魏晉以來，時局紛擾，傳統儒學名教解體，名士避世棄儒，趨附老莊「以無為本」思想而蔚為風氣，因其立意渺玄，故稱「玄學」或「清談」。當時佛教般若「性空」之學甚契此派「貴無」思想，又有學通儒道，博學多識的道安大師及弟子慧遠等，有系統的融和、開展，故玄談名士莫不以「般若性空」充實其學，或增清談之資，佛教於焉深入士大夫階層而迅速傳播。
三國魏地的佛教以般若學及譯經為主，朱士行曾於洛陽開講《道行般若經》，並以「諸未盡善」而西行，求得《放光般若經》，可見此時對般若之學已有新的要求。在譯事方面，特別重視戒律的譯介，曇柯迦羅譯有《僧祇戒心》、曇無諦譯出《曇無德羯磨》，而開中國戒法的傳承。
因避戰禍，僧人多從北方來到南方，因此，吳代建業的佛教，多由關中、洛陽一帶傳入，如安世高、支謙等。安世高原為東漢末年譯經高僧的代表，其行走路線正可顯示佛教已由北漸向南傳播。支謙漢文造詣很高，發揚支讖般若一系，譯經甚多。其中《大明度無極經》乃《道行般若經》的同本異譯，係內啟兩晉般若之學，外導六朝清玄之風的重要經典。吳地佛教另一位重要傳播者為康僧會，乃佛教史上記載第一位自南(交趾)向北弘法的僧侶，曾學安世高禪數之學，最具代表的譯著為《六度集經》，孫權為其建「建初寺」，乃江南佛寺之始。
西晉時代，佛教活動仍以譯經為主，竺法護為當時的代表，所譯經典有《光讚般若》、《維摩》、《寶積》、《涅槃》、《法華》等各部類經，對於大乘佛教的開展，影響甚鉅。其中，《正法華經》的譯介，使觀音信仰普及於民間，為鳩摩羅什之前最著名的翻譯家。
西晉末葉，北方五胡十六國紛亂，晉室偏安江左，稱為「東晉」。於是中國分治南北二區。北方胡族受到佛教的影響，也大力提倡佛教。例如後趙時期，以佛圖澄開啟佛教的弘傳最為重要。佛圖澄以神通智慧感化殘暴嗜殺的石勒、石虎，佛法因而大行於華北，建寺八百九十所，受業門徒萬計，重要者有道安、竺法雅等。
道安大師為前秦時代最重要的高僧，博學多聞，被視為當時北方學界的領袖。秦主苻堅延請他於長安主持譯場，一時中外譯家雲集。道安大師在佛教史上有許多創舉，如：1.提出「五失本、三不易」的譯經理論，要求譯經必「勿失厥義」以深達佛旨；2.為眾經撰注作序；3.分經文為序分、正宗分、流通分三科，為此後譯經者所宗；4.創編《綜理眾經目錄》，開中國佛教史上佛經目錄的先河；5.制訂寺院清規及僧尼軌範；6.統一沙門同為「釋」姓。另外，道安在教理思想方面，則以般若性空之義多有見地，創立「本無宗」，承其學者為慧遠。
竺法雅以善用老莊等外學來理解般若義著稱，此即所謂「以經中事數，擬配外書，而為生解之例」的「格義佛教」。
北方佛教到了後秦，由於鳩摩羅什東入長安(四○一)，而更加昌盛。羅什在後秦姚興的護持下大興譯經事業，南北俊秀仰止雲集，門生弟子三千，其中以道生、僧肇、僧叡、道融最為傑出，稱為「什門四傑」。所譯經籍種類遍於大小三藏教禪諸家，其中《大品般若經》、《中論》、《百論》、《十二門論》、《大智度論》，使得龍樹般若性空之學至此文備義明，以之引正「六家」之偏，駁斥「格義」之迂。《成實論》、《阿彌陀經》、《十住毗婆沙論》、《金剛經》、《法華經》、《維摩經》等譯著，文妙義精，流暢易讀，為古今佛教各界所遵。後來以此諸經為基礎而有三論、四論、成實學派的興起，及天台、禪、淨等諸宗的成立。羅什譯業貢獻之偉，為整個中國佛教史開創一個新紀元，被譽為中國四大翻譯家之一。
南方東晉承繼西晉文化，原在中原流行的玄學及般若學也隨之南下。與道安同時，而在南方傳教者有竺道潛與支道林，兩者皆以擅講般若而受到貴族士大夫的欽仰，為玄學式的貴族佛教及格義佛教的典型代表。尤其是支道林，著有《聖不辯知論》、《即色遊玄論》等，創般若學的即色義，主張即色本空。時人評其學「不減王弼，比做向秀」。與謝安、王羲之、許詢、殷浩等一代名流交遊甚密。支道林之後，南方佛教中心即轉為廬山的慧遠。師博通六經，尤精老莊，聽聞道安講般若而出家。後以遠避戰亂而入廬山東林寺。師持戒嚴謹，為南方佛學領袖，當地名紳士學皆崇其行。曾迎佛馱跋陀羅、僧伽提婆等印度高僧入廬山譯經，開啟南方譯經的風潮。應江州刺史桓玄之問，撰著《沙門不敬王者論》，明示出家法與在家法的不同，以化解當時佛教與中國禮法的扞格。又集僧俗一百二十三人同結白蓮社，以《般舟三昧經》的禪觀修行，期生西方淨土，是禪淨共修的初創者，後世尊為淨土宗初祖。
慧遠雖足不出山，然親近者眾，道生(曾北上長安受學於羅什門下)就是其中之一。道生孤明先發，以「佛性論」、「頓悟說」引起當時教界的辯論，尤其「一闡提皆得成佛」的主張，更被視為異端，而不見容於大眾，直至北涼曇無讖所譯北本《大般涅槃經》傳入，獲證同於佛說，時人方才驚服。道生所悟的思想對於後來的涅槃、天台、華嚴和禪等各宗都有深遠的影響。
此外，建康的道場寺，也是著名的南方佛教重鎮，以譯經為主。佛馱跋陀羅、慧觀、法顯等，為當時駐錫譯經的大家。
又這時期再度掀起西行求法的熱潮，其中最著名的是法顯。他在天竺參學十餘年，攜回《大般泥洹經》、《摩訶僧祇律》、《長阿含》等多部經典。法顯在佛教史上不僅有崇高的地位，在我國留學史上的貢獻也是影響千古。
兩晉時期，因玄學風行全國，使般若學的研究也達到鼎盛，而有「六家七宗」各擅其勝之勢。「般若」豐富了「玄學」的內涵，「玄學」也成為傳播佛教教義的媒介，史稱「格義佛教」。直至鳩摩羅什、僧肇等師徒的導正，終於形成中國佛教正統的風格。由於學風鼎盛，思潮自由，以及譯經事業的隆盛，奠定了南北朝學派競立的基礎。