這時凡留學或遊覽祖國的臺民，均被日本政府當局疑為「危險份子」，甚至被認為可能是帶有特殊任務的間諜，許多在這時回來的人，只因「可疑」而被拷問，甚至不堪苦刑以致喪命。
上人還沒到達基港，則已被船上的便衣人員跟蹤，水上的特務人員時常監視上人的行動。船航行了二日就被盤問：為什麼前往中國？什麼時候在什麼地方？在中國遇到了那些人？找那些人做些什麼？有那幾個朋友在中國？為什麼在這時候回來？等等，不勝煩雜的問題，一一查問。
到了基隆又被一個不同的人所偵詢，但所答的與第一次盤問時完全相同，既不增加，也不減少。所答的年、月、日、地點、人物、因緣、過程等等也完全一致。日本政府當局，並不因此而放心，第二天又問其一、二，但沒有一句走差。當時回臺的人，往往只因在反復偵詢中有一、二句前後不一致，被認為「可疑」而受虐待或苦刑。但上人的道範莊嚴，使日人畏而敬之，雖說是被軟禁，但享受著高等待遇。除了三餐外，報紙、茶點，按時奉送，且獨住一清淨的房間。
上人巍巍不動安然的態度，行住坐臥不離佛法的規制與閉在關房樣，無可煩惱，無所罣礙，也沒有痛苦。認為閉關有時還要食住的煩惱，現在不必掛慮這些，且警察為侍者，安全地守護著。每日可以安心地念佛、持咒、打坐，生活十分安定，對於個人全無罣礙只是有時起了大悲想：何時才能有機會實踐弘法的誓願與任務缟
在這時期，又有幾個不同的「偵探」人員前來「閒談」，所談的不外乎大陸遊歷經過。這種偵詢的報告，一層一層地送到最高機構的森特務長（日人）的地方。森氏讀了那些報告深受感動，並特訪上人說：「根據他們多次的報告，我知道您的人格。我曾經將多次的報告一一核對，沒有一句差錯，人們有時就是所說的全為事實，但多次的答案往往會忽略其一、二，或答錯了一兩句話。我從這些報告瞭解您，不但是個學問道德修養極優，人格高尚的高僧，且可以證實您的定力功夫，我願作證您所說的全是事實，確是僅是一個佛教傳教師，絕非不法份子。」雖然森氏如此尊敬上人，由於任務並沒有即刻得到釋放。
不久有一天下午三時，當上人正在持念大悲觀世音菩薩的時候，忽然有個穿西裝的青年來訪，青年一見上人就問「和尚，您豈不是斌宗法師？」上人說：「是的，但居士怎知道我的名字？」「喔缟您忘了。以前見過您的。」「居士，您的尊名是……」。那青年笑著說：「喔！偶然的機會，以後再談吧！我住在觀音山，您稍等一會兒，本圓和尚會來保釋您出去的。」說完這句話那青年就走了。
次日果然本圓和尚與日僧田窪前來保釋，森氏知道這事，特在上人離開關房之前趕來說：「師父，我相信您，尊敬您，但以後不論您回到臺中或別的地方，恐怕免不了再有別人找麻煩，這是我的名片，特別證明您的人格，相信當有人懷疑您的時候，它會發生效力的。」由於感動敬仰，森氏特別贈送私人證明文件，讓上人得安心地佈教。
事後上人前往圓山向臨濟宗佈教總監高林玄寶老和尚（日僧）道謝。當時高林玄寶和尚對於日本在臺灣的政府具有很大的影響，因此當他派田窪前往基隆作證時，上人立刻得到自由。是時，適逢一青年於臨濟寺。那青年瞻仰法相：「威儀風度，莊嚴備至，令人一見而知為高僧大德」；知：「斌公戒行莊嚴，品德兼優，為當世佛教之大善知識」，傾心仰慕，懇請上人披剃為僧，歸依為上人弟子，賜號印心。
之後上人往觀音山向本圓老和尚禮謝，問起老和尚怎會知道他被禁海關時，老和尚說：「是日下午三時左右，有一青年前來觀音山對我說：『斌宗法師從大陸回來被禁海關，希望您前往保釋。』當時我對那陌生人的話信疑參半，後來想，這句話不會是假的，也就深信不疑，下山拜訪高林老和尚，他也即刻答應，派田窪同我到基隆。」問起那青年的名字、住址，本圓老和尚也說不知道，而老和尚見到那青年的時刻與那青年訪上人的時候幾乎同時，兩人均感奇異。以當時的交通情形計算，下午三時多離開基隆，黃昏之前是否能到達觀音山尚屬疑問，何況同時？實在是不可思議的奇蹟。為了向那青年道謝，上人特在觀音山、臺北、基隆之間找尋半個月，但始終沒得到那青年的信息。為此，上人並再到基隆訪守關的警察，也不得而知，警察甚至說：「因一時糊塗，那青年從那一門進來都沒注意到。」守關警察也看見那青年的訪問，但卻忘記干涉他進入關內。在大陸多次遇難也常常得到不知姓名的人幫助，而以此次最感不可思議。聞者均認為這是大慈大悲觀世音菩薩的感應。
歸臺後不久，即南下龍湖庵講地藏經，是上人歸臺後第一次弘法。此次法會盛況空前，首開臺灣僧人研究經典的風氣，讓臺灣的佛教徒得瞭解「出家」「佛陀」「菩薩」等等意義，轉變「應酬佛事」為「研究聖法」。