鴉片戰爭之後，西方教士在華傳教，竟列入不平等條約之中，本來的用意是在保護教士傳教事業，不料竟產生一項惡果，那就是教民在宗教信仰方面是受著外國政府保護與照顧，中國政府無法干涉教民的行動，也就把教民與他們廣大同胞分開，使他們在本國領土內成為外國人保護下的獨立王國。這些宗教自由的條款，嚴重的損毀了中國國家的威信與主權。由於教士享有種種的特權，(如領事裁判權等)而他們名利心與慾望，又不斷遞增，動輒以武力為後盾，因此，不僅列強炮艦引起國人的反感，而教士態度跋扈，更引起國人的厭惡，這在查還舊堂所引起糾紛，最為顯著。
根據咸豐十年(一八六○)簽訂中法北京條約，在條約第六款：「將前謀害奉天主教者之天主堂、
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學堂、塋墳、田地、房屋等件，應賠還交法國駐京師之欽差大臣，轉交該教之人。」英法聯軍之役結束後，各地查還舊堂案，便因此發生種種糾紛。同時，各地政府官吏，因查還舊堂案，而丟官或受處罰者，不知凡幾，而上層階級主管，更因此受盡困擾。雍正禁教以前，中國各地重要城鎮都有天主堂設立。禁教之後，概經沒收充公。那知到了咸同年間，這些被沒收的教堂，幾經滄桑，不是原地輾轉典賣他人，就是改建為地方文教機構，其原形地點已無法查認，要查還更屬困難萬分。可是西方教士却持蠻不理，以本國政府為後盾，不問赤白，硬要索還原有教堂，自然又增了國人對教士的反感。自同治年間起，因查還舊堂所引起糾紛，困擾地方官吏，直至光緒年間始告平息。
現在選出比較重要案件，以觀當時教士困擾地方官吏之一斑。
(一)奉天牛莊天主堂案
咸豐十一年八月，法教士林貌理，乾隆二十二年(一七五四)，民人鄧林用銀四十五兩買得入官的天主堂房地執照一紙，林貌理向牛莊防守尉，海城知縣請查還。但此項房地，幾經輾轉典賣，這時已有住戶十三家，所有典買契約價值已增至錢二千六百八十餘干(約合銀六百餘兩)。地方官吏及住戶都不願將此項舊址及房屋直接交還教士，自願另行擇地抵還。但林貌理，則堅持非索原址不可，逼得牛莊當局不得已，乃商得住戶同意，由政府出鉅額價款徵購後，交還教士。而教士又百般刁難，以原舊門樓無存，牆垣倒頹，房屋殘舊，不堪居住為由，請為另行修蓋房間，墊平地基;添修瓦門樓圍牆完固之後，方肯收領。地方官吏為息事寧人計，只有允其修理，那知林貌理至牛莊後，並不堅持修
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理房屋，却堅持必須按照他所繪圖樣，修築圍牆門樓，並以「天主堂房屋入官一百餘年，要按年追繳房租花利，為數甚鉅。」(註廿五)向地方政府要脅，後經總署與法國公使幾番交涉，始將圍牆與門樓修築工程完成。總計此案，牛莊地方官共用去徵購地價及修整土料銀約五千餘兩，歷時七年有餘，始完成此一查還教案。
(二)山西絳州天主堂案
山西絳州教堂，原為明朝一所王府。清初方改為天主堂。雍正二年(一七二四)禁教，將駐堂內教士遣往澳門，後經地方紳耆議請知府將該堂改為「東雍書院」。奉祀至聖先師及諸賢像，後又增資修理「增建」。顯已為一教育機構，對於社會民眾都有莫大利益。咸豐十一年(一八六一)六月，法教士梁多明面見山西巡撫桂英，請求查還，因地方官紳反對歸還，總署照合法署使哥士耆，說明「東雍書院」奉祀孔子，且為我國青年學生肄業之所，關係國家作育人材大計，不便歸還。如果勉強辦理，恐導致人民不服，自願另行擇地，興建房屋。而教士堅持，法署不肯讓步。在萬不得已之下，只有忍痛把書院查還給教士，不僅當時青年學子失學，且使孔子及諸賢遺像，都無處安奉。而教士梁多明及山西主教江類思，藉口書院後置房地等產業，未能全部交還，以及地方紳士將書院匾額、楹聯、碑記等遷存他處，拒不接收。總署以該書院後置的財產，應屬地方所有，與教堂無關，自不能移交教士。至於拆取匾額等物料，僅不過因書院石碑木匾字語文理與天主教相悖，留置亦無用途。教士何得藉故不收書院，後經總署與法使一再照會始告解決，總署復照會法使謂：
