『大日經』住心品中，金剛手菩薩於讚嘆如來一切智智之後，即發問曰：「世尊，如是智慧，以何為因？云何為根？云何究竟？」教主法身大日如來答曰：「菩提心為因，大悲為根本，方便為究竟。」試以譬喻釋之：譬如大地上播殖植物種子，由外界之種種助緣，遂生芽於根下，更而枝葉繁茂，開花燦爛，更而果實成熟。故此菩提心之種子者，乃成佛之根本原因。大悲者，譬如根、芽、莖、枝、葉、幹，皆是到達成佛目的修行經過途程。方便者，譬如果實成熟、可供給眾生營養，此乃成佛上化他行之表示。如此通例一節。稱為因、根、究竟三句，以表示一切智智之始、中、終也。
橫統一切佛教
『大日經疏』第一云：「以此三句義中，悉攝一切佛法，秘密神力，甚深之事故」。此乃釋明三句之重要也。弘法大師『吽字義』云：『大日經』及『金剛頂經』所明，皆不過此菩提心為因，大悲為根本，方便為究竟」之三句。若攝廣就略，攝末歸本，則一切教義，不過此三句。弘法大師如是嘆賞，可知此三句乃橫一切佛教統一之重要法門，十方三世一切諸佛之種種說法，無不統攝淨盡。三句之要旨收之於菩提心，而菩提心則歸之於「如實知自心」一句。即是：體認自心之實相，即得究竟成佛也。
因
先：「因」之一句。得佛果之成大自覺者，第一不能不有發心，求菩提之意念。真言行者，要深信凡聖不二之理，期求無上正覺，如此發菩提心，乃為第一要件。
根
次：「根」之一句。不特發菩提心，還須努力以求實現。所以由菩提心之因，而生大悲之根。譬如草木之根，在地中廣深擴大，然後樹幹方不動搖。故欲使菩提心活潑潑地增廣成長，而又堅固不動，則非以大悲心扶植之不為功。住於大慈大悲心中，廣行佛事，以回向一切人類拔苦與樂，力行化他之行。凡有經疏，皆說明大悲二字，乃三密妙行，統攝眾德。大乘佛教之菩提薩埵，（覺有情）略稱菩薩。其理想乃以確固不拔之精神，志求一切智智（上求菩提），但必當誓願，實行救濟利益法界一切眾生（下化眾生）。此二個目標，皆以大悲為中心。不求個人的成佛，而求一切人類共同覺悟之世界進步發達。（眾生成就）在現實之人間社會內，建設佛之理想世界（國土成就）。如此，方是成菩薩道之眼目。須知自利利他行之澈底，便是覺行圓滿。本宗修行三密秘觀，悲智具足，乃證得無上佛果之根本條件。
究竟
末：「究竟」之一句。至極攝取眾生之善巧方便，說明佛之世界實德。以三句配合：則菩提心為因，大悲萬行為緣。而成就世界大自覺之佛位，則今「究竟」之一句是也。所謂「方便」者，濟度眾生，利益眾生，其究極之理想，乃放棄自利自樂，修行三密加持，而得理智二德之後，引導一切眾生，入覺悟之境地。此乃已成之如來，施行種種方便，以向救濟人類，教化人類之工作，積極活動之表示也。真言行之菩薩，一如『理趣經』中所云：「菩薩勝慧者，乃至盡生死，恆作眾生利，而不趣涅槃」。應知：人類社會之存續，無限無盡，故利他方便之行，亦永遠無盡。決不取涅槃安樂獨善之境，究竟方便化益眾生，乃佛果之極致。而真言行者終極之目的，亦澈底覺悟到利他之善行，實不外眾生本具淨菩提心自體之顯現。真言宗修行之始末，一貫以菩提心為主。真言密教，提倡此三句，實足顯示大乘佛教之真髓，及闡明佛教各宗之根本立場也。