本論的段落極分明。依大段的義理次第，可大分為三：論前的三頌，是歸敬述意；論後的一頌，是結說回向；中間的長行，是本論。這與一般經典的序分、正宗分、流通分一樣。本論初，有總標；次有五分的別別解說。今綜合而類分作六章來說。
第一章 歸敬與造論之意趣
第一節 歸敬三寶
第一項 歸敬
歸命盡十方：最勝業遍知，色無礙自在，救世大悲者；及彼身體相，法性真如海，無量功德藏；如實修行等。
一切論典的前面，大都先歸敬三寶。論師們依自己修學佛法所理解的，或所證見的見地而造論，首先歸敬三寶，這是說明自己所論說的，是有所承受的，是由於三寶的恩德而得來的。所以論前的禮敬三寶，表示所說的是佛法；也含有祈請三寶加被與證明的意思。
歸命盡十方一句，是總說歸敬。最勝業遍知等三句，歸敬佛寶；及彼身體相下三句，歸敬法寶；如實修行等一句，歸敬僧寶。「歸敬」，和歸依的意思一樣。自歸依佛、法、僧，即是將自己的身心（命），歸向於三寶，以三寶為自己的歸宿處。身心融合於三寶中，依著三寶的啟導去修行前進。歸依三寶，不但是歸依釋迦牟尼佛，釋迦佛所說的法，在釋迦佛法中修行的僧伽，是歸敬橫遍十方、豎窮三際的三寶；一切三寶，都是我們所歸敬的對象。這不僅大乘是這樣，聲聞乘所歸敬的三寶也如此。歸敬釋迦佛，不過以釋迦佛為現前的歸敬對象而已。實則所歸敬的，是歸敬佛之所以為佛的，無漏的有為無為功德。歸依法與歸依僧，也是這樣。所以切實的說，佛弟子所歸敬的，不但是形象的，而是佛法僧的真實功德。歸依的對象，應該是十方三世一切佛、一切法、一切僧。本論說歸命「盡十方」，即是歸命於盡十方三世的三寶。三世的三寶，為大小乘所共信，所以略而不說。一分小乘學派，不許有十方佛，所以特為點明。
先說歸命盡十方的佛寶：歸敬佛，首要在讚說佛寶的功德。一般常用三種或二種功德來稱讚。以二種功德讚佛的，即明佛陀自利與利他的功德，都是圓滿的。以三種功德讚佛的，即讚佛的智德、滅除煩惱的斷德，和利濟眾生的恩德，一切圓滿。本論約二利功德來說。先讚自利德圓滿：「最勝」，明佛的智慧、功德都是最殊勝、最圓滿的。本論因緣分說：『如來在世，色心業勝』；今依此解說。「業」，是動作、作用。佛心的動作，與色相的動作，都是極殊勝究竟的，所以名最勝業。最勝業中，「遍知」，讚佛的心業圓滿。佛名一切智、一切種智，舉凡世出世間的一切法，性相因果，無不徹了。佛心所有的智慧大用，究竟圓滿，於一切法、一切眾生心性，無所不知，無所不見；所以稱佛為遍知。「色無礙自在」，讚佛的色業殊勝。無礙，是無有障礙。自在，即平常所說的自由。眾生的色業，是有礙而不自在的。常人的眼只能見色，耳只能聞聲；佛卻能六根互用，無所不可，即是無礙相。又常人的身量長短、形貌好醜，有一定限制；佛的身量、色相，隨眾生所應見的而隨類顯現，這也是無礙。無礙，所以能隨心自在。這裡所說的色，不單指顯色、形色；聲、香、味、觸等，也統名為色；與物質的意義相等。在真常不空的大乘經裡，有一極重要的語句，即『佛解脫有色』。一分學者，以為佛證得涅槃，灰身泯智；一分學者，以為有心，但沒有物質現象。真常系的經典，如大般涅槃經、央崛魔羅經等，都鄭重的宣說：佛解脫有色。有色相，即有色的業用；不能說佛是超脫物質的、遊離的精神作用。本論的讚說佛陀心色業勝，即顯示了真常大乘的特質。這二句，是讚佛的自利德。「救世大悲者」，次讚佛的利他德圓滿。或約身、口、意三業，解說這歸敬佛寶頌，以這一句為口業。其實，化度眾生，那裡只能口說了事？佛是以慈悲心而救度世間的。悲是拔苦的意思；二乘也有悲心，但大悲唯佛才有。因唯有佛的智能，才能徹底而有效的拔除眾生苦痛。大悲，不但是內心的憐憫，要有利世救人的真實事業。凡是佛，都有這自利利他的功德；所以應歸敬佛，應歸敬十方三世的一切佛。
次說歸敬盡十方的法寶：真常大乘的特色，每從佛的立場（如來為本的）出發。本論所歸敬的法寶，就是這樣的。「彼」，指佛寶說。彼「身體相」，指佛身說。佛的真身，稱為法身，即依法所成身。約依法成身的法說，即法寶；約法成身的實現說，即自利利他功德都圓滿了的佛寶。佛身的體、相是什麼？「法性真如海」，是佛身的自體；「無量功德藏」，是佛身的德相。法性，是一切法的本性、實性，約一切法──眾生心的平等性說。真是不虛假的；如是無差別的，就是俗語說的一模一樣。一切法的真性，是沒有差別的，一法如是，法法如是的；所以法性又稱為真如。海是譬喻：大海的水，其廣無邊，其深難測。而法性真如，也是無法不遍的，其廣無邊；不是眾生所能徹了的，其深難測。所以法性真如，比如大海的深廣。又，海裡出產種種珍寶，無所不容。現在，聲聞法、菩薩法、如來不共法、一切無漏功德寶藏，都依法性真如而有。法性真如海中，含攝無量功德，故又說無量功德藏；藏即聚集義、依止義。敬讚法寶，從佛的體相說，因為佛才能顯示最究竟最深廣的法性與德相。依此法體、德相，而顯現為最勝的三業大用，自利利他，即是佛寶；從起勝用的佛，而論到體、相，即是法寶。從佛本而說明法，為真常大乘的特色。