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「查東雍書院，該處紳士乃能體會兩國和好之意，始肯湊捐多金，另建書院，將此書院讓給，其房屋等件，俱點交清楚，該教士一有收據，便可了結。乃本爵與貴大臣俱有講信修睦之心，而該教士無直截了當之行，若非別有貪苛之處，何以不願完結‥‥…將來與該州紳民不能和協，以致紳民同生輕薄之心，係由該教士自取，不能歸咎中國無優待之禮也。」(註廿六)
這時法使也深知本案與地方教育攸關，乃允許飭令山西主教接收東雍書院。此案前後歷經二年有餘，始結束。總署與地方官經過許多波折與困難，方行辦結。東雍書院交出後，地方士紳以諸聖賢神位無供奉之處，乃募捐購地重建書院，仍名東雍，另於南關建東雍分院，後來李煥揚撰兩書院碑記書後謂：
「嗚呼!異端之顯與吾道為敵，蓋至今日而極矣……咸豐之季，中西講學，延議悉以故地畀西人，絳州之搢紳校士爭之不得，見至聖神像擯棄於不潔之地，乃購地募財……遂創今書院焉。南關好義者，亦聞風施地，具詳上請，於是城關兩書院巍然並峙。夫書院何者也?非所謂正人心而明聖道乎……彼不經之教何如爾?誘之以貨財，蠱之以聲色，炫之以奇淫之技，痼之以酖毒之媒，雖其地既得矣，僅聚奇袤之男女，數日一禮拜焉。正人君子無一投之者。行且見其地之鞠為茂草，而兩書院人材蔚起，蒸蒸日上。」(註廿七)
由教士強索舊堂，直接摧毀地方教育，以至聖賢神像無處安立，激起地方紳民之公憤，誠如李煥揚曰：「異端之顯與吾道為敵」也。
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(三)重慶長安寺改充教堂
同治元年，法使哥士耆以川東地方所沒收諸堂，原址無法查還，欲以重慶府城內長安寺(即崇因寺)作為教堂。這是屬於佛教寺院，地方紳民及佛教徒眾，皆反對以佛寺改充教堂。該寺建於宋朝熙寧(一○六八—一○七七)年間，明朝正德，及清朝康熙年間，兩次重修。內奉高達兩丈有餘的銅佛三尊，及關帝等神像。佛殿下有一極深古井，旁通大河，為川東佛教名剎。該寺地處要衝，俯瞰全城，因此，紳民堅決反對將該寺抵充教堂。成都將軍崇實，因川東主教范若瑟一再催索，乃欲強迫地方紳民屈服，於是激起紳民忿怒，聚眾將天主教真理堂，傳經之所、病院、學堂、育嬰堂等，一起搗毀，並毆辱教民，殺死教民劉金光，傷教民數十人，造成川省首次大教案。(註廿八)
川東大教案發生後，主教范若瑟親至北京，面請法使為教民教堂，損失情形，並請向中國政府交涉。總署大臣即告以從前哥士耆請求抵還之時，指明崇因寺為一間廢寺，不知有高大銅佛像在內，並責范若瑟不應矇蔽哥公使向中國索取。法使柏爾德密亦因此責怪范若瑟，於是迫使范若瑟讓步，放棄崇因寺要求，乃由地方紳商賠給范若瑟及教民共銀十五萬兩，遂於同治三年結案。
川東大教堂雖經結束，但影響於地方人心，關係至為重大。日後四川各地發生殺死教士教民等案，無不導因於此。總署章京周家楣乃上書恭親王亦大陳，詳論教案之原委及處理方策，他說：
「竊自法國換約以來，天主教流毒海內，如火燎原，各省教案，層見疊出……范若瑟傳教蜀省，在彼族中固最為狡檜，而重慶教堂一案，為四川教務第一篇文字—抵款十五萬之多，實各省教案所
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未見。民人衍忿已深，教中氣焰已熾。」(註廿九)
這是查還舊堂，因欲以佛寺抵充，企圖直接摧毀佛教，瓦解民眾對佛教之信仰。於此便可知西方教士是如何壓迫我國官民一段慘重的歷史!
