佛陀所說的教法，約而言之，則有顯密及大小乘之分。
就顯教言：佛有法、報、化三身。顯教則為化身佛所說;密教則為大日如來所說，是法身佛，亦即是釋迦牟尼佛。因諸佛法身是相同的，釋迦佛化身，同是六大平等普徧，所以法身佛，也就是釋迦佛。大日如來所說大日經及金剛頂經，由上首金剛手菩薩結集，納之於南天鐵塔中，至釋迦牟尼佛滅度七百年間，龍猛菩薩開鐵塔，親禮金剛手菩薩，承受大法。龍猛又傳其弟子龍智，龍智化行南天竺及獅子等國，壽七百歲，並傳兩部大法於善無畏及金剛智二人。
自此密教分成兩派：一派由蓮花生傳至西藏。一派由善無畏、金剛智及不空三藏，傳來我國。善無畏傳與一行大師，因一行大師專攻著述，盡得善無畏真傳，筆受大日經，記其祕義為大日經義疏二十卷，又作義釋十四卷。為密教主要的寳典，是為我國密教傳來之開端。
金剛智三藏於開元八年，率其弟子不空三藏，同來長安。奉勅建曼荼羅，開始灌頂傳法，其弟子不空得法後，復從善無畏受胎藏法。金剛智入滅後，不空三藏又回印度，在南天竺遇龍智阿闍黎，更得金剛瑜伽十八會等經法，及其他儀軌等五百餘部，並周遊五天竺，廣求經法。天寳五年再來我國，
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大弘密法，遂與善無畏、金剛智二師，並稱為開元三大士。
不空三藏門下，得法的上足，則有含光、惠朗、曇貞、覺超、惠果五人。就中以惠果大師，博學深慧，盡其祕藏。當時日本空海(弘法)大師來唐求學，惠果阿闍黎說他為三地菩薩，於是將全部大法傳給他。弘法回日後，依十住心判教，在日本高野山建立密宗道場，大弘密教，至今不絕，稱為東密。
與空海同來我國求學之最澄(傳教)大師，除在天台山國清寺師事道邃，習天台宗之心要，復從越州龍興寺泰岳靈巖寺沙門順曉習密教，受灌頂法，並書得經疏百二部壹百十五卷。其回國後，遂將我國天台教，加以密教化(包括密、律、禪)，創造日本天台密教，通稱為台密。或說東密由惠果傳去為正統，台密是旁傳。
密教在中國，要以唐代最盛，至晚唐逐漸衰微，降至宋代，雖有法賢、施護、法天等譯出密部經論，然未能光大發揚。元代入關，弘傳西藏喇嘛教，盛極一時，即所謂藏密是也。明清兩代，由於政治關係，雖於宮廷崇拜喇嘛教，特申禁令，民間不得傳授真言密法，其用意甚顯。
傳入西藏之蓮花生一派，其派別繁多，則有黃教、紅教、白教、黑教四大派系。
一、紅教創始為蓮花生，教祖為發思巴，發思巴幼年聰慧絕倫，五歲即遍讀群經，了解大意，藏人目之為聖。十五歲晉謁元世祖，世祖極為器重，尊為國師，封大寳法王，使統領藏教，兼秉政教大權，居後藏扎什倫布附近，世稱為薩迦呼圖克圖，即轉世之意。由其衣服，概以紅色，故稱為紅教
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。唯其教徒專事符咒及吞刀吐火，殘殺妖魔，一身都是邪術，且又不禁娶妻，戒律不嚴，雖犯殺盜淫妄大罪，仍然是無為清淨，而與佛教宗旨大相逕庭。於是其勢力日漸式微，現在紅教勢力，唯以西康格德大寺為中心，其教徒佔全藏宗教徒眾十分之三。
二、黃教創始為宗喀巴大師，宗喀巴於永樂十五年，生於甘肅西寧府。初奉紅教，因不滿紅教，乃入雪山苦修，以改革宗教為自任。修正教律，嚴持戒律，禁止娶妻，因其衣帽尚黃色，以示區別，故世稱為黃教。宗喀巴於成化十五年圓寂，其大弟子即班禪與達賴，都是黃教宗主，相繼轉世。黃教在西藏教友佔十分之七。政教兩權，都操重在班禪達賴二人手中。青海、甘、川、內外蒙古奉此教者，亦復不少。
三、白教當黃教初創時，後藏之白教，亦同時產生。白教奉信文殊菩薩，其有教徒約八千多人。因紅教腐敗，改信白教者，亦復不少。白教在西藏勢力，顯與紅教、黃教成三鼎足之勢，登龍之楚布結寺，黑竹宮之直空啟倉寺，皆為白教主持之寺院。
四、黑教為西藏固有之宗教，其信奉之神為撒加其馬，其衣服尚黑色，故稱為黑教。祈禱占卜，崇拜鬼神，猶如中國之道教。此教又分為唵白、唵黑二派。唵白派之法規修行，頗與黃派相近，唵黑派又與紅教相近。因此，常遭紅教排斥，現在黑教勢力甚微，信奉者甚少。僅有西康三十九族之噶魯地方，尚有黑教存在。
由此看來，西藏密教，雖分四派，但以黃教勢力最大，不僅掌握西藏政教大權，即於國內政治上
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具有重大之影響力，亦唯黃教。
民國以來，東密及藏密，先後傳入中土，弘於民間。而國內僧侶分別赴日本西藏求學密教者，先後則有大勇、持松、顯蔭、又應、純密、能海、超一等多人;其於我國密教弘傳構成一新的趨勢。