再說歸敬盡十方的僧寶：大乘僧寶，通於在家的與出家的。一切修行大乘法的，可分為二類：一、勝解行的菩薩，這是未證悟法性真如的。二、如實行的菩薩，這是已經證悟法性真如的，即地上菩薩。真實的僧寶，是實證法性，已得無漏功德的聖者。但勝解行地的菩薩，約世俗的假名說，也相從而稱為僧寶。所以本論總說「如實修行等」。
第二項 歸敬之意趣
為欲令眾生，除疑捨邪執，起大乘正信，佛種不斷故。
論主為什麼首先歸敬三寶，為什麼要造論？是「為」了「欲令眾生除」去「疑」惑，「捨」掉「邪執」。疑是猶豫，即心無定見，不能於佛法起決定心。邪執，約外道異論，及佛法中不合正理的偏見說。如有了邪執，對於正確的佛法，就不容易信受；信受了也會誤解。這兩種，一是見，一是疑，都是進入佛法的大障礙。如中論說：『聞畢竟空，即生見疑』。論主為了使有疑、有邪執的人，除疑捨邪執，所以歸敬三寶而從事造論。進一步說：使眾生除去對於佛法的見疑，是為了生「起大乘」佛法的「正信」。想起大乘的正信，若不除捨自心的見疑，是無法成就的。除邪執才能信得正，捨疑惑才能信得真。能起大乘的正信心，就是真正發了菩提心。能發菩提心，將來就可以成佛。所以，正信成就，發菩提心，就有了成佛的種子，也是成了佛的種姓。種子，是會生芽開花結果的；有大乘法種──菩提心，是會起菩薩行，經久劫修行而成佛的。所以，有起大乘正信──發菩提心的眾生，就是「佛種不斷」。歸敬造論的究極目的，為了這佛種的不斷，自利利他的大乘功德，能常常的住持世間，利益於世間。這三句，次第相關。約初步的目的說，為了除疑捨邪執；約究極的目的說，為了佛種不斷。然為此二事樞紐的，有了即疑執除，即佛種不斷的，實在乎大乘正信的生起。這是歸敬造論的主意所在，所以本論即以大乘起信為名。
第二節 標舉五分
論曰：有法能起摩訶衍信根，是故應說，說有五分：云何為五？一者因緣分，二者立義分，三者解釋分，四者修行信心分，五者勸修利益分。
「論曰」，為本論長行的開端語。述意中說，為使眾生起大乘正信；那麼，「有法能起摩訶衍信根」，「故應」該宣「說」。這是總標本論的宗要。摩訶衍，梵語，譯義為大乘。信，通大小乘；於大乘法生起的信心，名大乘信。根，約梵語，可為二義：一、有力有能，二、為因為種。凡此法有特殊勝能的，能為彼法生起的因，即名為根。如經說：『信為道源功德母，長養一切諸善根』，所以名信根。學大乘法，先要生起信心；而今有一法門，確能生起大乘信心，所以應當分別解說。一切善法中，能引導出世的有力因，阿含經說有五根，即信根、進根、念根、定根、慧根。這信等五法，是一切無漏善法依以生起的根本。在論到聖者證無漏功德時，必定說到這五根。有了這信等五根，才能成為聖者，成為佛法以內的人；否則，即不屬於佛法的。龍樹大智度論，於論初說：『佛法大海，信為能入，智為能度』。有信、智二法，才可以進入佛法。本論特重在信，有信心，就可以引生大乘功德。如從修學佛法的圓備主因說，那就應該說五根。龍樹釋般若經，因般若經特重於空性體悟，所以但說信與智。真常唯心系的本論，以如來為本的，著重於如來果德，所以特重信心。
能起摩訶衍信根的法門，到底應當怎樣說？「說有五分」。分，是部分義，品類義。本論是從五分即五大章段來說明的。那五分是：「一者因緣分」，說明所以造此論的因緣。「二者立義分」，此分標立本論所要說的根本義。這需要加以詳細的解釋，所以有「三者解釋分」。法門的詳細解釋，目的在令人生起大乘信根。但信心，不但是依他作解的仰信，是要經過如法的修習，才能生起成就的，所以接著說「四者修行信心分」。這一起大乘正信的法門，希望人來發心修習，所以又說「五者勸修利益分」。本論雖有五分，而主要的是中間的三分。這幾句，標出了本論的宗要，及本論的組織。以下，即照著五分的次第，分別敘說。