大科分三：一、序分，二、正宗分，三、流通分。
甲初、序分分二
初、證信序 二、發起序
乙初、證信序
如是我聞：一時、佛、在王舍城，耆闍崛山中。與大比丘眾，千二百五十人俱。菩薩三萬二千，文殊師利法王子而為上首。
證信有六：
一、「如是」者，即指正宗所說之法。稱理云如，離非曰是。決定可信，故云如是。
二、「我聞」者，阿難親從佛聞，明非自說。諸法無我，無我則無聞；隨俗假名，故說為我。
三、「一時」者，始從眾集，終至畢席。一期之時，簡非餘時也。如來說經，時有無量，不可定指，故云一時。又，西土此方，年月日時，曆數不同，流布他方，人難曉故。又復諸經，或有一席未能終畢，至後結集，方綴成文，前後不一，難為標指。即如今經，闍王造逆，如來說經，阿難重述，豈是同時？故以一言，包羅斯盡。
四、「佛」者，說教之主，顯非餘人。即指開示淨土釋迦大師也。佛翻為覺；自覺異凡夫，覺他異二乘，覺滿異諸菩薩，故名大覺。
五、在王舍下，說經之處。（以上錄靈芝疏）
王舍城：梵云羅閱祇伽羅，在中印度摩伽陀國。頻婆娑羅王自上茅城之舊都，遷居於此。城周圍有五山圍繞。靈鷲即五山之一。天台疏解釋此山得名因緣有三：一約諸王治化釋，二約移居免火釋，三約畏罪得處釋。文繁不錄。詳於智度論卷三，及西域記九。
耆闍崛，此翻靈鷲，諸聖仙靈依之而住。又名鷲頭，峰形似鷲。或眾鷲所棲，因以為名。天台疏釋山名亦三：一約聖靈依住釋，二約山形似鷲釋，三約鷲鳥棲隱釋。
六、大比丘等，同聞之眾。有二：一、聲聞眾，二、菩薩眾。若論志願，則菩薩為先；今取威儀，故聲聞居首。（靈芝疏）
先說聲聞眾
與者，共也。梵語摩訶，此云大。大義有三：謂大、多、勝。天王大人所敬，故言大—德量大故。遍解內外經書，名曰多—識解多故。出九十五種上，號為勝—知見勝故。（天台疏一
比丘：因名比丘，有三義：乞士、怖魔、破惡也。果號阿羅漢，亦三義：應供、殺賊、無生也。梵語僧伽，此翻為眾。四人已上，和合無諍，羯磨說戒，能辦一切滅惡生善之事，故名為眾。（靈芝疏）
千二百五十人，即眷屬弟子。三迦葉共有弟子千人，目連、身子共二百五十。其先並是事火外道，久受勤苦，都無所證；一見如來，便登聖果。感佛恩深，故常隨侍。（靈芝疏） 同時一處曰俱。
次明菩薩眾
菩薩，具云菩提薩埵，此云覺有情，廣覺一切有情故。三萬二千，數也。（靈芝疏云：「三萬二千，總舉上首眷屬之眾。」）文殊師利，此云妙德，亦云妙首，又云妙吉祥。入法正位，名法王子。智德獨尊，故為上首。（直指疏）
智度論曰：「佛為法王，菩薩入法正位，乃至十地，故悉名法王子。」菩薩為育於法王佛陀之家者，皆法王子也。而經中多稱文殊為法王子，則以其在釋尊二脅士之上座，助佛教化之第一法子也。法華文句記：「經稱文殊為法王子，有二義：一、於王子中，德推文殊；二、諸經中，文殊為菩薩眾首。」眾首即上首也。上首者，一座大眾中之主位也。（箋註）
以上列大小聽眾以證信也。諸經通有，亦名通序。（直指疏）
大本小本彌陀經，列眾甚廣，今經最略。翻傳適時，各其志也。計應更列人天雜眾，下流通云：無量諸天龍夜叉等。即知序中亦略之耳。（靈芝疏）
乙二、發起序
初、正明囚父 二、明欲害母
諸經緣起，隨事不同。今經乃以殺逆為發起者，略有二意：一、欲彰此界眾生，極可厭惡，親生膝下，尚敢危害，況於餘人。意令末世欣樂淨土故。二、為表此方機緣，非遭極苦，不念脫離求往生故。故下韋提希云：「為我廣說無憂惱處，我當往生，不樂閻浮提濁惡世」等。（靈芝疏）
