傳統叢林道場重視制度，不但個人有戒牒，僧團也有清規。
「清規」是指禪宗寺院組織章程及寺眾日常生活的規則，亦即禪宗叢林關於大眾行、立、坐、臥等威儀所訂定的僧制，為眾僧所必須遵守的儀規，類似現代的「共住規約」，是為僧眾日常修行的規範，以及僧團組織、行事的依循。因此，「清規」是健全僧團的圭臬。
中國禪宗自達摩東來後三百年中，禪僧多依住在律院或巖穴、樹下，並未營立禪剎，直到唐朝「馬祖創叢林，百丈立清規」，才開始營建禪剎，並參照大小乘經律，制定叢林規矩，撰清規二卷，廣為流行，世稱古規、古清規、百丈清規，這是禪宗清規的開始，此後，天下叢林皆依此而為寺院生活的儀則。
由於百丈禪師為禪宗叢林立下《百丈清規》，使得中國的僧團走向制度化、合理化的僧伽生活。例如明定四十八單職事，各司其職，使得寺務運作組織化、系統化；又訂定各種修持行儀、日用軌範等，使得僧眾具足威儀，心不放逸，身不踰矩。尤其設立住持一職，領眾薰修，綜理寺務，叢林規模於焉建立。
可惜《百丈清規》一書歷經時代更迭，今已散佚。現行通用的《敕修百丈清規》，是元代江西百丈山住持德輝奉敕重新編修，其中前四章規定有關祝聖、國忌、祈禱、佛誕節、涅槃節、達摩忌、百丈忌及各寺歷代諸祖忌等儀式，此皆律所未定，古規所缺者；五至九章，則為叢林的規章制度，包括住持日用、職事行事、兩序進退、大眾修持等。
《百丈清規》之後，我國陸續撰出的清規尚有：宋代宗賾作《禪苑清規》、瑞嚴無量宗壽禪師作《日用小清規》、婺州金華惟勉禪師作《叢林校定清規總要》、元代東林澤山弋咸禪師作《禪林備用清規》、中峰明本禪師作《幻住庵清規》、道齊作《禪苑清規總要》、繼洪作《村寺清規》、明代天界道盛禪師作《壽昌清規》、清道光源洪禪師著《百丈清規證義》等，近代則有《金山江天禪寺規約》、《高旻寺規約》、《佛光山禪堂規約》等。
除了上述所列各種清規，道融的《叢林盛事》、惠彬的《叢林公論》、慧洪的《林間錄》、淨善的《禪林寶訓》、無慍的《山庵雜錄》等，都是認識叢林行事、儀規的重要文獻。
此外，其他宗派也有仿傚清規而制定規制者，如律宗的省悟作《律苑事規》三卷，天台宗的自慶作《教苑清規》一卷等。是以清規雖為百丈禪師首創，旨在建立禪宗規範，卻為後世各宗各派所共遵。
叢林清規，禮法有度；叢林生活，祥和有序。叢林道場體現了中國儒家所嚮往的天下為公、人人崇樂好禮的理想藍圖，無怪乎時人每見僧團兩序行儀，無不慨歎「禮失求諸野」！遺憾的是，明代以後，教門的規制混亂，叢林的行法也隨之廢弛。
現代叢林清規的主要內容有：一、結夏與結冬；二、安單；三、大請職；四、貼單；五、打七；六、普請；七、歲計；八、肅眾；九、榜狀牌示；十、鐘鼓法器等。
「叢林之立，必有清規，所以警懈怠，防放逸也。」是以百丈禪師叢林要則二十條中說：「精進以持戒為第一。」清規一如戒律，戒律是佛陀為了規範僧倫，令正法久住而制定，所謂「戒住則僧住，僧住則法住」，六和僧團因為有佛制戒，始得和合共住，安心辦道；因為有古德制定清規，而能清淨無諍，弘法利生，為世人所尊。因此出家學道，宜遵佛制；能夠遵守清規，方能度生死流，續佛慧命。