「無常迅速，生死事大」，生死是人生的大患，生死流轉的根源，就是「煩惱」。
煩惱，是指一切能污染、易擾亂有情身心的精神作用。煩惱之所以會造成生死過患，根據《成唯識論》卷八說：「生死相續，由惑業苦。發業潤生，煩惱名惑，能感後有諸業名業，業所引生眾苦名苦。」眾生因為迷惑事理而造作惡因，所種下的業因種子，再經過煩惱惡水的滋潤，就會產生負面的巨大力量，招感苦澀的惡果，逼惱眾生的身心。如此一來，惑(煩惱)、業(行為)、苦(苦果)輾轉相因，循環不息，就形成有情無量劫以來的生死輪迴，也就是「十二緣起」的環環相扣。因此，煩惱能招感業力，引發未來的生死果報，具有「發業潤生」的功用。
佛陀成道之初曾揭示：「眾生皆有佛性。」眾生雖然佛性本具，卻為煩惱無明所覆蔽，因此不能開顯。由於煩惱能夠使眾生迷惑事理，妨害覺悟，所以又稱為「惑」；俱舍宗與法相宗便將煩惱分為「見惑」與「思惑」兩種，天臺宗則將「見惑」與「思惑」並稱為「見思惑」，另立「塵沙惑」與「無明惑」，三者合稱三惑。
「煩惱」是學佛最大的魔障之一，它能障蔽、遮蓋眾生的真如佛性，所以又稱「障」、「蓋」；它盤纏在眾生心中，像是重重絞繞的繩索，所以又稱「結」、「纏」；它繫縛眾生的身心，令不得自在，所以又稱「繫」、「縛」；它像污垢，因能污染眾生的心性，所以也叫做「垢」；它如洪水，能使善品流失，所以又稱「瀑流」；它驅使眾生流轉於生死之中，所以又稱「使」；它能牽制眾生，令不得出離生死，故又稱「軛」；眾生的煩惱交絡繁茂，有如茂密的森林，所以又稱「稠林」；眾生因為煩惱，常由眼等六根門頭漏泄過患，所以又稱「漏」；潛在的煩惱隨逐眾生，眠伏在深層的意識裡，以極微細的活動狀態，在不知不覺中擾亂眾生身心，所以又稱「隨眠」；煩惱又如塵埃，能染污吾人之心性，所以又稱「塵勞」；煩惱本非心性固有之物，乃因迷理而起，所以又稱「客塵」；此外，又有火燄、毒箭、虎狼、險坑等譬喻。
煩惱是迷惑自性的魔障，佛法以「八萬四千」法數形容煩惱之多，但是若論煩惱的根本，則不出貪、瞋、癡、慢、疑、惡見等六種根本煩惱。其中的「惡見」即身見、邊見、邪見、見取見、戒禁取見等五種錯誤的見解。此五見具有推崇探求的特性，作用猛烈，所以又稱為「五利使」。相對於五利使而言，貪、瞋、癡、慢、疑的推求則較為鈍拙，所以又稱為「五鈍使」，兩者合稱「十使」，又稱「十根本煩惱」。隨著根本煩惱而起的從屬煩惱，則稱為「枝末煩惱」。
依凡夫的習性，對於自己所喜愛的人、事、物，自然想要執為己有，這就是「貪心」；相反的，對於不順己意的人、事、物，產生排斥，甚至厭惡，這就是「瞋恚」；由於凡事全憑自己的好惡，順己則喜，違逆則怒，完全不明事理，這就是「愚癡」。因為貪、瞋、癡作祟，於是產生慳貪、吝嗇、嫉妒、自私、怨恨、執著、惱怒、散亂、煩悶等情緒，這就是煩惱。因此，產生煩惱的根本原因起於貪欲、瞋恚、愚癡，三者又稱「三毒」，係毒害眾生出世善心中之最甚者，能令有情長劫受苦而不得出離。此三毒又為身、口、意等惡行之根源，故亦稱「三不善根」，為「根本煩惱」之首。
此外，人之所以產生煩惱，究其原因，其實是心王、心所向外追求，迷惑於物境；亦即透過眼、耳、鼻、舌、身、意等六根，對外攀取色、聲、香、味、觸、法等六塵，於是五欲、六塵便像塵埃一樣覆蓋真心，產生無明，進而起惑造業。因此，學佛修行不但要「勤修戒定慧」，以期「息滅貪瞋癡」，尤其要「轉識成智」。《六祖壇經》說：「世人生死事大，汝等終日只求福田，不求出離生死苦海，自性若迷，福何可救？」《攝大乘論講記》說：「佛法不外乎轉迷啟悟、轉染成淨的行踐。轉迷啟悟與轉染成淨的關鍵，即是知。」「知」就是明理，就是智慧，就是「轉識成智」，若能轉前五識為「成所作智」，轉第六意識為「妙觀察智」，轉第七末那識為「平等性智」，轉第八阿賴耶識為「大圓鏡智」，則無明煩惱滅盡，自能開顯佛性，找回自我。因此，佛法說「煩惱即菩提」、「生死即涅槃」，此乃大乘佛教之究極。