丙初、正明囚父分四
初、闍世太子幽禁父王 二、國太夫人密奉麩漿
三、王請戒法以濟心神 四、法食兼資日久不殞
丁初、闍世太子幽禁父王
爾時，王舍大城，有一太子，名阿闍世。隨順調達惡友之教，收執父王頻婆娑羅，幽閉置於七重室內。制諸群臣，一不得往。
爾時，顯佛正在王城說法，揀非遊化諸國時也。（直指疏）
阿闍世，此云未生怨。胎時已於父王起怨害故。或婆羅留支，此云折指。生時王令撲之不死，折一指故。（直指疏）
隨順者，信他之教，從他之意，名曰隨順。（箋註）
調達，具云提婆達多，此云天熱；生時，諸天心皆熱惱，知彼出世，必破三寶故。（亦名天授）是斛飯王子，佛之堂弟，阿難親兄。有三十相。出家誦六萬法聚，十二韋陀。因見如來王臣歸仰，利養充溢，心生嫉忌，即往白佛，求欲攝眾，為佛所訶，遂謀害佛。阿難不知，授與通法。入山修習，獲得五通。乃自思惟，誰作檀越，闍世太子有大王相，種種變現，惑令信受。語太子言：我作新佛，汝作新王，豈不快哉！於是，推石壓佛，密跡金剛以杵擬之，碎石迸來，傷佛足指，出佛身血。自號為佛，五法化人，三聞達等五百新學，受彼邪化，別眾乞食，別自布薩，即破法輪僧。蓮華色尼，路逢訶之，拳打眼出，即殺阿羅漢。犯三逆罪，生入地獄。闍王殺父、害母，共造五逆。此皆大權化事，或逆或順，無非益物，為絕後世起逆業故。經云：「示現有三毒，又現邪見相。我弟子如是，方便度眾生。」又涅槃云：提婆達不曾墮獄造逆等。實非聲聞緣覺境界，唯是諸佛之所知見是也。（靈芝疏）
忽掩王身曰收。既得不捨曰執。言父者，別顯親之極也。王者，彰其位也。頻婆者，彰其名也。言幽閉七重室內者，所為既重，事亦非輕，不可淺禁人間，全無守護。但以王之宮閤，理絕外人，唯有群臣，則久來承奉，若不嚴制，恐有情通。故使內外絕交，閉在七重之內也。（四帖疏）
頻婆娑羅，此云模實，亦名影堅。皆為形體充實，從身立名。亦有翻為顏貌端正。七重之室，不慮往來；復加制約，欲令餓死。（靈芝疏）
如此等事，皆是大士善權現化，行於非道，通達佛道。眾生根性不同，入道有異，一逆一順，弘道益物。示行無間，而無惱恚。闍王現逆，為息惡人令不起逆。（天台疏）
阿闍未生有怨，幽因也；隨順惡教，幽緣也；重室制往，幽法也；收執閉置，幽業也。經初以幽父為發起者，有二意：一者、頻娑昔於毗富羅山，遊行獵鹿，周遍無得，唯見一仙，生瞋惡心，怒其逐去，刺左右殺之。其仙臨終，誓言為子，還以心口而害於汝。若不報怨，不能禁人無辜加害故。楞嚴謂：怨害輪迴，食父母想，如土梟、破獍等類。正此義也。二者、子若不逆，必貪富貴，終不能令聞法得果，厭此娑婆苦故。（直指疏）
丁二、國太夫人密奉麩漿
國太夫人，名韋提希，恭敬大王；澡浴清淨，以酥蜜和麩，用塗其身；諸瓔珞中，盛蒲萄漿，密以上王。
韋提希，頻婆娑羅王之后，阿闍世之母也。（箋註）
韋提希，此翻思惟。先受此名，即為今日請觀之讖。浴身令淨，麩蜜塗身；瓔珞中空，可盛果漿。潛入深室，故云密也。（靈芝疏）
酥，音蘇。酪屬。以牛羊乳為之。麩，齒表切，音弨，上聲。糗也。以麥蒸磨成屑為麩。（箋註）
竊謂：情愛之深，莫過夫妻；王既被禁於七重室內，又復制諸群臣一不得往，夫人心中，甯不潸然？明知餓死，於心何忍？酥麩上王，是宜然事耳。（疏鈔演義）
丁三、王請戒法以濟心神分三
初、王請目連 二、目連應機 三、佛遣富樓那說法
