1.剪取適當長度(約30～45厘米)的牙線。
2.將牙線的兩端分別纏繞於兩手食指間各兩三圈，以固定牙線的兩端，這樣一邊松一圈、另一邊再繞一圈，便可輪流使用干淨的線段。
3.兩指繃緊牙線，以兩中指之間的線段作為嵌入牙縫的剔牙線段。當剔前牙(門牙和尖牙)時，將牙線前後拉動，帶出牙縫中的牙垢；當剔後牙(磨牙)時，用中指將牙線探入口腔內，嵌入牙縫後左右拉動，帶出牙縫中的牙垢。
4.把牙線嵌入牙縫，沿牙齒滑進牙齒與牙齦交接的縫內，然後將牙線繃緊縫面，並做上下運動刮牙縫面，每一牙面上下刮4～6次，直至牙面清潔。
5.牙線刮牙面時要繃緊牙齒的面呈“C”形，使牙線能覆蓋整個鄰接面。
6.將牙線嵌入牙縫時，不要將牙線從接觸點上用力壓下去，如果有很緊過不去的感覺時，可做前後拉鋸式的動作通過接觸點，然後輕柔地到達接觸點下的牙面，同時將牙線放到牙齦溝底以清潔齦溝區，但注意不要硬壓入溝以下的組織內，以防引起牙齦不適、疼痛、出血等症狀。
剛開始使用牙線時，操作有些不便，並會有牙齦出血現象(這說明已患有牙周病)，經過幾次之後，上述症狀會自然消失。