如果頻繁使用緊急避孕藥，在一個完整使用年中失敗率要比常規避孕藥高，所以緊急避孕藥不適合於常規使用。這是很關鍵的一點。
第二就是禁忌范圍不同。常規避孕藥因為長期使用，禁忌比較多。緊急避孕藥的激素含量相對小，而且一次性使用，因此禁忌就少。
使用緊急避孕藥的惟一禁忌是：懷孕。
對已經肯定懷孕的女性不應給予緊急避孕藥，因為它毫無作用。然而，如果不能絕對排除懷孕可能，而要求使用緊急避孕藥，應該再咨詢解釋清楚，但藥物可能是無效的。
另一方面，根據口服避孕藥(與緊急避孕藥相似)的研究結果，專家們認為如果萬一無意中在早孕期間服用了緊急避孕藥，對孕婦和胎兒並沒有損害。