戊初、王請目連
爾時大王食麩飲漿，求水漱口，漱口畢已，合掌恭敬，向耆闍崛山，遙禮世尊，而作是言：「大目犍連，是吾親友；願興慈悲，授我八戒！」
目犍連，此翻採菽氏。上古仙人，採菽豆而食，因以命族。是王門師，故稱親友。（靈芝疏）
言大目連是親友，有其二意：目連在俗，是王別親；既得出家，即是門師。往來宮閤，都無障礙。然在俗為親，出家名友，故名親友也。（四帖疏）
八戒，即八關齋戒。十善戒經：「八戒齋者，是過去現在諸佛如來為在家人制出家法。一者、不殺，二者、不盜，三者、不婬，四者、不妄語，五者、不飲酒，六者、不坐高廣大床，七者、不作倡伎樂，故往觀聽，不著香薰衣，八者、不過中食。」（箋註）
戊二、目連應機
時目犍連，如鷹隼飛，疾至王所；日日如是，授王八戒。
目連知已，應機往赴。如鷹隼飛，喻神足之疾。隼，音荀。字書云：鷙鳥，謂猛鳥也。八關齋戒，唯局一日一夜，故逐日別受。（靈芝疏）
鷹，鷙鳥也。隼，鳥名，鷹類中最小者。（箋註）
戊三、佛遣富樓那說法
世尊亦遣尊者富樓那，為王說法。
富樓那，此翻滿慈子，從父母得名。說法人中，最為第一。善能開誘，故特遣之。（靈芝疏）
丁四、法食兼資日久不殞
如是時間，經三七日。王食麩蜜，得聞法故，顏色和悅。
父王因食聞法，多日不死，此正明夫人多時奉食，以除飢渴；二聖又以戒法內資，善開王意。食能延命，戒法養神。失苦亡憂。致使顏容和悅也。（四帖疏）
丙二、明欲害母
初、逆子害母 二、慈母求救
丁初、逆子害母分三
初、正欲害母 二、因臣諫止 三、敕令幽閉
戊初、正欲害母
時阿闍世問守門者：「父王今者，猶存在耶？」
時守門人白言：「大王！國太夫人，身塗麩蜜，瓔珞盛漿，持用上王；沙門目連，及富樓那，從空而來，為王說法，不可禁制。」
時阿闍世聞此語已，怒其母曰：「我母是賊！與賊為伴。沙門惡人，幻惑咒術；令此惡王，多日不死！」即執利劍，欲害其母。
初、王問在否。時守下，以事實答。時阿下，王聞瞋怒。竊謂：一、世人經七日不死者，必有其故：或定水資神，或道力加被。王果死已，守門人必來報告。今經三七日，未見耗音，阿闍是以問言：猶存在耶？「猶」字「耶」字，是疑問關捩。二、守門者以事實答言不可禁制有二：一、夫人是主人，何敢禁制。二、二聖從空而至，何可制止。有此二意，所以云不可也。三、阿闍本願，只須父王不在，即可南面稱孤；今聞猶在，甯得不怒？怒於中，出於口，頓忘懷耽之德，乃罵之曰：「我母是賊！」賊，害也，謂害我不得頓稱孤願。彼沙門，亦賊也，日日來宮，為母作朋，故曰：「與賊為伴」。明知沙門本非惡人，我欲父死，彼以咒術令其不死，為我作障，故言惡人。明知咒力功巨，言幻惑者，亦罵詞耳。以興怒難遏，所以執劍害母也。疏釋妨云：「應殺守門人，而欲害母者：守門有詞，王先有敕，制諸群臣，不言婦女。沙門從空飛入，非我能禁。王雖貪國殺父，猶不違法。」（演義）
戊二、因臣諫止
時有一臣，名曰月光，聰明多智；及與耆婆，為王作禮，白言：「大王！臣聞毗陀論經說：劫初已來，有諸惡王，貪國位故，殺害其父一萬八千。未曾聞有無道害母。王今為此殺逆之事，汙剎利種，臣不忍聞。是旃陀羅。我等不宜復住於此！」時二大臣說此語竟，以手按劍，卻行而退。
