本性光明名「覺」，無明蓋住名「迷」。無明愈蓋愈厚，本性愈迷愈深，這樣就失了自在，稱作「煩惱」。其實無明與煩惱不是二事，無明是說因，煩惱是說果。
煩惱有「根本」與「隨起」的分別。若按《百法明門論》來說，根本煩惱，共有六種，這是應該先知道的。一名「貪」，就是貪愛五欲六塵，不肯暫捨。二名「瞋」，就是有不如意的事，便發怒氣，或是憎惡。三名「痴」，就是昏昏迷迷，不明事理。四名「慢」，就是自高自大，輕慢他人。五名「疑」，就是對於實事實理，猶豫不定，似信非信。六名「邪見」，就是顛倒邪正，謗無因果。
因為這些煩惱，迷住本性，以後起心動念，皆是煩惱來用事，自然多造作惡業，長受苦的果報。