第二次經典結集後，佛教分化為上座和大眾兩大部派，史稱「根本分裂」。直至佛滅四百年為止(西元前後)，兩大部派又次第的分化，稱為「枝末分裂」。從根本分裂到枝末分裂，在佛教史上稱為「部派佛教」時期，這是意味佛教的發展處於部派林立的狀況。此四百年間的佛教，在阿育王及迦膩色迦王等仁王護持下，獲得長足的發展，不僅開始向國外傳播，也使得三藏聖教更加豐富而完備。
佛教從原始的和合一味演變到部派林立，主要是由於佛教所處時空改變所致。佛教由恆河中、下游逐漸向外弘化，因各地的風俗、語言、師承等文化背景不同，在戒律和教義的因應調適上自然產生差異。而原有多聞、持律、頭陀等根性差別者，在距佛日遙後，經輾轉傳授、修習，彼此間的差異就更顯著了，於是僧團開始分化。
第二次結集導因於東西方比丘在地域上的差距，而對「十事」的戒律看法不同所引起。東方毗舍離原是一個思想自由開放的地區，而西方則屬婆羅門化區，思想自然趨於保守嚴謹。因此，第二次結集後，終究因地域文化的差異，導致佛教僧團分裂為：傾向嚴謹保守的西方上座部，與傾向開放進取的東方大眾部二大派別。
上述「根本分裂」的原因乃南傳佛教所載，北傳則主張發生於阿育王時代的「大天五事」之爭才是主因。大天比丘對於阿羅漢身心境界與修持證果提出五項新說：餘所誘、無知、猶豫、他令入、道因聲故起。這是教義看法上的不同，結果支持大天的人數較多，組成大眾部；反對的長老上座，組成上座部，並遠移至西北印度的迦濕彌羅。
根本分裂後，隨著對戒律、教義見解的差異，兩大部派又再度分化，大約一直持續到西元一世紀前後，佛教發展的主流轉入大乘為止，此即所謂的「枝末分裂」。部派的總數、分化的過程、原因、年代和名稱，南北傳文獻所記載各有不同。或以創始者立名，或以其所處地點立名，或以主要教義立名。其中以大眾部、上座部、說一切有部、正量部、經量部最為興盛。部派雖多，其分化系統可簡化為：一味、二部、三系、四派。一般而言，以四派為主軸，而次第分化為二十部。如附圖所示：
部派發展路線及其興衰史，與印度諸王的佛教政策有密切關係。在阿育王召開第三次結集和派遣傳道師弘化印度境內外後，上座部(分別說部)聲望如日中天，甚至遠播錫蘭、緬甸等國。到了迦膩色迦王時代，因「說一切有部」結集出《阿毗達磨大毗婆沙論》，因而在迦濕彌羅一帶形成了領導地位。反之，弗沙密多羅王在中印度的毀佛法難，也使佛法中心轉移至南方與北方。
此外，三藏聖典方面，則有特殊的發展。各部派因豎立自家宗風，因此，不論律藏或經藏方面均各有傳承。此二藏雖因自宗立場的不同而有增刪的情況，然大體上與原始佛教時期的組織、體裁、內容相同。另外，具有獨立體裁的論藏，則是在這一時期才完備。故部派的特色，就三藏聖典來說，即在於「論藏」(音譯為阿毗達磨)的發達。尤其各部派為彰顯自宗的思想教義，遂直接促成阿毗達磨的研究學風，因此部派佛教又稱「阿毗達磨」佛教。
現存各部派的阿毗達磨以上座部系為主，南方巴利銅牒部及北方說一切有部早期各有七部根本論，爾後更有《阿毗達磨大毗婆沙論》、《俱舍論》等大作陸續問世。而大眾部的根本論書稱為「蜫勒」，因未傳譯，今僅得《分別功德論》。
部派佛教思想發展繁雜，但基本上仍以大眾部和上座部為中心。大體而言，上座部重視原始經義的分別疏釋，在現實生活上趨於學術理論化，尤其主流派說一切有部的學究氣味太濃，致與人間脫節，後被大乘佛教貶為小乘者，原因即是在此。因此，在印度的上座部逐漸沒落，錫蘭所傳的分別說部(赤銅牒部)便成為上座部佛教的代表。相對的，大眾部著重佛陀的根本精神，對於經法重於貫通古意，並且融入新知，而在現實生活上的修持則是要求人間化，因此，大眾部終於發展成為大乘佛教。