大師到了圓中，讀《圓覺經》時作了一篇四相章：
一、我相
鐘鼓鈴鑼不斷聲，
聲聲日夜說無生。
可憐醉生夢死宕，
鏡裏相看涕淚傾。
二、人相
突兀巑岏聳鐵城，
刀林劍樹冷如冰。
誰知火向冰山發，
燒盡冰山火不生。
三、眾生相
鐵門緊閉杳難開，
關鎖重重亦苦哉。
可怪呻吟長夜客，
不知因甚此中來。
四、壽者相
一條血棒太無情，
觸著須教斷死生。
痛到切心酸鼻處，
方知王法甚分明。
出了圜中，路過長安市，又作了四首詩：
（一）
長安風月古今同，
紫陌紅塵路不窮。
最是喚人親切處，
一聲雞唱五更鐘。
（二）
體苦虛空自等閒，
纖塵不隔萬重山。
可憐白日青大客，
兩眼睜睜歎路艱。
（三）
飄風驟雨一時來，
無限行人眼不開。
忽爾雨收雲散盡，
大虛原自絕塵埃。
（四）
空裏乾城野馬人，
目前彷彿如煙村。
直須走人城中看，
聲色原來不是真。
這詩中的禪味法味，耐人尋思。
第二年正月，大師渡過文江，訪問了鄒給諫。廬陵的大行王性海，拜謁大師在文江畔，請大師為《楞伽經》作註。二月，大師上大庾嶺，在嶺頭觀看了惠明奪衣缽的遺址，並作了一旨詩吊念，其中有：「翻思昔日宵行客，何似今朝度嶺心」的句子。大師見行人度嶺艱難，汗流滿身，就囑咐一位行人，要他設立一座茶庵在嶺頭。又見山路崎嶇難行，勸人修造山路，幾年後這條山路即成平坦了。
大師到韶陽，入山禮六祖大師。當他喝了一口曹溪水時，內心感慨地吟了一首詩：
曹溪滴水自靈源，流入滄溟浪抽天。
多少魚龍從變化，源頭一脈尚冷然。
大師到了祖庭時，看見一片凋蔽不堪的樣子，只得懷著淒涼的心情離去。到了五羊，大師身穿充軍的囚服朝見了大將。大將軍親自替他鬆了縛，又以齋食供養他，晚上就宿在海珠寺。
大師住下後，一位常講陰陽之學的周鼎石先生，一天率門生數十人來訪大師。談話間，周先生提出「通乎晝夜之道而知」的《周易》論題，其中一位老道長提出自己的見解說：「人人都有知覺，日間應付事務的是這個知覺，夜裏做夢的也是這個知覺，所以說：『通乎晝夜之道而知』」。周先生說：「大家都這樣說，我心裏認為不一定如此。」又問大師：「老禪師，請見教！」大師問：「這句話出那部典籍？」周先生回答說：「《易經》的系辭，」接著便把系辭的章句連續了幾句。大師聽後說：「這是聖人指示人要悟不屬生死的一著。」周先生一聽，立即拍案叫好，說：「還是老禪師指示的親切！」大家聽了都覺罔然，紛紛提出問題。周先生解釋道：「死生即是晝夜之道，通達於晝夜，就不屬於晝夜了。」這樣一說，滿座歎服。
三月十日，大師抵雷州，住在城西的古寺裏。
四月一日，大師開始著手註《楞伽經》。
這年雷州鬧饑荒，疫癘橫發，經年不下雨，死傷不可勝計。大師所住之處，好像尸陀林一樣，到處都是屍體，因為有法力加持，才得安穩無礙。天時乾旱得連井水也都枯竭了，隨從大師的侍者福善，在半夜時等了一罐井水，以充一日之渴。
到了七月，城內外橫屍遍地，大師勸人收拾掩埋了數以萬計的屍體，又為當地百姓作濟度道場，道場的儀式完畢，天即下起傾盆大雨，地面上的雨水上漲了三尺，從此厲氣即解，百姓於是得救。
第二年正月，會城也死傷了許多人，屍體遍地暴露。大師命人收拾掩理了數以千計的屍體，又建了普濟道場七晝夜，會城也便安寧下去。以前廣東人士多不知有佛教，自大師教化以來，有根多人皈依了三寶。
四月，大師寫成《楞伽筆記》。因為皈依大師的許多讀書人士未入佛理，大師又為他們撰寫《中庸直措》，發揮佛法的道理。
大師初到五羊時，上下官員見大師是帶罪的僧人，都很輕視。當時的制台大同馬陳罔如，對軍法極嚴格，大師也沒去見他，但陳大司馬卻常派人侍候大師。這年九月，大師同丁右武去拜訪他，門役回說不見，大師只得折回。晚上陳大司馬親到船中拜訪大師，還攜帶了茶點，一直談到三更。大師非凡的才能，使在座的大為驚佩。此後，陳大司馬對部下極力稱讚說：「憨山大師是僧中的麟鳳啊！」又下今讓三司往拜大師。從此，嶺南都知道大師是十分有德行的高僧，同時也知道恭敬三寶了。