月光，華言。耆婆，梵語，此翻固活。生時，一手持藥囊，一手把鍼筒。昔誓為醫，治疾存活。從德立號。菴羅女之子。二皆多智，顯是賢臣。 毗陀經，即俗典。或作韋陀，梵言小異。如此間史書，紀其國事。 貪位殺父，已為大惡；無道害母，亙古未聞。 西竺四姓，攝一切姓。剎帝利、婆羅門，二為尊貴；毗舍、首陀，二為下賤。剎利，即王者姓。旃陀羅，此云殺者，即此間魁劊之類。君既無道，賢臣不輔，故不宜住。按劍卻行，示威令懼。（靈芝疏）
時阿闍世驚怖惶懼，告耆婆言：「汝不為我耶？」耆婆白言：「大王！慎莫害母！」王聞此語，懺悔求救。即便捨劍，止不害母。
闍王驚懼，賢臣去國，社稷必危。不為我者，求救之詞。為，猶佐也。（靈芝疏）
戊三、敕令幽閉
敕語內官，閉置深宮，不令復出。
耆婆重諫，王悔乃從。敕閉深宮，發起之本。（靈芝疏）
王意：母不禁閉，父終不得身亡；若要父亡，須禁閉母。於是敕內官，閉置深宮也。（演義）
丁二、慈母求救分三
初、因禁請佛 二、佛知往赴 三、傷嘆請法
戊初、因禁請佛
時韋提希被幽閉已，愁憂憔悴；遙向耆闍崛山，為佛作禮，而作是言：「如來世尊在昔之時，恆遣阿難來慰問我；我今愁憂，世尊威重，無由得見。願遣目連、尊者阿難，與我相見。」作是語已，悲泣雨淚，遙向佛禮。
疏云：韋提何故請見目連及以阿難？目連是門師，阿難佛侍者。先恆教我，故偏求見。居在深宮，不敢偏求；內厭惡界，願生淨土。欲令二人傳意請佛。竊謂：夫人被禁，一弗克救王不死，二莫由面見金顏，無堪設想。只好遙禮祈求，故云：「而作是言」。向來王宮有事，佛常遣侍者慰問，我今困苦愁憂，佛必他心洞察；不敢求佛親臨，故願二人相見。目連言門師者，是頻婆師也。前云：「大目犍連是我親友，願興慈悲授我八戒。」即八戒師也。所以並請阿難者，欲其傳達請情，求佛親施法澤也。作是下三句請法。疏云：悲泣雨淚，望佛哀憐。遙向佛禮，前已禮竟，今復重禮，表己慇懃。（演義）
戊二、佛知往赴
未舉頭頃，爾時世尊在耆闍崛山，知韋提希心之所念，即敕大目犍連，及以阿難，從空而來；佛從耆闍崛山沒，於王宮出。
知其心念，即他心智。乘空出沒，即如意通。（靈芝疏）
時韋提希禮已，舉頭，見世尊釋迦牟尼佛，身紫金色，坐百寶蓮華，目連侍左，阿難侍右；釋梵護世諸天，在虛空中，普雨天華，持用供養。
見佛有四殊勝：一、身色，二、蓮座，三、左右侍從，四、諸天供養。釋，即帝釋。具云釋提桓因，此翻能天主，即三十三天主也。梵，即大梵天王，色界天主。護世，即四天王等。古疏問曰：頻婆、韋提，俱請弟子，何故前遣弟子，後乃自往，其意何耶？解有二義：一、闍王殺父，佛若親往，則起怨嫌。護彼心故。二、欲行佛法，須委國王；頻婆定死，闍王登位，佛若自往，則障礙不行。為護法故。韋提無此，自往無妨。（靈芝疏）
直指疏云：「問：王與夫人，皆請弟子；何故王則遣徒，夫人自去耶？答：有三意：一、頻娑願受戒聞法，可遣人傳授；韋提願求生淨土，非佛難開示。二、於王若自往者，阿闍謂朋父謀政，怨嫌必重，致滅法僧，罪不可解；於夫人自往者，阿闍謂母無謀理，嫌恨尚輕；縱幽二親，罪猶可懺。三、王乃丈夫，可遣弟子教誡，則無餘嫌憎；夫人是女，必須師弟同來，自度諸疑謗。」
戊三、傷嘆請法分二
初、問宿生因 二、問往生處
己初、問宿生因
時韋提希見佛世尊，自絕瓔珞，舉身投地，號泣向佛。白言：「世尊！我宿何罪，生此惡子？世尊復有何等因緣，與提婆達多共為眷屬？
宿生之因，具有二意：一、謂我宿何罪之因，生此惡逆之子；二、世尊宿有何緣，與提婆為眷屬？（演義）
