佛教教人信，也教人疑，所謂「大疑大悟， 小疑小悟，不疑不悟」。所謂信者，是信言語文字能夠解釋明白的理；所謂疑者，是疑言語文字所不能表達的事。中國的禪宗就是教人提起一個疑情，死心參究，等 到功夫成熟，自然還你個消息。佛教所研究的範圍很廣，研究的野心很大。普通人以為科學家最善懷疑，最喜歡研究「為什麼」，其實也並不如此，科學家大多只問 「什麼」，而不大敢問「為什麼」的，最敢於問「為什麼」的恐怕只有佛教了。例如電學家只說明鐵的分子排列整齊就會發生磁力，但不再問為什麼發生磁力，為什 麼銅分子排列整齊不會發生磁力。又如大家知道水到了攝氏一百度會變成蒸汽，科學家只說明如此如此，但並沒有說明水為什麼必須吸收了潛熱才能變汽，也不再問 這潛熱為什麼會潛藏在蒸汽內。牛頓只發現了地心的吸引力，但至今沒有人說明地球為什麼有吸力。所以我們不要迷信科學，以為世界上所有的「為什麼」都被科學 家解答了，其實單就物質一方面講，尚有無窮數的為什麼始終沒人解答，而且始終還沒有人敢問一句「為什麼」。佛教徒確實是勇敢而聰明得多了，他好像獅子受了 獵人的一箭以後，他不看箭傷，偏要看這箭的來源。佛教處處在找個因，就是處處在問「為什麼」。人生宇宙的問題，並不是單從物質方面可以求到解答的，必須在 精神物質雙方面去研究的。所以佛教的研究精神實較科學為偉大。
（一）研究的方法
科學的研究方法，不外乎邏輯中的歸納和演 繹二法。歸納是從一一物的功用變化，求得其共同遵守的規律。演繹則是從某幾條已知的公理，或已經證實的規律，再推求未知的理論。科學家使用這兩種方法時， 態度是非常嚴謹的，但是有時歸納所得的結論，未必可靠。例如牛頓萬有引力的公式裏沒有把物體運動的速率加進去，又如物質不滅能量不滅兩定律的錯誤。但根據 演繹法而建立的各種算學則尚無此弊，因為他們所根據的基本理論，雖非如佛教中淨智現量所證，然亦並不違反世界現量，故在佛教徒的眼光看來，可認為是事實 的。
佛教中所用的研究方法，較諸科學更為嚴 謹。根據佛教的內明，所謂事物的真相，必須用遠離煩惱所知二障的淨智真現量，方能顯現。今為通俗計，不得不退一步而採用因明學之現量及比量，此種現量比量 實與科學家的理智相符，亦為人間所共同承認者。故因明學的三支式與邏輯的三段論法相同，惟次序恰恰相反。因明是先出「宗」，次出「因」，最後出「喻」；邏 輯則先立「大前提」，次立「小前提」，最後立「斷案」。斷案即因明的宗，小前提即因，大前提即喻。茲舉例表明如左：
A邏輯三段論法
（1）大前提 凡金屬物皆能傳電
（2）小前提 鋁為金屬物
（3）斷 案 故鋁能傳電
B因明學三支式
（1）宗 鋁能傳電
（2）因 因鋁是金屬物
（3）喻 現見所有金屬物皆能傳電。例如銅——同喻
現見不傳電者皆非金屬物。例如瓷——異喻
這兩種論法除大前提與喻稍有不同外，其餘 皆同。因明的喻支分同喻異喻，比大前提為周到，而且喻中避免「凡」字，特用「現見」兩字，亦較大前提為靈活而無過。喻支是很穩健的歸納法，大前提的「凡」 字則頗易流為武斷，蓋鋁之能否傳電，尚待推斷，何以在未斷定前，就說凡是金屬物皆能傳電，豈非冒險。故如對敵方辯論時，用邏輯的三段論法便不如因明的有力 而無過。於此可見佛教所用的研究方法的嚴密，較諸科學方法猶有過之。
（二）研究的工具
科學家對於研究時所用的工具極為注重，他 明知眼耳身三根（鼻舌兩種器官在科學研究中並不重要，各種香氣和味道是否也可用各種波動曲線來表示，現在尚未提及）對於光、聲、熱、硬度的分辨，不夠精 細，而且各人的辨別力不等，漫無標準，所以早就想出許多儀器，如測光計（照相用之感光表亦是一種）、波動儀、音叉、硬度計、寒暑表、熱量表等，假借各種物 體的感受力，作數量的表示，以避免主觀的錯誤。其他如測量天體，則有天文鏡，察看極微的生物，則有顯微鏡。又如電力電波和磁力線等，根本不是器官所能感覺 的，則有各種電表及磁場強度計。又有測量距離角度的經緯儀等測繪儀器，測量液體濃度的比重計，測量重量、厚度、長度、時間等都有極精密的儀器，種類名稱， 多至不可勝數。