如上所敘述的依報正報二種境界，乃至應當精進一心而修行，雖然皆是圓滿微妙，悉是求生淨土之方法，但是尚未是修行的正行。此下所要陳述的，乃是正行之意旨。何謂正行？修行者既然發下此志願，必定要使身心清淨，然後入於道場之中。首先應當觀察我自身，以及盡虛空界、微塵剎海的一切眾生，常常在生死大海之中，經歷無量劫而不休息，孤獨飄零沈淪沒溺於六道生死之中，無有歸依無人救脫。若是不能普遍令其得到解脫，何以名之為正行。於是平等觀察於怨仇與親愛之境界，即此種種的境界之上，起於大慈悲心，如同虛空之量，廣大而普遍蓋覆一切。
又應當作如是之念，我如今此色身，如彼惡瘡病疣，有種種怨家仇業痛苦聚集。若不以此修行功德回向而布施於一切眾生，令其平等修行一切三昧，令彼等皆得解脫，則是違背了佛陀的教化，也違背了我的本願。眾生所受的種種痛苦，甚可悲愍。我如今之發心，如同獅子出於洞窟，不追求其他的伴侶，不求他人的護持幫助。如獅子般廣大的嚬呻哮吼，摧伏一切的群獸，必定可以不被彼弊惡的外道等惡黨之所退轉。
如是的大菩提心既然已經建立，然後審察彼古代賢者的念佛正行。應當選擇自然而寂靜的方所，以及過去不曾污穢染垢之地，其所花費的應當先盡我自己所有的錢財，然後才可以向人請求化緣。應當如法建立道場，在其地下舖以香淨之土泥，上方懸掛莊嚴的寶蓋，中間供奉西方三聖以及九品往生之像，令其極為莊嚴清淨。然後排列諸般的幢幡妙華，供養之物完整具備，皆令其明瑩清淨殊勝微妙。
其次則穿著新的清淨衣服，燒香燃燈，並且安設靜坐之坐具。將我們無始以來所有的一切善根，普為一切的眾生迴向往生於極樂淨土，以莊嚴我們廣大的行願。若不能如是地發心迴向，往生之正因如何可得。於是便以至誠心、深心、迴向發願心三心圓滿發起，五體投地而虔誠恭敬，觀想阿彌陀佛的相好身相，胡跪合掌。乃至運想心念普遍緣想於無量無邊世界海的一切眾生，以及我自己之身，自從昔日以至如今，流浪生死不知迴返，深深可為令人痛惜。於是涕淚悲泣，祈求阿彌陀佛垂愍慈悲。不知不覺此身就如同大山崩倒於佛前，至心歸命三寶。手中擎持著香華，觀想其遍滿於法界，恭請諸佛歎其功德，恭敬禮拜表示虔誠。剖開心腹、洗滌肝腸，發露過去的種種罪業，修行五悔法門，旋遶於佛而歸依之。
然後正身端坐面向於西方，觀想阿彌陀佛的相好光明，持誦經典稱念佛名，並且出入經行。如是晝夜六時，剋定日期精進修行。如果業障深重未能感應，應當以至死為期。於其當中不得有一剎那之念頭貪戀於世俗的五欲，如是一心虔誠專修，若是不能夠往生極樂，則我釋迦牟尼佛便是大妄語。是故念佛三昧，其神妙不可思議是如此。此念佛三昧者，乃是十方諸佛所讚歎，諸多聖人所共同遵行的。最初開始倡導於廬山慧遠大師，最後終於流遍於天下，歷代以來的傳承弘揚，皆是以此為歸趣。
但是念佛三昧的修行儀軌雖然有很多，惟有慈雲大師所撰寫的，其詳細和精略得當適中，應當要熟悉而玩味之。此乃是第一殊勝最上之行，其境界甚深，學佛之人於其中間，應當竭盡其心力。千萬不可以捨此淨土法門，而趨於彼其他的修行。若是自己的根機與彼法門不能平等相稱，那麼殊勝的修行便難以完全成就。
同時也要居處於清淨的屋室，使其內外整齊而清淨。接著隨著自己的心意立下修行的方式，禮佛和懺悔，每日訂定幾次固定之數。然後精進一心努力修行，誓不中途悔改。或者專門持誦經典，或是專門持咒，或者但是執持名號，直求往生西方淨土。或者能夠深深通達佛法的奧義，觀想極樂世界阿彌陀佛的依報正報，若是能夠見到種種的瑞相，即可了知自己罪業已經消滅，淨土之緣已深，必定可以往生彼國。
如《阿彌陀經》當中有云：「不可以少善根福德因緣，得生彼國。若有聞說阿彌陀佛，持名號，若一日二日，乃至七日，一心不亂，其人臨命終時，阿彌陀佛與諸聖眾現在其前，慈悲接引，即得往生彼國極樂世界。」是故可知執持名號，即是多善根多福德因緣也。如果有人尚未能夠完全斷盡世間之雜緣，也還修一些世間的善法。而於極樂國土，能夠深信而不懷疑，念念之間能夠依戀仰慕而不忘失，於前面所說的修行方法，可以隨其心意而修習。在行住坐臥四威儀之內，念念以此西方淨土為歸依，觸遇境界則能通達彼生滅之淵源，臨於事務時則努力於修行之方便，其人臨命終時，必定可以往生彼國。
然而此諸修行的方式，其詳細與簡略雖然有些不同，而其功德法力卻本來平等，只是個人的存心願力，或有遲緩與快速之差別而已。是故阿彌陀佛的感應也有遲緩與迅速之不同，學佛之人不可不知。此外慈雲大師的十念法門，是於每日的清晨盥洗漱口完畢之後，安靜自處面向西方，然後以十念法如法修行。此實在是往生極樂世界之初因，其願力必定不可失去也。如上的修行事相，其事義已經全部說明，可以說是內涵全部彰明而無剩餘隱藏了。
有人問曰：我等於念佛之際，雖然運用身口之行，而內在的心念卻紛飛不停，不能自我制止，且要如何地用心，才能夠不散亂呢？
答曰：能夠運用身口之念頭，不必談論其散亂與否。只要能夠不間雜不中斷，自然能夠一心，也可以說其即是一心。只要以其修行不休止為限度，不必憂慮其散亂也。譬如世間人喪失了愛子，龍王失去了性命之珠，不必期待其一心而自然便能一心了，豈是因為制止妄念而令其一心也，此妄心本來就不可制止，其實根本就在於修行人的精勤與懈怠之差別啊！