到了二十歲，星雲得了一種怪病，全身上下都長滿了膿瘡，只有臉上沒有。因為流濃，衣服都沾在身上，連洗澡都不能洗，卻又不能長時間不洗澡，光是脫掉衣服，慢慢解開，就要一、兩個鐘頭。一旦脫下衣服，皮都給衣服給扯去，身上幾乎沒有一塊完好的皮，就像是剝皮一樣。
星雲大師說：「這種病也不只是我一個，其他許多同學也有這種情況，後來我研究了半天， 知道這是業障。民國二十六年的時候，日本人大屠殺，空氣和水都被屍體污染了，影響到人也受這個業報。後來有人製造出一種藥，專治這種病，叫『消痔龍』，一 瓶二十粒，吃了就好了，但不久又長出來，為什麼呢？因為只有一套衣服，還是穿原來的衣服，又感染了。後來買不起藥了，只好隨它去，我心想，如果不死，總有 一天會好吧！
病得嚴重時，兩腳長膿瘡，走路都不能走，有一天，無法去排隊吃飯，只好留下來看寺院。 坐在凳子上，突然看到一對夫妻帶一個孩子走路，他們看我坐著不動，走過來問我：『小師父！今年幾歲了？』我猛然一想，那一天是民國三十六年七月二十二日， 正是我的生日，我就回答說：『我今天二十歲！』說完後，一片茫然！呀！我二十歲了。
我在還沒有出家之前，還有一件蹊蹺的事。每年的七月十五日、冬至啦！一些重要的節日，別人在祭祀的時候，我就會頭暈得不得了，必須躺下來睡覺，一睡到晚上才會起來，一起來就好了。」
我對師父說：「可能師父從前的許多弟子都在祭祀您呢！台灣人有一種說法叫『飽年飽節』，每到節慶的時候吃不下東西，是因為從前的子孫在祭拜，肚子自然就飽了。」
師父說：「說也奇怪，頭暈的毛病，一出家就好了。後來到台灣，也經常過許多病痛，慢慢 學會『以病為友』，像對待朋友一樣的照顧疾病，久了，它也會對我們好一點。民國四十四年，我們環島布教募款影印《大藏經》，當時有一個大錄音機，很貴重， 我一路抱在腿上，從台東到屏東在石子路上顛簸，雙腿疼痛不堪。環島回來，雙腿得了急性風濕炎，醫生說一定要鋸斷雙腿，不鋸斷會感染，我一聽，心想：據斷也 好呀！我還可以在家裡寫文章度眾生嘛！心中泰然安穩，不覺得有什麼恐怖。但是，徒弟們不肯讓我鋸，還要找別的醫生來看，我也不看，痛痛好好、時痛時好，這 樣痛了好幾年，整年穿著棉毛長褲，連夏天也穿棉毛褲，不知什麼原因，也就好了。」
這一生伴隨星雲大師最久的病友是糖尿病。三十年前，他在檢查身體時驗出有糖尿病，但是 他並沒有吃藥，也沒有打針，只是飲食控制、作息正常、配合運動，三十年來竟與疾病和平相處，一直到一九九一年不慎跌斷腿骨，才在榮總蔡世澤醫師的建議下， 開始施打胰鳥素。大師引用蔡醫師的話說：「糖尿病患者，像極了走鋼索的人，步行在七十到到一百血糖值的鋼索上，一邊是致命的休克，一邊是逐步接近的病變， 在過程中，不容稍有閃失。想想看，我在鋼索上與『平衡』相伴，竟也走了三十年。」