科學家利用這許多精確的儀器，得到很寶貴的各種單位的數量，由此用算學的演繹法，推求各單位數量間的關係，並據此繪成種種曲線圖表，以說明 各種物質的變化。那麼，這許多儀器該是百分之百的正確了。不，這些儀器都是有錯誤的。科學家明知其有錯誤，所以又想出糾正錯誤的方法。科學家用種種儀器去 彌補器官的缺陷，又用理智去糾正儀器的錯誤，但運用這理智的是誰？這個東西萬一有錯誤，又該怎樣去糾正它？科學家始終沒有懷疑到這一點，不肯也不敢再提出 這個問題，只得截去這一段疑問，讓哲學家去胡思亂想，讓宗教家去說神說鬼。
佛教卻能緊緊地抓住這個問題，認為這是一 切工具的主要工具，是一切儀器的標準儀器，是能照一切物象的明鏡，萬一這主要的工具失了效用，標準儀器失了正確性，明鏡上蒙了一層塵垢，則一切的一切都非 真相。佛教指示我們，所有眾生的心體都如明鏡，與佛無二，只因明鏡上都蒙了塵垢，失了照的功用，必須加以磨洗的功夫，才能恢復其朗瑩的本體。浩如煙海的三 藏十二部經，無非說明種種的塵垢有種種的磨洗方法，其目的無非要恢後明鏡朗照的功用，使對於宇宙人生的真理，能徹底的明瞭。可是，磨洗的功夫真不簡單，磨 洗也要用磨洗的工具，磨洗的方法。現在寺院裏所供的金身佛像、鐘鼓魚磐、香花幢幡，在一般人誤認為迷信的，那裏知道這就是磨洗的工具。在密宗寺院裏，佈置 得更是光怪陸離，使人感覺到神祕，其實佛教裏根本沒有神秘的東西，事事物物都有理智的根據，不過因為理論深奧，一般人不容易懂得罷了。再看到淨土宗的精勤 念佛，禪宗的坐香跑香，律宗的開堂傳戒，以及其餘教宗的看經作觀，無一不是磨洗的功夫。所以我在此懇切的勸請讀者，切莫對上項事物作迷信想、作輕蔑想、作 神秘想，要知佛門中一舉一動、一事一物，無不從大覺的淨智中流出，正所謂佛法如甘露水，滴滴皆甜，如摩尼珠，面面皆圓，讀者試嘗一滴，便知此語不虛。
（三）研究的對象
科學家所研究的對象，是物質的構造，物質 的運動變化，物與物的交變，及變化中所發生的各種數量的關係。以佛學中的名詞來講，就是僅僅研究到百法明門論所說的色法，和時、方、勢速、次第、等幾個不 相應行法，而並未研究到心王心所等心法。以色法與心法比較，色法遠較心法為呆滯；心法的生滅變化，靈活異常，不如色法之容易捉摸。但色法雖然簡單，科學家 研究時，仍不能作總合的或整個的研究。如有甲種現象的變動，受到一種以上的他種現象乙丙丁等的影響時，惟有將丙丁等現象停止動作，只剩乙種一個現象動作， 然後方能推知甲乙兩種現象變動的因果關係。例如電流的強弱，是受電壓和電阻二者的影響，要明瞭電流與電壓的關係，必須使電阻固定不變，或要明瞭電流與電阻 的關係，則必須使電壓穩定不變。所以科學家研究的對象，常常把繁複的事物，設法化為極單純的變化，決不能把整個變化一起研究的。
這樣把研究對象單純化的方法，佛教也是採 用的。佛教所研究的對象不僅是色法，而是色心混合之體，其變化之錯綜繁複，遠在色法之上，故研究時亦必須使此對象化為單純。現在佛教中最盛行的念佛法門， 即是使注意力集中在「南無阿彌陀佛」六個字上面，不使散亂。又如參禪之參究一句話頭，教人看「父母未生前本來面目」，及其他種種禪觀法門，亦無非是這個意 思，等到心的作用從單純而入正定，猶如風靜浪止，水面如鏡，再以此鏡照一切物象，自然得到真面目，與我們用紛亂心看到的完全不同。我們的紛亂心猶如起了風 浪的水面，光影雜亂，當然照不出事物的真相了。
上面所講的單純化的科學方法，在應用到無 情物上面，並無不當，但若應用於有情物上面，如研究生理或心理的種種反應，就感覺困難了。現在的解剖學雖然很發達，人體各部的機能都很明瞭，但這已經變為 死體的研究，而不是活體的研究。因為人體裏不單物質的因素非常複雜，而且還夾雜著無數的心的因素，在活的時候，研究的人無法使這許多因素停止，於是就不容 易考查某種單純的關係。若任令這許多因素存在，而欲考查一整個的活潑潑地心色混合的動態，那就使科學家束手了。對於這種問題，則惟有應用佛教所修的定慧纔 能夠解答。