刻藏緣起」。仍以方冊刊行，但至今日未發現一冊，故事蹟不詳。
(四)萬曆版即前述紫柏真可所刻，萬曆十七年(一五八九)起，經二十年始完成。此為私版方冊本，共百七十六函，六九五六卷。從來大藏經，稱為法寶，供奉經樓，僅供人翻閱為主，未能普及一般民眾。方冊本大藏經，意在普及，故在大藏經雕印史上實佔特殊地位。
其次，有關佛教史傳方面：永樂十七年(一四一九)、天竺寺一如著「法華經科註」。及依大藏經法數名目約千六百條，作「大明三藏法數」五十卷。這對初學者裨益頗多。萬曆四十五年，天台慈雲寺如惺撰「大明高僧傳」八卷，此為繼贊寧「宋高僧傳」而作，望之不無遜色。「釋氏稽古略」後，則有幻輪撰述「稽古略續集」三卷，乃從元世祖至元年間起至明天啟七年，敘述三百六十餘年佛教史實，崇禎十一年(一六三六)始完成。
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又有陳士元著「象教皮編」六卷。其他若「仙傳奇踪」、「釋氏源流」、「佛教源流高僧傳宗」等陸續出版，這是有益佛教民眾教化運動。永樂帝御撰的「神僧傳」，已如前述。於此不難窺見宋以後佛教思想趨向史傳的著述。
明末的佛教，內受儒教排斥，外受西教攻擊，蓮池、憨山等高僧相繼出世，對排斥佛教的儒家，採取融和的對策。彼此排斥，雖暫取緩和，但一波始平，一波又起，西方教士利瑪竇，卻於此時東來，於是佛教於思想上又多了一個勁敵!
利瑪竇原是義大利人。他於明萬曆十年(一五八二)到澳門，先在南方停留多年，至萬曆二十八年十二月(一六○一)，始到北京，向神宗貢獻方物—如時鐘、萬國圖誌、西琴等—神宗始特准他在北京建立天主堂。在利瑪竇以前，西方教士在中國各處，雖多有活動，但無多大成就然。而利氏東來，不特對佛教發生重大影響，遭受其攻擊，更導致鴉片戰爭西方帝國主義東來，以及更直接影響了中國近百年來的國運!
利氏為人，不僅學術思想豐富，精通天文、算學、法律等學，更具有遠謀深算才智。他來時，又適明末內憂外患，嚴重的關頭。由於利氏豐富的學識，博得多數學者從其遊，大臣如徐光啟、李之藻、楊廷筠，都信奉天主教，並從其學習西方科學。徐氏深知西方火器之利，便請朝廷多鑄大炮。徐光啟又與利氏合譯幾何學、天文、水利，把西方算學、輿地、物理、哲學、採礦、藝術等輸入中國。猶如隋唐時期，佛教高僧把印度天算、曆法、因明學、醫學、工藝等輸入中國一樣，促進唐代文藝
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復興。
利氏雖把西方科學知識輸入中國，但對中國孔孟文化，卻採取敵視的態度。因他東來的目的。非為傳播科學知識而來，乃為傳播天主教而來，如何使天主教在中國生根，才是他衷心的目的。他初至廣東，所著服飾類似西方僧人，以為掩飾。後經徐光啟指點，始改著華服，學習華語，其生活方式，多模仿華人，並與華人交遊。他深知佛教為中國之大教，中國人十之八九多信仰佛教，欲使西教在中國生根，非攻擊佛教，轉移人民群眾之信仰不可，於是利氏專以「闢佛」為能事!
利氏雖欲攻擊佛教，但對佛教教義，既無所知，全屬門外漢，為欲達到攻擊佛教的目的，不得不作虛偽的宣傳。他說：「彼佛教者，竊吾天主之教，而以輪迴報應之說，以惑世者也。」佛教教主出生於西紀前四八三年，亦即早於耶穌出生四八三年。利氏說佛教竊取天主教的說法，雖三歲孩童也知道他在說謊。於此一端，可知利氏對於佛教教義一無所知。
在佛教居士中，首先批駁利氏者，則為虞淳熙，號德圓，官至詮部，自幼崇敬佛教。乃致書利氏，勸其多看佛書，如無暇盡閱其書，請先閱讀宗鏡錄、戒律發隱、西域記、高僧傳、法宛珠林諸書。蓮池大師在答虞德圓書中，對利氏荒謬的言論，亦多表示不滿，故有「不避口業」，起而救之之說。
這時中國知識份子，雖多接受西方文化，因強烈的民族意識，及維護中國傳統倫理道德，亦多反對不拜祖宗，無倫理觀念的天主教。禮部侍郎徐如珂及侍郎沈[水+隺]
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邪說惑眾，施以最猛力的攻擊。禮科給事中余懋孳，且把天主教比為白蓮教。神宗為其所動，遂頒發驅逐教士諭旨(見「中西交通史」九九六頁)，並採取行動，逮捕西洋教士王豐肅、謝務錄等，及中國教士教民二十餘人，即所謂「南京教案」。由於沈㴶大肆迫害教士，燒燬教堂，焚燬經書等事件接踵發生。天主教經過這一次挫折，其在華傳教事業，雖未完全停頓，但所受的打擊，却是很大。崇禎十二年(一六二九)，浙江徐昌治所輯刊的「破邪集」，把「南京教案」時期及其先後反對天主教的言論，都收入該集。黃宗羲(一六一○)、張爾岐(一六一二)，都是當時著名的學者，都有反對天主教的言論。因之，反對天主教，確為當時知識界一致的主張。
明代佛教，雖遭受異教的排斥，但由於憨山、雲棲、智旭等出世，不特其道德文章，冠蓋當時，極為朝野士大夫所欽佩。而對融和性相，或融和儒、釋、道，都有超人的理解，遂使佛教立於不敗的地位。智旭、雲棲、紫柏、憨山，稱為明代四大師。尤其智旭藕益實為中國佛教近代史上最傑出的思想家，尊為明清兩代佛教思想的權威，最為確當。