文有二段：初、作禮申敬。被囚日久，不期遇佛，悲喜盈懷，無暇容緩，挽斷項瓔，持用獻佛。投身於地，以竭其誠。（靈芝疏）
次、正問宿因。我之母子，愛出天性；佛之兄弟，情同天倫。反生逆害，必有往因。本唯自責，兼問如來。但是傷嘆往業，以為陳請之由。經律多說，佛與提婆，從因至果，常相惱害。蓋是大權影響，而非實事。即法華云：「由提婆達多善知識故，令我具足六波羅蜜」，乃至「卻後過無量劫，當得成佛，號曰天王如來」等。（靈芝疏）
白下，求示二因。何罪，過去因。惡子，現在果。問自身眷屬因也。緣如前釋。世下，問如來眷屬因緣者：昔於定光佛時，耶若達欲嫁女，有年老梵志須摩提，求為女婿，聰明而貌配；時釋迦為摩納童子，顏貌姝好，就珍寶仙人學習既成，從遠方來，遇見摩提論議，摩提言屈，耶若歡喜，以女妻之，摩提忿極，誓願當來生生惱害。摩提，調達是。女者，瞿夷是。如「生經」。.........應知闍王、達多，皆是逆行。一令惡人不起逆罪，二現逆行為攝惡類。故大雲稱不思議，法華與天王記。若果實造，輪轉惡道不休，豈得世世同佛為伴哉。（直指疏）
己二、問往生處
唯願世尊，為我廣說無憂惱處，我當往生，不樂閻浮提濁惡世也！
文有四節：初、標欣厭，二、敘可厭，三、立誓遠離，靈芝云：此之三節，即示末世修行要術。若不爾者，則徒修淨業，定不往生。四、正請往生因。
此初、標欣厭也。無憂惱處者：韋提所問，言相通含，據下佛答，即指淨土。娑婆五濁，人間天上，皆有憂惱。唯佛淨土，依正俱勝，但受諸樂，寧有憂乎？閻浮提，此翻勝金，即別指南洲也。據今通指娑婆大千，且從近論，令易解耳。或可閻浮於四洲中，濁惡最甚，故特標之。（靈芝疏）
無憂惱處，即請說淨土法也。唯淨土上善聚會，可謂無憂無惱。我當往生，欣淨願也。不樂閻浮，厭離心也。欣厭二字，修淨業人，不可暫離，不可不知。（演義）
此濁惡處，地獄餓鬼畜生盈滿，多不善聚；
二、敘可厭。濁，謂五濁，即見、煩惱等。五皆不淨，故總名濁。惡，即十惡，即殺盜等。五濁則具該依正，十惡則別指行業。若據濁惡，實該六道；特舉三塗苦果，以彰可厭。遍於大千，故云盈滿。多不善聚者，即上惡趣共聚此處。或可別指人中少有良善，如下所願不見惡人。怨親逆順，無非不善。闍王、調達，豈善聚乎？上隨文解。次約義論：此濁惡處，即指世間郡邑民居，親族會處。其間心行萬差，三惡盈滿，皆不善聚。又濁惡處，即指我等眾生現前識心；無始至今，三業所造無邊業種，日用所起三惡道行，不可窮數，故云盈滿多不善也。（靈芝疏）
願我未來，不聞惡聲，不見惡人。
三、立誓遠離。五濁三界，五逆十惡，皆是惡聲。其中眾生，造如是業，盡號惡人。極樂世界，尚無惡道之名，即無惡聲也。諸上善人俱會一處，即無惡人也。（靈芝疏）
今向世尊五體投地，求哀懺悔！唯願佛日，教我觀於清淨業處！」
四、正請往生因。頭及四肢為五體。五處皆圓，亦名五輪。著地，禮之重也。由有宿罪，故受此苦。今欲厭離，故須求悔。梵云懺摩，此翻悔過。今言懺悔，華梵並舉。有云：懺即斷後，悔是恥前。如來說法，破障除疑，如日照世，故云佛日。極樂依正，莫非主伴淨業共成，故名清淨業處。據此，韋提正求觀法，故云教我觀也。（靈芝疏）
夫淨土法門，曰觀想，曰觀像，曰持名，曰實相。今夫人請教我觀於清淨業處，故世尊為說十六妙觀。如上四種，無一不含攝其間。前十二觀，即觀想也；第十三觀，即觀像也；後三觀，即持名也。若知能觀所觀，俱不思議，即實相也。（演義） 釋序分竟